Hello,<br />
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I am working on the refinement of a structure about 2.8A, which the substrate ligand has an odd conformation. A blob of negative difference density about 4.8 sigma between the one portion of the ligand and the other. If I break down the ligand into two parts, the negative density disappears, however, one part of the ligands does not fit well. We suspect a mixture of conformations.<br />
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Any suggestions would be appreciated on how to setup refinement for ligands with alternative conformation.<br />
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Many thanks,<br />
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Yi Zheng<br />
Department of Biochemistry<br />
Michigan State University<br />