<HTML>
<HEAD>
<TITLE>Re: [phenixbb] Autobuild: problems with modified amino acids</TITLE>
</HEAD>
<BODY>
<FONT FACE="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><SPAN STYLE='font-size:11pt'>The output of autobuild lacks the CME residues that were in the input. I was hoping to have the CME stay in the pdb file so I don&#8217;t have to manually add it back in to a couple dozen structures of the same protein with different ligands. I don&#8217;t care as much if it is refined or rebuilt.<BR>
Best, <BR>
Kendall<BR>
<BR>
<BR>
On 1/19/11 12:02 PM, &quot;Nigel Moriarty&quot; &lt;<a href="nwmoriarty@lbl.gov">nwmoriarty@lbl.gov</a>&gt; wrote:<BR>
<BR>
</SPAN></FONT><BLOCKQUOTE><FONT FACE="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><SPAN STYLE='font-size:11pt'>Kendall<BR>
<BR>
The CIF file you attached is a restraints file. It contains the<BR>
restraints for any residues in your model with the resid CME. To use<BR>
it, you just need to supply it to phenix.refine i.e. the<BR>
refinement.pdb_interpretation.apply_cif_modification shouldn't do<BR>
anything.<BR>
<BR>
Do you wish to use the restraints in AutoBuild?<BR>
<BR>
Nigel<BR>
<BR>
On Wed, Jan 19, 2011 at 7:52 AM, Kendall Nettles &lt;<a href="knettles@scripps.edu">knettles@scripps.edu</a>&gt; wrote:<BR>
&gt; I&#8217;m running autobuild from a molecular replacement solution and having two<BR>
&gt; problems:<BR>
&gt;<BR>
&gt; methionines are converted to MSE<BR>
&gt; I&#8217;d like to include a .cif file for b-mercapto-ethanol adducted cysteines:<BR>
&gt; CME. The .cif file is one that works for phenix.refine (listed below). I<BR>
&gt; suspect I am not writing the .eff file correctly:<BR>
&gt;<BR>
&gt; refinement.pdb_interpretation.apply_cif_modification<BR>
&gt; {<BR>
&gt;   data_mod = cme<BR>
&gt;   residue_selection = chain A and resid 530<BR>
&gt;   residue_selection = chain B and resid 381<BR>
&gt; }<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt; Thanks!<BR>
&gt; Kendall Nettles<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt; # electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)<BR>
&gt; #   - a module of PHENIX version 1.6-289 (Mon Jan 21 12:43:00 2010)<BR>
&gt; #   - file written: Sat May 22 10:41:08 2010<BR>
&gt; #<BR>
&gt; #   Input file: /AutoBuild_run_1_/TEMP0/LIGANDS.pdb<BR>
&gt; #   Residue: CME<BR>
&gt; #<BR>
&gt; data_comp_list<BR>
&gt; loop_<BR>
&gt; _chem_comp.id<BR>
&gt; _chem_comp.three_letter_code<BR>
&gt; _chem_comp.name<BR>
&gt; _chem_comp.group<BR>
&gt; _chem_comp.number_atoms_all<BR>
&gt; _chem_comp.number_atoms_nh<BR>
&gt; _chem_comp.desc_level<BR>
&gt; CME        CME 'Unknown                  ' ligand 21 10 .<BR>
&gt; #<BR>
&gt; data_comp_CME<BR>
&gt; #<BR>
&gt; loop_<BR>
&gt; _chem_comp_atom.comp_id<BR>
&gt; _chem_comp_atom.atom_id<BR>
&gt; _chem_comp_atom.type_symbol<BR>
&gt; _chem_comp_atom.type_energy<BR>
&gt; _chem_comp_atom.partial_charge<BR>
&gt;<BR>
&gt; CME         N      N   NH2   .<BR>
&gt; CME         C      C   C1    .<BR>
&gt; CME         O      O   O     .<BR>
&gt; CME         CA     C   CH1   .<BR>
&gt; CME         CB     C   CH2   .<BR>
&gt; CME         SG     S   S2    .<BR>
&gt; CME         SD     S   S2    .<BR>
&gt; CME         CE     C   CH2   .<BR>
&gt; CME         CZ     C   CH2   .<BR>
&gt; CME         OH     O   OH1   .<BR>
&gt; CME        H       H   HNH2  .<BR>
&gt; CME        H2      H   HNH2  .<BR>
&gt; CME        HC1     H   H     .<BR>
&gt; CME        HA      H   HCH1  .<BR>
&gt; CME        HB2     H   HCH2  .<BR>
&gt; CME        HB3     H   HCH2  .<BR>
&gt; CME        HE2     H   HCH2  .<BR>
&gt; CME        HE3     H   HCH2  .<BR>
&gt; CME        HZ2     H   HCH2  .<BR>
&gt; CME        HZ3     H   HCH2  .<BR>
&gt; CME        HH1     H   HOH1  .<BR>
&gt; #<BR>
&gt; loop_<BR>
&gt; _chem_comp_bond.comp_id<BR>
