<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Ben,<div><br></div><div>All you should need is the</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;/programs/l/rosetta/3.2/rosetta_source/bin/mr_protocols.default</div><div><br></div><div>and the&nbsp;</div><div><br></div><div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;/programs/l/rosetta/3.2/rosetta_database</div><div><br></div>If you set "align_with_sculptor=False" you would also need the (missing) files in&nbsp;pilot_script_dir. (I didn't realize these files are not in the rosetta distribution.)</div><div><br></div><div>Let me know of problems.&nbsp;</div><div><br></div><div>Note: it may be helpful to run one or more of the regression tests on this to make sure you have everything set up correctly. You can do this for example with one of these:</div><div><br></div><div>phenix_regression.wizards.test_command_line_rosetta_quick_tests test_set_up # 10 sec, quick test for installation</div><div><br></div><div>phenix_regression.wizards.test_command_line_rosetta test_mr_rosetta # one full test, takes 15 minutes</div><div><br></div><div>phenix_regression.wizards.test_command_line_rosetta_quick_tests &nbsp;# 34 tests, takes an hour</div><div><br></div><div>All the best,</div><div>Tom T</div><div><br></div><div><div><div>On Jan 31, 2011, at 1:15 PM, Ben Eisenbraun wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div>Hi,<br><br>I'm testing Rosetta 3.2+PHENIX 1.7-650, and in the phenix.mr_rosetta<br>output, I see:<br><br>Checking rosetta paths:<br> &nbsp;rosetta binary: /programs/l/rosetta/3.2/rosetta_source/bin/mr_protocols.default <br> &nbsp;database_dir: /programs/l/rosetta/3.2/rosetta_database <br> &nbsp;script_dir: /programs/l/rosetta/3.2/rosetta_source/src/apps/public/electron_density<br>pilot_script_dir: /programs/l/rosetta/3.2/rosetta_source/src/apps/pilot/frank/<br><br>In the script directory, the C++ files were not built along with the<br>regular Rosetta build. &nbsp;Do those need to be compiled for the target<br>platform?<br><br>Also, the pilot_script_dir is empty. &nbsp;Is there supposed to be something in<br>there?<br><br>Thanks.<br><br>-ben<br><br>--<br>| Ben Eisenbraun<br>| SBGrid Consortium &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;| <a href="http://sbgrid.org">http://sbgrid.org</a> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;|<br>| Harvard Medical School &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;| <a href="http://hms.harvard.edu">http://hms.harvard.edu</a> &nbsp;|<br>_______________________________________________<br>phenixbb mailing list<br><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb<br></div></blockquote></div><br><div>
<div style="font-size: 12px; "><div><div><div><div><br>Thomas C. Terwilliger<br>Mail Stop M888<br>Los Alamos National Laboratory<br>Los Alamos, NM 87545<br><br>Tel:&nbsp; 505-667-0072&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; email: <a href="mailto:terwilliger@LANL.gov">terwilliger@LANL.gov</a><br>Fax: 505-665-3024&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOLVE web site:&nbsp;<a href="http://solve.lanl.gov">http://solve.lanl.gov</a><br>PHENIX web site: http:www.phenix-online.org<br>ISFI Integrated Center for Structure and Function Innovation web&nbsp;site:&nbsp;<a href="http://techcenter.mbi.ucla.edu">http://techcenter.mbi.ucla.edu</a><br>TB Structural Genomics Consortium web site:&nbsp;<a href="http://www.doe-mbi.ucla.edu/TB">http://www.doe-mbi.ucla.edu/TB</a></div><div>CBSS Center for Bio-Security Science web site: <a href="http://www.lanl.gov/cbss">http://www.lanl.gov/cbss</a><br><br></div></div></div></div><br></div><br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br></div></body></html>