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<body class='hmmessage'>

<br>Hi,<br>I'm using phenix for refinement and I keep getting an error. <br>My DNA strand has a bromo-uridine in it and phenix.refine keeps crashing on this nucleotide. <br>Here is the error:<br><br>Number of atoms with unknown nonbonded energy type symbols: 40<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; "ATOM&nbsp;&nbsp; 2770&nbsp; P&nbsp;&nbsp; BRU P&nbsp;&nbsp; 5 .*.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp; "<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; "ATOM&nbsp;&nbsp; 2771&nbsp; O1P BRU P&nbsp;&nbsp; 5 .*.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp; "<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; "ATOM&nbsp;&nbsp; 2772&nbsp; O2P BRU P&nbsp;&nbsp; 5 .*.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp; "<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; "ATOM&nbsp;&nbsp; 2773&nbsp; O5* BRU P&nbsp;&nbsp; 5 .*.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp; "<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; "ATOM&nbsp;&nbsp; 2774&nbsp; C5* BRU P&nbsp;&nbsp; 5 .*.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp; "<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; "ATOM&nbsp;&nbsp; 2775&nbsp; C4* BRU P&nbsp;&nbsp; 5 .*.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp; "<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; "ATOM&nbsp;&nbsp; 2776&nbsp; O4* BRU P&nbsp;&nbsp; 5 .*.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp; "<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; "ATOM&nbsp;&nbsp; 2777&nbsp; C1* BRU P&nbsp;&nbsp; 5 .*.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp; "<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; "ATOM&nbsp;&nbsp; 2778&nbsp; N1&nbsp; BRU P&nbsp;&nbsp; 5 .*.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp; "<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; "ATOM&nbsp;&nbsp; 2779&nbsp; C6&nbsp; BRU P&nbsp;&nbsp; 5 .*.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp; "<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; ... (remaining 30 not shown)<br><br>Here is what I have in my pdb: <br><br>ATOM&nbsp;&nbsp; 2901&nbsp; P&nbsp;&nbsp; BRU E&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33.977 -16.324&nbsp; 24.303&nbsp; 1.00 27.21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 2902&nbsp; O1P BRU E&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 34.027 -15.724&nbsp; 22.919&nbsp; 1.00 28.22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 2903&nbsp; O2P BRU E&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33.857 -15.340&nbsp; 25.393&nbsp; 1.00 25.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 2904&nbsp; O5* BRU E&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32.721 -17.236&nbsp; 24.418&nbsp; 1.00 28.02&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 2905&nbsp; C5* BRU E&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32.487 -18.228&nbsp; 23.495&nbsp; 1.00 28.50&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 2906&nbsp; C4* BRU E&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 31.047 -18.347&nbsp; 23.082&nbsp; 1.00 32.59&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 2907&nbsp; O4* BRU E&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30.337 -18.858&nbsp; 24.152&nbsp; 1.00 28.61&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 2908&nbsp; C1* BRU E&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29.369 -17.891&nbsp; 24.535&nbsp; 1.00 29.63&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 2909&nbsp; N1&nbsp; BRU E&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29.279 -17.855&nbsp; 25.962&nbsp; 1.00 29.72&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 2910&nbsp; C6&nbsp; BRU E&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30.426 -17.755&nbsp; 26.799&nbsp; 1.00 30.57&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 2911&nbsp; C5&nbsp; BRU E&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30.251 -17.738&nbsp; 28.232&nbsp; 1.00 30.89&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 2912 BR&nbsp;&nbsp; BRU E&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 31.869 -17.591&nbsp; 29.321&nbsp; 1.00 57.08&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Br<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 2913&nbsp; C4&nbsp; BRU E&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28.917 -17.845&nbsp; 28.826&nbsp; 1.00 30.70&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 2914&nbsp; O4&nbsp; BRU E&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28.768 -17.825&nbsp; 30.033&nbsp; 1.00 29.36&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 2915&nbsp; N3&nbsp; BRU E&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27.785 -17.945&nbsp; 27.981&nbsp; 1.00 29.36&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 2916&nbsp; C2&nbsp; BRU E&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27.961 -17.966&nbsp; 26.552&nbsp; 1.00 29.05&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 2917&nbsp; O2&nbsp; BRU E&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26.994 -18.064&nbsp; 25.848&nbsp; 1.00 35.29&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 2918&nbsp; C3* BRU E&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30.464 -17.006&nbsp; 22.751&nbsp; 1.00 34.58&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 2919&nbsp; C2* BRU E&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29.845 -16.605&nbsp; 23.968&nbsp; 1.00 33.10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 2920&nbsp; O3* BRU E&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29.526 -17.213&nbsp; 21.768&nbsp; 1.00 37.93&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<br><br>I have already run a BRU molecule through ReadySet and when I use the cif file generated from this phenix.refine will run through but when the Bromine atom is in the structure has a large negative density peak in the Fo-Fc map. <br>I think it may just be a naming thing. BRU is already in the monomer library so I don't understand why I get an error at first also without the readyset cif file. <br>Any suggestions? <br><br>Thanks,<br>Krystle<br><br>                                               </body>

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