<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Kendall,<div>Usually that would mean that there is no segment in your model that has a gap in chain A missing residues 331-336 (6-residue gap). &nbsp;It could also mean that the sequence could not be aligned with your sequence file. &nbsp;Is one of those possible?</div><div>-Tom T</div><div><br><div><div>On Jan 24, 2011, at 1:47 PM, Kendall Nettles wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div>
<font face="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><span style="font-size:11pt">Dear PHENIX developers, <br>
I am trying fit_loops for the first time and getting error message: <br>
“No suitable gap found matching residues”<br>
<br>
I’m not sure what the problem is. <br>
<br>
Best regards,<br>
Kendall Nettles<br>
<br>
&nbsp;knettles$ phenix.fit_loops pdb_in=Liganded_overall_best-coot-1.pdb mtz_in=cycle_best_refine_map_coeffs_1.mtz seq_file=seq.dat start=331 end=336 chain_id=A<br>
<br>
<br>
# &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fit_loops<br>
#<br>
# Fit loops in a PDB file with gaps<br>
<br>
# Type phenix.doc for help<br>
<br>
Input sequence file is &nbsp;seq.dat<br>
Reading sequence from &nbsp;seq.dat<br>
Fit_loops: Fit a missing loop in a model.<br>
Map from: &nbsp;TEMP_cycle_best_refine_map_coeffs_1.mtz &nbsp;using labin &nbsp;FP=2FOFCWT PHIB=PH2FOFCWT <br>
Model from: &nbsp;Liganded_overall_best-coot-1.pdb<br>
LABIN LINE: &nbsp;FP=2FOFCWT PHIB=PH2FOFCWT <br>
<br>
<br>
No suitable gap found matching residues &nbsp;331 - 336 &nbsp;chain: &nbsp;A<br>
No final model obtained<br>
<br>
</span></font>
</div>


_______________________________________________<br>phenixbb mailing list<br><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb<br></blockquote></div><br><div>
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0; "><div><div><div><div><div><br>Thomas C. Terwilliger<br>Mail Stop M888<br>Los Alamos National Laboratory<br>Los Alamos, NM 87545<br><br>Tel:&nbsp; 505-667-0072&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; email: <a href="mailto:terwilliger@LANL.gov">terwilliger@LANL.gov</a><br>Fax: 505-665-3024&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOLVE web site:&nbsp;<a href="http://solve.lanl.gov">http://solve.lanl.gov</a><br>PHENIX web site: http:www.phenix-online.org<br>ISFI Integrated Center for Structure and Function Innovation web&nbsp;site:&nbsp;<a href="http://techcenter.mbi.ucla.edu">http://techcenter.mbi.ucla.edu</a><br>TB Structural Genomics Consortium web site:&nbsp;<a href="http://www.doe-mbi.ucla.edu/TB">http://www.doe-mbi.ucla.edu/TB</a></div><div>CBSS Center for Bio-Security Science web site: <a href="http://www.lanl.gov/cbss">http://www.lanl.gov/cbss</a><br><br></div></div></div></div><br></div></span><br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br></div></body></html>