
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">

    Hi Hasan,<br>

    <br>

    it sounds like you set up the refinement parameters such that you do

    not refine B-factors at all. This is the only explanation I can come

    up.<br>

    <br>

    Can you send some more details about the refinement you did:<br>

    <br>

    - did you use command line or GUI<br>

    - send a parameter file<br>

    etc...<br>

    <br>

    Pavel.<br>

    <br>

    On 1/11/11 8:55 AM, Hasan Demirci wrote:

    <blockquote

      cite="mid:AANLkTin1BknQVmYTuwkRSqx760vc=jRoYW9ULOyZbhWv@mail.gmail.com"

      type="cite">Hi,<br>

      I am trying to refine a structure with a bound ligand "PAR".<br>

      Unfortunately, input b-factor of the ligand and output values are

      matching exactly even tough I copied the ligand from a different

      structure.<br>

      I manually changed the occupancy of the ligand to see if it

      changes the b-factor but again B-factor didn't change.<br>

      Can someone help me to solve this issue?<br>

      Below, I attached the first four lines of the pdb after occupancy

      change.<br>

      <br>

      input<br>

      "HETATM51786&nbsp; C11 PAR V&nbsp;&nbsp; 1 &nbsp;&nbsp;&nbsp; 140.982&nbsp; 67.469&nbsp; 10.830&nbsp; 1.00

      58.13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp; <br>

      HETATM51787&nbsp; O11 PAR V&nbsp;&nbsp; 1 &nbsp;&nbsp;&nbsp; 140.549&nbsp; 68.782&nbsp; 10.389&nbsp; 1.00

      58.13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp; <br>

      HETATM51788&nbsp; C21 PAR V&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; &nbsp;&nbsp; 139.714&nbsp; 66.811&nbsp; 11.362&nbsp; 1.00

      58.13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp; <br>

      HETATM51789&nbsp; N21 PAR V&nbsp;&nbsp; 1 &nbsp;&nbsp;&nbsp; 138.632&nbsp; 66.819&nbsp; 10.352&nbsp; 1.00

      58.13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N " <br>

      <br>

      output<br>

      "HETATM51828&nbsp; C11 PAR V&nbsp;&nbsp; 1 &nbsp;&nbsp;&nbsp; 157.285 114.375 -64.249&nbsp; 0.80

      58.13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp; <br>

      HETATM51829&nbsp; O11 PAR V&nbsp;&nbsp; 1 &nbsp;&nbsp;&nbsp; 157.335 115.251 -65.379&nbsp; 0.80

      58.13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp; <br>

      HETATM51830&nbsp; C21 PAR V&nbsp;&nbsp; 1 &nbsp;&nbsp;&nbsp; 158.559 113.509 -64.364&nbsp; 0.80

      58.13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp; <br>

      HETATM51831&nbsp; N21 PAR V&nbsp;&nbsp; 1 &nbsp;&nbsp;&nbsp; 159.738 114.342 -64.677&nbsp; 0.80

      58.13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N"&nbsp; <br>

      <br>

      <br>

      Thanks.<br>

      <br>

      -- <br>

      Hasan DeMirci, Ph.D.<br>

      Postdoctoral Fellow<br>

      Department of Molecular Biology, Cellular Biology &amp;

      Biochemistry<br>

      Brown University<br>

      185 Meeting Street<br>

      Providence, RI&nbsp; &nbsp; 02912<br>

      <br>

      (401) 863-3652 lab (SFH)<br>

      (401) 863-6124 lab (ship st)<br>

      (401) 226-7852 cell<br>

      <br>

      <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Hasan_DeMirci@Brown.edu">Hasan_DeMirci@Brown.edu</a><br>

      <a moz-do-not-send="true" href="mailto:demircha99@gmail.com">demircha99@gmail.com</a><br>

    </blockquote>

    <br>

  </body>

</html>