<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    Hi Hasan,<br>
    <br>
    are you refining at too low resolution so you do not want to refine
    individual B-factors? Although, if the resolution is "too low" then
    you probably shouldn't refine occupancy, which you do. I would just
    try refining individual ADPs.<br>
    <br>
    In this particular case I don't know why the B-factors do not change
    - may be this is what the data suggests. It may be a bug too
    (although unlikely - this code is very well tested).<br>
    <br>
    If you like, you can send me the data and model, and all parameter
    files and I will have a look. In this case you will get THE answer.<br>
    <br>
    Pavel.<br>
    <br>
    <br>
    On 1/11/11 10:46 AM, Hasan Demirci wrote:
    <blockquote
      cite="mid:AANLkTinC-kEMrWLHhUuREEWcAZXAY-CKKJ8Q4_TM+4+0@mail.gmail.com"
      type="cite">Dear Pavel,<br>
      I always use command line, below is the parameters I used for
      refinement of this structure<br>
      <br>
      phenix.refine output.mtz Par.pdb
      strategy=individual_sites+group_adp+occupancies+tls tls.params
      modifications.cif Antibiotics.cif zn_link.params
      restraints_edits.params
      group_adp_refinement_mode=two_adp_groups_per_residue
      secondary_structure_restraints=true write_eff_file=false
      write_geo_file=false wxc_scale=0.15 main.number_of_macro_cycles=2
      ramachandran_restraints=True<br>
      <br>
      Thanks.<br>
      <br>
      <div class="gmail_quote">On Tue, Jan 11, 2011 at 12:32 PM, Pavel
        Afonine <span dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:pafonine@lbl.gov">pafonine@lbl.gov</a>&gt;</span>
        wrote:<br>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt
          0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);
          padding-left: 1ex;">
          <div bgcolor="#ffffff" text="#000000"> Hi Hasan,<br>
            <br>
            it sounds like you set up the refinement parameters such
            that you do not refine B-factors at all. This is the only
            explanation I can come up.<br>
            <br>
            Can you send some more details about the refinement you did:<br>
            <br>
            - did you use command line or GUI<br>
            - send a parameter file<br>
            etc...<br>
            <font color="#888888"> <br>
              Pavel.</font>
            <div>
              <div class="h5"><br>
                <br>
                On 1/11/11 8:55 AM, Hasan Demirci wrote:
                <blockquote type="cite">Hi,<br>
                  I am trying to refine a structure with a bound ligand
                  "PAR".<br>
                  Unfortunately, input b-factor of the ligand and output
                  values are matching exactly even tough I copied the
                  ligand from a different structure.<br>
                  I manually changed the occupancy of the ligand to see
                  if it changes the b-factor but again B-factor didn't
                  change.<br>
                  Can someone help me to solve this issue?<br>
                  Below, I attached the first four lines of the pdb
                  after occupancy change.<br>
                  <br>
                  input<br>
                  "HETATM51786&nbsp; C11 PAR V&nbsp;&nbsp; 1 &nbsp;&nbsp;&nbsp; 140.982&nbsp; 67.469&nbsp;
                  10.830&nbsp; 1.00 58.13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp; <br>
                  HETATM51787&nbsp; O11 PAR V&nbsp;&nbsp; 1 &nbsp;&nbsp;&nbsp; 140.549&nbsp; 68.782&nbsp;
                  10.389&nbsp; 1.00 58.13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp; <br>
                  HETATM51788&nbsp; C21 PAR V&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; &nbsp;&nbsp; 139.714&nbsp; 66.811&nbsp;
                  11.362&nbsp; 1.00 58.13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp; <br>
                  HETATM51789&nbsp; N21 PAR V&nbsp;&nbsp; 1 &nbsp;&nbsp;&nbsp; 138.632&nbsp; 66.819&nbsp;
                  10.352&nbsp; 1.00 58.13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N " <br>
                  <br>
                  output<br>
                  "HETATM51828&nbsp; C11 PAR V&nbsp;&nbsp; 1 &nbsp;&nbsp;&nbsp; 157.285 114.375
                  -64.249&nbsp; 0.80 58.13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp; <br>
                  HETATM51829&nbsp; O11 PAR V&nbsp;&nbsp; 1 &nbsp;&nbsp;&nbsp; 157.335 115.251
                  -65.379&nbsp; 0.80 58.13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp; <br>
                  HETATM51830&nbsp; C21 PAR V&nbsp;&nbsp; 1 &nbsp;&nbsp;&nbsp; 158.559 113.509
                  -64.364&nbsp; 0.80 58.13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp; <br>
                  HETATM51831&nbsp; N21 PAR V&nbsp;&nbsp; 1 &nbsp;&nbsp;&nbsp; 159.738 114.342
                  -64.677&nbsp; 0.80 58.13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N"&nbsp; <br>
                  <br>
                  <br>
                  Thanks.<br>
                </blockquote>
              </div>
            </div>
          </div>
        </blockquote>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>