
<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:Courier New, courier, monaco, monospace, sans-serif;font-size:10pt"><div><span>Hi Yuri,</span></div><div><span>Could you send me (off-list) the full log files of runs with the 650 release and the newest release?</span></div><div><span>Ralf</span></div><div><span></span></div><div><br><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><div style="font-family: Courier New, courier, monaco, monospace, sans-serif; font-size: 10pt;"><div style="font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt;"><font face="Arial" size="2"><hr size="1"><b><span style="font-weight:bold;">From:</span></b> Yuri &lt;yuri.pompeu@ufl.edu&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> phenix forum &lt;phenixbb@phenix-online.org&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Saturday, May 21, 2011 7:55 PM<br><b><span

 style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> [phenixbb] Weird R-free discrepancy.<br></font><br>

I was working on a model for&nbsp; at 1.9 A using the previous phenix release (650). I was almost finished r-free was 0.197. I installed the newest release and refined again and my r-free went up to 0.228!!.<br>The values for bsol and ksol look significantly different. I do not understand where the biggest difference is coming from...<br>Below I pasted part of the .log files. Old and new, respectively.<br><br>=============================== refinement start ==============================<br><br><br>&nbsp;  ----------structure factors based statistics (before refinement)----------<br><br><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  ----------X-ray data----------<br><br>|--(resolution: 1.90 - 28.74 A; n_refl. = 32203)------------------------------|<br>|&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;

 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; |<br>| r_work= 0.1747&nbsp;  r_free= 0.1967&nbsp;  ksol= 0.40&nbsp;  Bsol= 39.70&nbsp;  scale= 0.064&nbsp;  |<br>|&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; |<br>| overall anisotropic scale matrix (Cartesian basis; B11,B22,B33,B12,B13,B23):|<br>| (-1.65,-1.65,3.31,-0.00,0.00,0.00); trace/3= -0.00&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  |<br>|&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;

 &nbsp; &nbsp; |<br>| maximum likelihood estimate for coordinate error:&nbsp;  0.21 A&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  |<br>| x-ray target function (ml) for work reflections: 2.567485&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; |<br><br><br>=============================== refinement start ==============================<br><br><br>&nbsp;  ----------structure factors based statistics (before refinement)----------<br><br><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  ----------X-ray data----------<br><br>|--(resolution: 1.90 - 28.74 A; n_refl. = 34277)------------------------------|<br>|&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; |<br>| r_work= 0.1911&nbsp; 

 r_free= 0.2279&nbsp;  ksol= 0.40&nbsp;  Bsol= 59.62&nbsp;  scale= 0.063&nbsp;  |<br>|&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; |<br>| overall anisotropic scale matrix (Cartesian basis; B11,B22,B33,B12,B13,B23):|<br>| (-1.73,-1.73,3.47,0.00,0.00,-0.00); trace/3= 0.00&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; |<br>|&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; |<br>| maximum likelihood estimate for coordinate error:&nbsp;  0.55 A&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;

 &nbsp; &nbsp;  |<br>| x-ray target function (ml) for work reflections: 2.591014&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; |<br>|-----------------------------------------------------------------------------|<br><br><br>-- Yuri Pompeu<br>_______________________________________________<br>phenixbb mailing list<br><a ymailto="mailto:phenixbb@phenix-online.org" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb<br><br><br></div></div></blockquote></div></div></body></html>