<HTML>
<HEAD>
<TITLE>Re: [phenixbb] Autobuild: problems with modified amino acids</TITLE>
</HEAD>
<BODY>
<FONT FACE="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><SPAN STYLE='font-size:11pt'>The output of autobuild lacks the CME residues that were in the input. I was hoping to have the CME stay in the pdb file so I don&#8217;t have to manually add it back in to a couple dozen structures of the same protein with different ligands. I don&#8217;t care as much if it is refined or rebuilt.<BR>
Best, <BR>
Kendall<BR>
<BR>
<BR>
On 1/19/11 12:02 PM, &quot;Nigel Moriarty&quot; &lt;<a href="nwmoriarty@lbl.gov">nwmoriarty@lbl.gov</a>&gt; wrote:<BR>
<BR>
</SPAN></FONT><BLOCKQUOTE><FONT FACE="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><SPAN STYLE='font-size:11pt'>Kendall<BR>
<BR>
The CIF file you attached is a restraints file. It contains the<BR>
restraints for any residues in your model with the resid CME. To use<BR>
it, you just need to supply it to phenix.refine i.e. the<BR>
refinement.pdb_interpretation.apply_cif_modification shouldn't do<BR>
anything.<BR>
<BR>
Do you wish to use the restraints in AutoBuild?<BR>
<BR>
Nigel<BR>
<BR>
On Wed, Jan 19, 2011 at 7:52 AM, Kendall Nettles &lt;<a href="knettles@scripps.edu">knettles@scripps.edu</a>&gt; wrote:<BR>
&gt; I&#8217;m running autobuild from a molecular replacement solution and having two<BR>
&gt; problems:<BR>
&gt;<BR>
&gt; methionines are converted to MSE<BR>
&gt; I&#8217;d like to include a .cif file for b-mercapto-ethanol adducted cysteines:<BR>
&gt; CME. The .cif file is one that works for phenix.refine (listed below). I<BR>
&gt; suspect I am not writing the .eff file correctly:<BR>
&gt;<BR>
&gt; refinement.pdb_interpretation.apply_cif_modification<BR>
&gt; {<BR>
&gt; ��data_mod = cme<BR>
&gt; ��residue_selection = chain A and resid 530<BR>
&gt; ��residue_selection = chain B and resid 381<BR>
&gt; }<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt; Thanks!<BR>
&gt; Kendall Nettles<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt; # electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)<BR>
&gt; # ��- a module of PHENIX version 1.6-289 (Mon Jan 21 12:43:00 2010)<BR>
&gt; # ��- file written: Sat May 22 10:41:08 2010<BR>
&gt; #<BR>
&gt; # ��Input file: /AutoBuild_run_1_/TEMP0/LIGANDS.pdb<BR>
&gt; # ��Residue: CME<BR>
&gt; #<BR>
&gt; data_comp_list<BR>
&gt; loop_<BR>
&gt; _chem_comp.id<BR>
&gt; _chem_comp.three_letter_code<BR>
&gt; _chem_comp.name<BR>
&gt; _chem_comp.group<BR>
&gt; _chem_comp.number_atoms_all<BR>
&gt; _chem_comp.number_atoms_nh<BR>
&gt; _chem_comp.desc_level<BR>
&gt; CME �������CME 'Unknown �����������������' ligand 21 10 .<BR>
&gt; #<BR>
&gt; data_comp_CME<BR>
&gt; #<BR>
&gt; loop_<BR>
&gt; _chem_comp_atom.comp_id<BR>
&gt; _chem_comp_atom.atom_id<BR>
&gt; _chem_comp_atom.type_symbol<BR>
&gt; _chem_comp_atom.type_energy<BR>