&gt; _chem_comp_bond.atom_id_1<BR>
&gt; _chem_comp_bond.atom_id_2<BR>
&gt; _chem_comp_bond.type<BR>
&gt; _chem_comp_bond.value_dist<BR>
&gt; _chem_comp_bond.value_dist_esd<BR>
&gt; CME   N       CA    single        1.450 0.02<BR>
&gt; CME   C       O     double        1.224 0.02<BR>
&gt; CME   C       CA    single        1.492 0.02<BR>
&gt; CME   CA      CB    single        1.497 0.02<BR>
&gt; CME   CB      SG    single        1.780 0.02<BR>
&gt; CME   SG      SD    single        2.018 0.02<BR>
&gt; CME   SD      CE    single        1.783 0.02<BR>
&gt; CME   CE      CZ    single        1.485 0.02<BR>
&gt; CME   CZ      OH    single        1.374 0.02<BR>
&gt; CME  H        N     single        0.913 0.02<BR>
&gt; CME  H2       N     single        0.914 0.02<BR>
&gt; CME  HC1      C     single        0.965 0.02<BR>
&gt; CME  HA       CA    single        0.975 0.02<BR>
&gt; CME  HB2      CB    single        0.966 0.02<BR>
&gt; CME  HB3      CB    single        0.973 0.02<BR>
&gt; CME  HE2      CE    single        0.972 0.02<BR>
&gt; CME  HE3      CE    single        0.973 0.02<BR>
&gt; CME  HZ2      CZ    single        0.976 0.02<BR>
&gt; CME  HZ3      CZ    single        0.968 0.02<BR>
&gt; CME  HH1      OH    single        0.880 0.02<BR>
&gt; #<BR>
&gt; loop_<BR>
&gt; _chem_comp_angle.comp_id<BR>
&gt; _chem_comp_angle.atom_id_1<BR>
&gt; _chem_comp_angle.atom_id_2<BR>
&gt; _chem_comp_angle.atom_id_3<BR>
&gt; _chem_comp_angle.value_angle<BR>
&gt; _chem_comp_angle.value_angle_esd<BR>
&gt; CME   C       CA      N           109.05 3.0<BR>
&gt; CME   CB      CA      N           110.14 3.0<BR>
&gt; CME   CB      CA      C           110.73 3.0<BR>
&gt; CME   CA      C       O           119.98 3.0<BR>
&gt; CME   SG      CB      CA          117.67 3.0<BR>
&gt; CME   SD      SG      CB          109.52 3.0<BR>
&gt; CME   CE      SD      SG          109.45 3.0<BR>
&gt; CME   CZ      CE      SD          117.64 3.0<BR>
&gt; CME   OH      CZ      CE          117.63 3.0<BR>
&gt; CME  HA       CA      N           109.56 3.0<BR>
&gt; CME  HA       CA      C           109.15 3.0<BR>
&gt; CME  HC1      C       O           120.00 3.0<BR>
&gt; CME  H        N       CA          109.48 3.0<BR>
&gt; CME  H2       N       CA          109.47 3.0<BR>
&gt; CME  HC1      C       CA          120.00 3.0<BR>
&gt; CME  HB2      CB      CA          107.69 3.0<BR>
&gt; CME  HB3      CB      CA          107.72 3.0<BR>
&gt; CME  HA       CA      CB          108.19 3.0<BR>
&gt; CME  HB2      CB      SG          107.73 3.0<BR>
&gt; CME  HB3      CB      SG          107.72 3.0<BR>
&gt; CME  HE2      CE      SD          107.78 3.0<BR>
&gt; CME  HE3      CE      SD          107.74 3.0<BR>
&gt; CME  HZ2      CZ      CE          107.71 3.0<BR>
&gt; CME  HZ3      CZ      CE          107.80 3.0<BR>
&gt; CME  HE2      CE      CZ          107.71 3.0<BR>
&gt; CME  HE3      CE      CZ          107.70 3.0<BR>
&gt; CME  HH1      OH      CZ          109.49 3.0<BR>
&gt; CME  HZ2      CZ      OH          107.74 3.0<BR>
&gt; CME  HZ3      CZ      OH          107.69 3.0<BR>
&gt; CME  H2       N      H            109.47 3.0<BR>
&gt; CME  HB3      CB     HB2          107.97 3.0<BR>
&gt; CME  HE3      CE     HE2          107.93 3.0<BR>
&gt; CME  HZ3      CZ     HZ2          107.94 3.0<BR>
&gt; #<BR>
&gt; loop_<BR>
&gt; _chem_comp_tor.comp_id<BR>
&gt; _chem_comp_tor.id<BR>
&gt; _chem_comp_tor.atom_id_1<BR>
&gt; _chem_comp_tor.atom_id_2<BR>
&gt; _chem_comp_tor.atom_id_3<BR>
&gt; _chem_comp_tor.atom_id_4<BR>
&gt; _chem_comp_tor.value_angle<BR>
&gt; _chem_comp_tor.value_angle_esd<BR>
&gt; _chem_comp_tor.period<BR>
&gt; CME Var_01   O       C       CA      N           133.07  30.0 2<BR>
&gt; CME Var_02   SG      CB      CA      N           179.49  30.0 3<BR>
&gt; CME Var_03   SG      CB      CA      C            58.80  30.0 3<BR>
