<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    Hi,<br>
    <br>
    in a nutshell, the problem with CIF files created by PRODRG is that
    sometimes PRODRG assigns too small sigmas&nbsp; (esds), which in turn
    means that the corresponding terms in restraint targets become much
    larger than the others (since they are proportional to 1/sigma**2),
    and this results in distorting overall geometry during refinement.<br>
    <br>
    So, if you do refinement using phenix.refine it is the best to use
    phenix.ready_set to obtain cif files for your ligands, or if you get
    them from elsewhere then make sure they are correct.<br>
    <br>
    You can use phenix.reel to check your cif files - my recollection is
    that it will highlight bad esds.<br>
    <br>
    Pavel. <br>
    <br>
    On 5/25/11 12:09 AM, ChenTiantian wrote:
    <blockquote
      cite="mid:BANLkTi=iE5dv31V4BG481A8GgmykL6OrWA@mail.gmail.com"
      type="cite">Hi,there<br>
      I found that the cif file of ligand from ProDRG server is not good
      for phenix.refine.<br>
      I always got my ligand pdb file using ProDRG, and use the refmac
      file as the restraint file of the ligand, but I found that after
      running the phenix.refine, the rmsANGLE is very high.<br>
      the I followed someone's advice, using phenix.elbow to produce the
      ligand's cif file, that really make sense, now I can easily get
      the refinement value of the complex structure in a <br>
      reasonable level.<br>
      Hope it works with your structure too.<br>
      <br>
      Tiantian<br>
      <br>
      <div class="gmail_quote">On Tue, May 24, 2011 at 3:34 PM, Priit
        Eek <span dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:priit.eek@gmail.com">priit.eek@gmail.com</a>&gt;</span>
        wrote:<br>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt
          0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);
          padding-left: 1ex;">
          Thanks Nigel and Yuri! elbow.where_is_that_cif_file gave me
          the right cif to use in coot. Off to fix that sucrose now...<br>
          <font color="#888888"><br>
            Priit<br>
          </font>
          <div>
            <div class="h5"><br>
              <br>
              On 23.05.2011, at 17:55, Yuri wrote:<br>
              <br>
              &gt; All coot needs to run its real-space refinement is a
              .cif file as Nigel pointed out.<br>
              &gt; You can also get this file from other ligand library
              websites (proDrg, hic-cup, etc...). The only catch here
              is. The name of your sucrose atoms must match, exactly,
              those in the file.<br>
              &gt; Once you have such file go to the the file drop-down
              menu and click on Import CIF dictionary in coot. That
              should enable to rotate the rotatable bonds of your ligand<br>
              &gt;<br>
              &gt; --<br>
              &gt; Yuri Pompeu<br>
              &gt; _______________________________________________<br>
              &gt; phenixbb mailing list<br>
              &gt; <a moz-do-not-send="true"
                href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
              &gt; <a moz-do-not-send="true"
                href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb"
                target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
              <br>
              _______________________________________________<br>
              phenixbb mailing list<br>
              <a moz-do-not-send="true"
                href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
              <a moz-do-not-send="true"
                href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb"
                target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
            </div>
          </div>
        </blockquote>
      </div>
      <br>
      <br clear="all">
      <br>
      -- <br>
      Drug Discovery and Design Center,<br>
      Shanghai Institute of Materia Medica, Chinese Academy of Sciences<br>
      Address: Room 101, 646 Songtao Road, Zhangjiang Hi-Tech Park,<br>
      Pudong New Area, Shanghai, 201203, P.R. China<br>
      <pre wrap="">
<fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>