&gt; _chem_comp_atom.partial_charge<BR>
&gt;<BR>
&gt; CME ��������N �����N ��NH2 ��.<BR>
&gt; CME ��������C �����C ��C1 ���.<BR>
&gt; CME ��������O �����O ��O ����.<BR>
&gt; CME ��������CA ����C ��CH1 ��.<BR>
&gt; CME ��������CB ����C ��CH2 ��.<BR>
&gt; CME ��������SG ����S ��S2 ���.<BR>
&gt; CME ��������SD ����S ��S2 ���.<BR>
&gt; CME ��������CE ����C ��CH2 ��.<BR>
&gt; CME ��������CZ ����C ��CH2 ��.<BR>
&gt; CME ��������OH ����O ��OH1 ��.<BR>
&gt; CME �������H ������H ��HNH2 �.<BR>
&gt; CME �������H2 �����H ��HNH2 �.<BR>
&gt; CME �������HC1 ����H ��H ����.<BR>
&gt; CME �������HA �����H ��HCH1 �.<BR>
&gt; CME �������HB2 ����H ��HCH2 �.<BR>
&gt; CME �������HB3 ����H ��HCH2 �.<BR>
&gt; CME �������HE2 ����H ��HCH2 �.<BR>
&gt; CME �������HE3 ����H ��HCH2 �.<BR>
&gt; CME �������HZ2 ����H ��HCH2 �.<BR>
&gt; CME �������HZ3 ����H ��HCH2 �.<BR>
&gt; CME �������HH1 ����H ��HOH1 �.<BR>
&gt; #<BR>
&gt; loop_<BR>
&gt; _chem_comp_bond.comp_id<BR>
&gt; _chem_comp_bond.atom_id_1<BR>
&gt; _chem_comp_bond.atom_id_2<BR>
&gt; _chem_comp_bond.type<BR>
&gt; _chem_comp_bond.value_dist<BR>
&gt; _chem_comp_bond.value_dist_esd<BR>
&gt; CME ��N ������CA ���single �������1.450 0.02<BR>
&gt; CME ��C ������O ����double �������1.224 0.02<BR>
&gt; CME ��C ������CA ���single �������1.492 0.02<BR>
&gt; CME ��CA �����CB ���single �������1.497 0.02<BR>
&gt; CME ��CB �����SG ���single �������1.780 0.02<BR>
&gt; CME ��SG �����SD ���single �������2.018 0.02<BR>
&gt; CME ��SD �����CE ���single �������1.783 0.02<BR>
&gt; CME ��CE �����CZ ���single �������1.485 0.02<BR>
&gt; CME ��CZ �����OH ���single �������1.374 0.02<BR>
&gt; CME �H �������N ����single �������0.913 0.02<BR>
&gt; CME �H2 ������N ����single �������0.914 0.02<BR>
&gt; CME �HC1 �����C ����single �������0.965 0.02<BR>
&gt; CME �HA ������CA ���single �������0.975 0.02<BR>
&gt; CME �HB2 �����CB ���single �������0.966 0.02<BR>
&gt; CME �HB3 �����CB ���single �������0.973 0.02<BR>
&gt; CME �HE2 �����CE ���single �������0.972 0.02<BR>
&gt; CME �HE3 �����CE ���single �������0.973 0.02<BR>
&gt; CME �HZ2 �����CZ ���single �������0.976 0.02<BR>
&gt; CME �HZ3 �����CZ ���single �������0.968 0.02<BR>
&gt; CME �HH1 �����OH ���single �������0.880 0.02<BR>
&gt; #<BR>
&gt; loop_<BR>
&gt; _chem_comp_angle.comp_id<BR>
&gt; _chem_comp_angle.atom_id_1<BR>
&gt; _chem_comp_angle.atom_id_2<BR>
&gt; _chem_comp_angle.atom_id_3<BR>
&gt; _chem_comp_angle.value_angle<BR>
&gt; _chem_comp_angle.value_angle_esd<BR>
&gt; CME ��C ������CA �����N ����������109.05 3.0<BR>
&gt; CME ��CB �����CA �����N ����������110.14 3.0<BR>
&gt; CME ��CB �����CA �����C ����������110.73 3.0<BR>
&gt; CME ��CA �����C ������O ����������119.98 3.0<BR>
&gt; CME ��SG �����CB �����CA ���������117.67 3.0<BR>
&gt; CME ��SD �����SG �����CB ���������109.52 3.0<BR>
&gt; CME ��CE �����SD �����SG ���������109.45 3.0<BR>
&gt; CME ��CZ �����CE �����SD ���������117.64 3.0<BR>
