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<TITLE>Ligandfit bug report</TITLE>
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<FONT FACE="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><SPAN STYLE='font-size:11pt'>We are generating pdb files with chemdraw3D, which turn out to not be &#8220;real&#8221; pdb files. PHENIX.ELBOW fixes them, but leaves some of the atom ID numbers blank, such as Oxygen #2, and Carbon #18:<BR>
</SPAN></FONT><SPAN STYLE='font-size:11pt'><FONT FACE="Courier, Courier New">HETATM &nbsp;&nbsp;17 &nbsp;C16 LIG &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;-83.510 &nbsp;-0.856 &nbsp;&nbsp;0.582 &nbsp;1.00 20.00 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;C &nbsp;<BR>
HETATM &nbsp;&nbsp;18 &nbsp;O01 LIG &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;-86.640 &nbsp;-2.401 &nbsp;-0.357 &nbsp;1.00 20.00 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;O &nbsp;<BR>
HETATM &nbsp;&nbsp;19 &nbsp;O &nbsp;&nbsp;LIG &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;-75.199 &nbsp;&nbsp;2.925 &nbsp;&nbsp;2.145 &nbsp;1.00 20.00 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;O &nbsp;<BR>
HETATM &nbsp;&nbsp;20 &nbsp;C17 LIG &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;-83.058 &nbsp;-0.188 &nbsp;&nbsp;1.872 &nbsp;1.00 20.00 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;C &nbsp;<BR>
HETATM &nbsp;&nbsp;21 &nbsp;C &nbsp;&nbsp;LIG &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;-76.676 &nbsp;&nbsp;0.780 &nbsp;-1.835 &nbsp;1.00 20.00 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;C &nbsp;<BR>
<BR>
After editing it to add in the missing numbers, I re-ran elbow, and found that the resulting optimized ligand had imploded, producing altered atom connectivity. If I ran it with --final_geometry it came out OK. If you would like files to reproduce the error, I am happy to send them. <BR>
<BR>
Best, <BR>
Kendall Nettles<BR>
</FONT></SPAN>
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