<div>Hi Tom </div>
<div> </div>
<div>Thanks for the your time as well as suggestions regarding my data set. Thanks to Pavel also for the help he extended. </div>
<div> </div>
<div>Regards</div>
<div>Intekhab Alam<br><br></div>
<div class="gmail_quote">On Fri, Feb 11, 2011 at 3:00 AM, Thomas C. Terwilliger <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:terwilliger@lanl.gov">terwilliger@lanl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote style="BORDER-LEFT: #ccc 1px solid; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; PADDING-LEFT: 1ex" class="gmail_quote">Hi Intekhab,<br><br>I had a look at your data, thanks for providing it to Pavel.  Here is what<br>I see:<br>
<br>1. taking your starting model, removing the RIB ligand, and refining<br>against the native.sca and ligand.sca data gives models that have good<br>R/Rfree in each case (0.19/0.23 and 0.18/0.23), but differ by about 0.5A<br>
rms.  The models have coordinated shifts relative to each other in which<br>many atoms move together.<br><br>2. The largest positive density in your Fo-Fc map for the ligand.sca<br>refinement is at the position of your ligand. The density is not great,<br>
and doesn&#39;t cover the entire ligand.<br><br>3. The Fo(ligand)-Fo(native) map phased with your starting model shows<br>some density on parts of the ligand, and is considerably less clear than<br>the Fo-Fc map above, as you pointed out.<br>
<br>4. The Fo-Fc map with native.sca shows a little density on part of the<br>ligand.<br><br>I would suggest that the Fo(ligand)-Fo(native) map is probably a<br>relatively inaccurate picture of the ligand because it is a composite of<br>
all changes between native and ligand-bound structures.  The Fo-Fc map<br>based on ligand.sca refinement is probably your best picture of the<br>ligand.  The fact that this Fo-Fc map is not very clear despite the<br>reasonable resolution (2.5 A) and good R/Rfree suggests that the ligand is<br>
not always in exactly the same orientation or location.<br>
<div class="im"><br>All the best,<br>Tom T<br><br></div>
<div>
<div></div>
<div class="h5">&gt;&gt; I tried both ways Fapo-F ligand as well as Fligand-Fapo. You are right the<br>&gt;&gt; red density becomes negative when the F is reversed.<br>&gt;&gt; The unit cell parameters are quite same.<br>
&gt;&gt;<br>&gt;&gt; For native: a=120.557 b=196.262 c=109.339 , alpha =90, beta=114.231 and<br>&gt;&gt; gamma=90<br>&gt;&gt; ligand complexed data= a=119.952 b=196.084 c=109.206 , alpha =90,<br>&gt;&gt; beta=114.116 and gamma=90<br>
&gt;&gt;<br>&gt;&gt; My 2Fo-Fc map as well as Fo-Fc is quite significant and i modeled the<br>&gt;&gt; ligand<br>&gt;&gt; uisng that.<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; Regards<br>&gt;&gt; Intekhab Alam<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; On Thu, Feb 10, 2011 at 2:50 PM, &lt;<a href="mailto:det102@uoxray.uoregon.edu">det102@uoxray.uoregon.edu</a>&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;   This is a long shot, but it&#39;s possible that you calculated a<br>&gt;&gt;&gt; Fapo-Fligand map instead of the other way &#39;round.  Normally you<br>&gt;&gt;&gt; would have a positive peak surrounded by a negative ripple (due<br>
&gt;&gt;&gt; to series termination and other factors).  If you get the F&#39;s<br>&gt;&gt;&gt; reversed the negative ripple becomes positive and the ligand<br>&gt;&gt;&gt; density becomes negative.  What does you negative contour say?<br>
&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; Dale Tronrud<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; On 2/9/2011 7:33 PM, intekhab alam wrote:<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;&gt; Hi i am trying to calculate a difference map ( ligand-native ) using<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; isomorphous difference map program in phenix. I used the reflection<br>&gt;&gt;&gt;&gt; files of<br>&gt;&gt;&gt;&gt; ligand and native and phase information of ligand derived data. But the<br>&gt;&gt;&gt;&gt; difference map donot fits the ligand, and appears as a circular chunk<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; of<br>&gt;&gt;&gt;&gt; density at sigma level 5. I calculated an omit map that clearly showed<br>&gt;&gt;&gt;&gt; the<br>&gt;&gt;&gt;&gt; presence of my ligand at the specific position. Is there anything wrong<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; in<br>&gt;&gt;&gt;&gt; my calculation. What alternate ways are there to improve my difference<br>&gt;&gt;&gt;&gt; map.<br>&gt;&gt;&gt;&gt; --<br>&gt;&gt;&gt;&gt; INTEKHAB ALAM<br>&gt;&gt;&gt;&gt; LABORATORY OF STRUCTURAL BIOINFORMATICS<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; KOREA UNIVERSITY, SEOUL<br>&gt;&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;&gt; _______________________________________________<br>&gt;&gt;&gt;&gt; phenixbb mailing list<br>&gt;&gt;&gt;&gt; <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
&gt;&gt;&gt;&gt; <a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>&gt;&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;  _______________________________________________<br>
&gt;&gt;&gt; phenixbb mailing list<br>&gt;&gt;&gt; <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>&gt;&gt;&gt; <a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; --<br>&gt;&gt; INTEKHAB ALAM<br>&gt;&gt; LABORATORY OF STRUCTURAL BIOINFORMATICS<br>&gt;&gt; KOREA UNIVERSITY, SEOUL<br>&gt;&gt; _______________________________________________<br>
&gt;&gt; phenixbb mailing list<br>&gt;&gt; <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>&gt;&gt; <a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
&gt;&gt;<br><br>_______________________________________________<br>phenixbb mailing list<br><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br><a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>INTEKHAB ALAM<br>LABORATORY OF STRUCTURAL BIOINFORMATICS<br>KOREA UNIVERSITY, SEOUL<br>