&gt; CME ��OH �����CZ �����CE ���������117.63 3.0<BR>
&gt; CME �HA ������CA �����N ����������109.56 3.0<BR>
&gt; CME �HA ������CA �����C ����������109.15 3.0<BR>
&gt; CME �HC1 �����C ������O ����������120.00 3.0<BR>
&gt; CME �H �������N ������CA ���������109.48 3.0<BR>
&gt; CME �H2 ������N ������CA ���������109.47 3.0<BR>
&gt; CME �HC1 �����C ������CA ���������120.00 3.0<BR>
&gt; CME �HB2 �����CB �����CA ���������107.69 3.0<BR>
&gt; CME �HB3 �����CB �����CA ���������107.72 3.0<BR>
&gt; CME �HA ������CA �����CB ���������108.19 3.0<BR>
&gt; CME �HB2 �����CB �����SG ���������107.73 3.0<BR>
&gt; CME �HB3 �����CB �����SG ���������107.72 3.0<BR>
&gt; CME �HE2 �����CE �����SD ���������107.78 3.0<BR>
&gt; CME �HE3 �����CE �����SD ���������107.74 3.0<BR>
&gt; CME �HZ2 �����CZ �����CE ���������107.71 3.0<BR>
&gt; CME �HZ3 �����CZ �����CE ���������107.80 3.0<BR>
&gt; CME �HE2 �����CE �����CZ ���������107.71 3.0<BR>
&gt; CME �HE3 �����CE �����CZ ���������107.70 3.0<BR>
&gt; CME �HH1 �����OH �����CZ ���������109.49 3.0<BR>
&gt; CME �HZ2 �����CZ �����OH ���������107.74 3.0<BR>
&gt; CME �HZ3 �����CZ �����OH ���������107.69 3.0<BR>
&gt; CME �H2 ������N �����H �����������109.47 3.0<BR>
&gt; CME �HB3 �����CB ����HB2 ���������107.97 3.0<BR>
&gt; CME �HE3 �����CE ����HE2 ���������107.93 3.0<BR>
&gt; CME �HZ3 �����CZ ����HZ2 ���������107.94 3.0<BR>
&gt; #<BR>
&gt; loop_<BR>
&gt; _chem_comp_tor.comp_id<BR>
&gt; _chem_comp_tor.id<BR>
&gt; _chem_comp_tor.atom_id_1<BR>
&gt; _chem_comp_tor.atom_id_2<BR>
&gt; _chem_comp_tor.atom_id_3<BR>
&gt; _chem_comp_tor.atom_id_4<BR>
&gt; _chem_comp_tor.value_angle<BR>
&gt; _chem_comp_tor.value_angle_esd<BR>
&gt; _chem_comp_tor.period<BR>
&gt; CME Var_01 ��O ������C ������CA �����N ����������133.07 �30.0 2<BR>
&gt; CME Var_02 ��SG �����CB �����CA �����N ����������179.49 �30.0 3<BR>
&gt; CME Var_03 ��SG �����CB �����CA �����C �����������58.80 �30.0 3<BR>
&gt; CME Var_04 ��CB �����CA �����C ������O ���������-105.59 �30.0 3<BR>
&gt; CME Var_05 ��SD �����SG �����CB �����CA ���������161.56 �30.0 3<BR>
&gt; CME Var_06 ��CE �����SD �����SG �����CB ��������-172.66 �30.0 3<BR>
&gt; CME Var_07 ��CZ �����CE �����SD �����SG ���������177.33 �30.0 3<BR>
&gt; CME Var_08 ��OH �����CZ �����CE �����SD ����������45.37 �30.0 3<BR>
&gt; CME Var_09 �HC1 �����C ������CA �����N ����������-45.35 �30.0 2<BR>
&gt; CME Var_10 �HB2 �����CB �����CA �����N ����������-58.63 �30.0 3<BR>
&gt; CME Var_11 �HB3 �����CB �����CA �����N �����������57.60 �30.0 3<BR>
&gt; CME Var_12 �H �������N ������CA �����C ���������-165.67 �30.0 3<BR>
&gt; CME Var_13 �H2 ������N ������CA �����C ����������-45.66 �30.0 3<BR>
&gt; CME Var_14 �HB2 �����CB �����CA �����C ���������-179.32 �30.0 3<BR>
&gt; CME Var_15 �HB3 �����CB �����CA �����C ����������-63.09 �30.0 3<BR>
&gt; CME Var_16 �HA ������CA �����C ������O �����������13.41 �30.0 3<BR>