&gt; CME Var_04   CB      CA      C       O          -105.59  30.0 3<BR>
&gt; CME Var_05   SD      SG      CB      CA          161.56  30.0 3<BR>
&gt; CME Var_06   CE      SD      SG      CB         -172.66  30.0 3<BR>
&gt; CME Var_07   CZ      CE      SD      SG          177.33  30.0 3<BR>
&gt; CME Var_08   OH      CZ      CE      SD           45.37  30.0 3<BR>
&gt; CME Var_09  HC1      C       CA      N           -45.35  30.0 2<BR>
&gt; CME Var_10  HB2      CB      CA      N           -58.63  30.0 3<BR>
&gt; CME Var_11  HB3      CB      CA      N            57.60  30.0 3<BR>
&gt; CME Var_12  H        N       CA      C          -165.67  30.0 3<BR>
&gt; CME Var_13  H2       N       CA      C           -45.66  30.0 3<BR>
&gt; CME Var_14  HB2      CB      CA      C          -179.32  30.0 3<BR>
&gt; CME Var_15  HB3      CB      CA      C           -63.09  30.0 3<BR>
&gt; CME Var_16  HA       CA      C       O            13.41  30.0 3<BR>
&gt; CME Var_17  H        N       CA      CB           72.63  30.0 3<BR>
&gt; CME Var_18  H2       N       CA      CB         -167.36  30.0 3<BR>
&gt; CME Var_19  HC1      C       CA      CB           75.99  30.0 2<BR>
&gt; CME Var_20  HA       CA      CB      SG          -60.78  30.0 2<BR>
&gt; CME Var_21  HE2      CE      SD      SG           55.43  30.0 3<BR>
&gt; CME Var_22  HE3      CE      SD      SG          -60.81  30.0 3<BR>
&gt; CME Var_23  HB2      CB      SG      SD           39.69  30.0 1<BR>
&gt; CME Var_24  HB3      CB      SG      SD          -76.55  30.0 1<BR>
&gt; CME Var_25  HZ2      CZ      CE      SD          167.25  30.0 3<BR>
&gt; CME Var_26  HZ3      CZ      CE      SD          -76.51  30.0 3<BR>
&gt; CME Var_27  HH1      OH      CZ      CE          173.81  30.0 3<BR>
&gt; CME Var_28  HE2      CE      CZ      OH          167.31  30.0 3<BR>
&gt; CME Var_29  HE3      CE      CZ      OH          -76.51  30.0 3<BR>
&gt; CME Var_30  HA       CA      N      H            -46.26  30.0 3<BR>
&gt; CME Var_31  HA       CA      N      H2            73.74  30.0 3<BR>
&gt; CME Var_32  HA       CA      C      HC1         -165.01  30.0 3<BR>
&gt; CME Var_33  HB2      CB      CA     HA            61.10  30.0 3<BR>
&gt; CME Var_34  HB3      CB      CA     HA           177.33  30.0 3<BR>
&gt; CME Var_35  HZ2      CZ      CE     HE2          -70.81  30.0 3<BR>
&gt; CME Var_36  HZ3      CZ      CE     HE2           45.43  30.0 3<BR>
&gt; CME Var_37  HZ2      CZ      CE     HE3           45.37  30.0 3<BR>
&gt; CME Var_38  HZ3      CZ      CE     HE3          161.61  30.0 3<BR>
&gt; CME Var_39  HH1      OH      CZ     HZ2           51.95  30.0 3<BR>
&gt; CME Var_40  HH1      OH      CZ     HZ3          -64.25  30.0 3<BR>
&gt; #<BR>
&gt; loop_<BR>
&gt; _chem_comp_chir.comp_id<BR>
&gt; _chem_comp_chir.id<BR>
&gt; _chem_comp_chir.atom_id_centre<BR>
&gt; _chem_comp_chir.atom_id_1<BR>
&gt; _chem_comp_chir.atom_id_2<BR>
&gt; _chem_comp_chir.atom_id_3<BR>
&gt; _chem_comp_chir.volume_sign<BR>
&gt; CME chir_01   CA      N       C       CB    both<BR>
&gt; #<BR>
&gt;<BR>
&gt; _______________________________________________<BR>
&gt; phenixbb mailing list<BR>
&gt; <a href="phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><BR>
&gt; <a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
--<BR>
Nigel W. Moriarty<BR>
Building 64R0246B, Physical Biosciences Division<BR>
Lawrence Berkeley National Laboratory<BR>
Berkeley, CA 94720-8235<BR>
Phone : 510-486-5709     Email : <a href="NWMoriarty@LBL.gov">NWMoriarty@LBL.gov</a><BR>
Fax   : 510-486-5909       Web  : CCI.LBL.gov<BR>
_______________________________________________<BR>
phenixbb mailing list<BR>
<a href="phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><BR>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><BR>
<BR>
</SPAN></FONT></BLOCKQUOTE>
</BODY>
</HTML>