<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">

    Hi Fred, <br>

    <br>

    Cd ions should create no problem for phenix.refine and you don't

    need to run any additional program... Make sure it is defined in

    your PDB file like this:<br>

    <br>

    <font face="Courier New, Courier, monospace">HETATM&nbsp; 711 ZN&nbsp;&nbsp;&nbsp; ZN

      A1400&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.928 -11.394 -27.827&nbsp; 1.00 17.21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ZN2+<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      ^^<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Put

      the charge here<br>

    </font><br>

    Charge is optional, but note: phenix.refine does not infer the

    charge from the atom name.<br>

    It has to appear in the PDB charge columns 79-80 as shown above.<br>

    To make sure it is recognized correctly, look in phenix.refine log

    file - in the above example you would see something like this:<br>

    <br>

    &nbsp; Number of scattering types: 6<br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp; Type&nbsp; Number&nbsp;&nbsp;&nbsp; sf(0)<br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Zn2+&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28.00&nbsp;&nbsp; <br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; S&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16.00<br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Na&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.00<br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 240&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.00<br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 113&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.00<br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 442&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.00<br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp; sf(0) = scattering factor at diffraction angle 0.<br>

    <br>

    Pavel.<br>

    <br>

    <br>

    On 4/7/11 5:53 AM, Vellieux Frederic wrote:

    <blockquote cite="mid:4D9DB3D7.7080006@ibs.fr" type="cite">Hi all,

      <br>

      <br>

      I have some difficulties refining (what happens is an error

      status, i.e. no refinement taking place) of a coordinate file that

      contains Cadmium ions. The person here who has already refined a

      structure containing Cd ions using Phenix is not here at the

      moment (otherwise I would have asked him). In case you wonder: the

      CD is shifted 1 position to the left as is required for metal ions

      in a PDB.

      <br>

      <br>

      Phenix choked. So I ran ReadySet on the input pdb file and gave

      the output file to Phenix for the next attempt. Still failed, and

      the error message I get is:

      <br>

      <br>

      Fatal problems interpreting PDB file:

      <br>

      Number of atoms with unknown nonbonded energy type symbols: 2

      <br>

      Please edit the PDB file to resolve the problem and/or supply a

      Cif file with matching restraints definitions, along with

      apply_cif_modification and apply_cif_link parameter definitions if

      necessary.

      <br>

      Also note that phenix_ready_set and phenix.elbow are available for

      creating restraints definitions (CIF files).

      <br>

      <br>

      Running phenix.elbow (phenix.elbow input_file.pdb --do-all)

      <br>

      does not seem to do anything - no output file seems to be

      generated. Hence I am quite at loss here. Ready Set (from the gui)

      generated a file called name_of_the_coordinate_file.metal.edits ,

      which is used by phenix for the next attempt but which does not

      seem to solve the problem.

      <br>

      <br>

      Thanks for any advice,

      <br>

      <br>

      Fred.

      <br>

      _______________________________________________

      <br>

      phenixbb mailing list

      <br>

      <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>

      <br>

      <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>

      <br>

    </blockquote>

    <br>

  </body>

</html>