&gt; CME Var_17 �H �������N ������CA �����CB ����������72.63 �30.0 3<BR>
&gt; CME Var_18 �H2 ������N ������CA �����CB ��������-167.36 �30.0 3<BR>
&gt; CME Var_19 �HC1 �����C ������CA �����CB ����������75.99 �30.0 2<BR>
&gt; CME Var_20 �HA ������CA �����CB �����SG ���������-60.78 �30.0 2<BR>
&gt; CME Var_21 �HE2 �����CE �����SD �����SG ����������55.43 �30.0 3<BR>
&gt; CME Var_22 �HE3 �����CE �����SD �����SG ���������-60.81 �30.0 3<BR>
&gt; CME Var_23 �HB2 �����CB �����SG �����SD ����������39.69 �30.0 1<BR>
&gt; CME Var_24 �HB3 �����CB �����SG �����SD ���������-76.55 �30.0 1<BR>
&gt; CME Var_25 �HZ2 �����CZ �����CE �����SD ���������167.25 �30.0 3<BR>
&gt; CME Var_26 �HZ3 �����CZ �����CE �����SD ���������-76.51 �30.0 3<BR>
&gt; CME Var_27 �HH1 �����OH �����CZ �����CE ���������173.81 �30.0 3<BR>
&gt; CME Var_28 �HE2 �����CE �����CZ �����OH ���������167.31 �30.0 3<BR>
&gt; CME Var_29 �HE3 �����CE �����CZ �����OH ���������-76.51 �30.0 3<BR>
&gt; CME Var_30 �HA ������CA �����N �����H �����������-46.26 �30.0 3<BR>
&gt; CME Var_31 �HA ������CA �����N �����H2 �����������73.74 �30.0 3<BR>
&gt; CME Var_32 �HA ������CA �����C �����HC1 ��������-165.01 �30.0 3<BR>
&gt; CME Var_33 �HB2 �����CB �����CA ����HA �����������61.10 �30.0 3<BR>
&gt; CME Var_34 �HB3 �����CB �����CA ����HA ����������177.33 �30.0 3<BR>
&gt; CME Var_35 �HZ2 �����CZ �����CE ����HE2 ���������-70.81 �30.0 3<BR>
&gt; CME Var_36 �HZ3 �����CZ �����CE ����HE2 ����������45.43 �30.0 3<BR>
&gt; CME Var_37 �HZ2 �����CZ �����CE ����HE3 ����������45.37 �30.0 3<BR>
&gt; CME Var_38 �HZ3 �����CZ �����CE ����HE3 ���������161.61 �30.0 3<BR>
&gt; CME Var_39 �HH1 �����OH �����CZ ����HZ2 ����������51.95 �30.0 3<BR>
&gt; CME Var_40 �HH1 �����OH �����CZ ����HZ3 ���������-64.25 �30.0 3<BR>
&gt; #<BR>
&gt; loop_<BR>
&gt; _chem_comp_chir.comp_id<BR>
&gt; _chem_comp_chir.id<BR>
&gt; _chem_comp_chir.atom_id_centre<BR>
&gt; _chem_comp_chir.atom_id_1<BR>
&gt; _chem_comp_chir.atom_id_2<BR>
&gt; _chem_comp_chir.atom_id_3<BR>
&gt; _chem_comp_chir.volume_sign<BR>
&gt; CME chir_01 ��CA �����N ������C ������CB ���both<BR>
&gt; #<BR>
&gt;<BR>
&gt; _______________________________________________<BR>
&gt; phenixbb mailing list<BR>
&gt; <a href="phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><BR>
&gt; <a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
--<BR>
Nigel W. Moriarty<BR>
Building 64R0246B, Physical Biosciences Division<BR>
Lawrence Berkeley National Laboratory<BR>
Berkeley, CA 94720-8235<BR>
Phone : 510-486-5709� �� Email : <a href="NWMoriarty@LBL.gov">NWMoriarty@LBL.gov</a><BR>
Fax�� : 510-486-5909� � �� Web� : CCI.LBL.gov<BR>
_______________________________________________<BR>
phenixbb mailing list<BR>
<a href="phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><BR>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><BR>
<BR>
</SPAN></FONT></BLOCKQUOTE>
</BODY>
</HTML>