<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    Hi,<br>
    <br>
    occupancy refinement in phenix.refine does not use information about
    special positions. So if it sees an atom (or groups of atoms) having
    partial occupancy it will refine them to be any number between 0 and
    1. This is in my to-do list to fix one day.<br>
    <br>
    Currently, you need to turn off the occupancy refinement for these
    atoms manually using "occupancies.remove_selection".<br>
    <br>
    However, if the input occupancy is set to 1 then internally
    phenix.refine will do the right thing with respect to special
    position (it will apply the multiplicity factor), and it will not
    refine it. The downside of doing it this way is that this is not
    what PDB expects.<br>
    <br>
    Pavel.<br>
    <br>
    <br>
    On 4/30/11 10:07 PM, Ralf W. Grosse-Kunstleve wrote:
    <blockquote cite="mid:152136.43096.qm@web111407.mail.gq1.yahoo.com"
      type="cite">
      <div style="color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255,
        255); font-family: Courier
        New,courier,monaco,monospace,sans-serif; font-size: 10pt;">
        <div><span>This should work as you expect in more recent phenix
            versions. My recommendation is to install 1.7.1 and then try
            again. -- phenix versions can co-exist. Just make sure you
            source the phenix_env of the version you want to use.</span></div>
        <div><span>Ralf<br>
          </span></div>
        <div><br>
          <blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255);
            margin-left: 5px; padding-left: 5px;">
            <div style="font-family: Courier
              New,courier,monaco,monospace,sans-serif; font-size: 10pt;">
              <div style="font-family: times new roman,new
                york,times,serif; font-size: 12pt;"><font face="Arial"
                  size="2">
                  <hr size="1"><b><span style="font-weight: bold;">From:</span></b>
                  J. Fleming <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:moloch525@gmail.com">&lt;moloch525@gmail.com&gt;</a><br>
                  <b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b>
                  <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
                  <b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b>
                  Saturday, April 30, 2011 9:13 PM<br>
                  <b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b>
                  Re: [phenixbb] Sulfate ion on 2-fold axis<br>
                </font><br>
                <div id="yiv695713228">Hi all,<br>
                  <br>
                  &nbsp; I have a sulfate ion sitting on a 2-fold axis of
                  symmetry.&nbsp; If I set all the atom occupancies to 0.5
                  and refine using phenix.refine (Phenix v. 1.5-2) the
                  occupancies are changed to 0.00 for the sulfur, 1.00
                  for three of the oxygen's, and 0.72 for the fourth
                  oxygen.&nbsp; Can anyone explain this?<br>
                  <br>
                  Thanks in advance,<br>
                  Jon<br>
                </div>
              </div>
            </div>
          </blockquote>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>