
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">

    Hi Ram,<br>

    <br>

    <blockquote cite="mid:780973.11782.qm@web33305.mail.mud.yahoo.com"

      type="cite">

      <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">

        <tbody>

          <tr>

            <td style="font: inherit;" valign="top">How many cycles are

              required to remove the Rfree bias for different R-free

              data set. I usually do annealing at CNS. <br>

            </td>

          </tr>

        </tbody>

      </table>

    </blockquote>

    <br>

    - slightly shake coordinates and ADPs;<br>

    - remove water (if present);<br>

    - run phenix.refine with or without SA, refine coordinates,

    B-factors, use automated water update option, as many macro-cycles

    as necessary to achieve convergence (for example, R-factors stop

    changing).<br>

    <br>

    Alternatively, you may consider running your model through

    phenix.autobuild (which will be more thorough but time consuming

    option).<br>

    <br>

    The above strategy may (significantly) vary depending on the data

    resolution.<br>

    <br>

    Pavel.<br>

    <br>

  </body>

</html>