<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">
<HTML>
<HEAD>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=us-ascii">
<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.5.7654.12">
<TITLE>Inconsistent R-factors in PDB file</TITLE>
</HEAD>
<BODY>
<!-- Converted from text/rtf format -->

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">Hi,</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">Not sure if this has been asked before but recently I notice</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">d phenix seems to report inconsistent R-values after each refinement</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">.</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"> <FONT FACE="Calibri">The</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"> <FONT FACE="Calibri">final</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"> <FONT FACE="Calibri">values reported in the</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"> <FONT FACE="Calibri">screen</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"> <FONT FACE="Calibri">output after refinement match the values reported in the</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"> <FONT FACE="Calibri">&#8216;</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">Quick Facts</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">&#8217;</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri"> section, but are not matched by the values in the PDB deposition section. Attached is an example:</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"></SPAN><SPAN LANG="en-us"></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"></SPAN><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Courier New">...</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Courier New">REMARK ******************** REFINEMENT SUMMARY: QUICK FACTS *******************</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Courier New">REMARK Start: r_work = 0.1907 r_free = 0.2151 bonds = 0.004 angles = 0.727</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Courier New">REMARK Final: r_work =</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"><B></B></SPAN><SPAN LANG="en-us"><B> <FONT FACE="Courier New">0.1838</FONT></B></SPAN><SPAN LANG="en-us"></SPAN><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Courier New"> r_free =</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"><B></B></SPAN><SPAN LANG="en-us"><B> <FONT FACE="Courier New">0.2141</FONT></B></SPAN><SPAN LANG="en-us"></SPAN><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Courier New"> bonds = 0.005 angles = 0.832</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Courier New">REMARK ************************************************************************</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Courier New">...</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Courier New">REMARK IF THIS FILE IS FOR PDB DEPOSITION: REMOVE ALL FROM THIS LINE UP.</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Courier New">REMARK&nbsp;&nbsp; 3</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Courier New">REMARK&nbsp;&nbsp; 3 REFINEMENT.</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Courier New">REMARK&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; PROGRAM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : PHENIX (phenix.refine: 1.7.1_743)</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Courier New">REMARK&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; AUTHORS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : Adams,Afonine,Chen,Davis,Echols,Gopal,</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Courier New">REMARK&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : Grosse-Kunstleve,Headd,Hung,Immormino,Ioerger,McCoy,</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Courier New">REMARK&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : McKee,Moriarty,Pai,Read,Richardson,Richardson,Romo,</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"></SPAN><SPAN LANG="en-us"></SPAN><SPAN LANG="de"><FONT FACE="Courier New">REMARK&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : Sacchettini,Sauter,Smith,Storoni,Terwilliger,Zwart</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"></SPAN><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Courier New">REMARK&nbsp;&nbsp; 3</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Courier New">REMARK&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; REFINEMENT TARGET : ML</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Courier New">REMARK&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; </FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Courier New">REMARK&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; DATA USED IN REFINEMENT.</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Courier New">REMARK&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; RESOLUTION RANGE HIGH (ANGSTROMS) : 1.950&nbsp;&nbsp; </FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Courier New">REMARK&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; RESOLUTION RANGE LOW&nbsp; (ANGSTROMS) : 37.113&nbsp; </FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Courier New">REMARK&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; MIN(FOBS/SIGMA_FOBS)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 1.33&nbsp; </FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Courier New">REMARK&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; COMPLETENESS FOR RANGE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (%) : 92.21 </FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Courier New">REMARK&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; NUMBER OF REFLECTIONS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 29410&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Courier New">REMARK&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; </FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Courier New">REMARK&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; FIT TO DATA USED IN REFINEMENT.</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Courier New">REMARK&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; R VALUE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (WORKING + TEST SET) : 0.1894</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Courier New">REMARK&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; R VALUE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (WORKING SET) :</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"><B></B></SPAN><SPAN LANG="en-us"><B> <FONT FACE="Courier New">0.1877</FONT></B></SPAN><SPAN LANG="en-us"></SPAN><SPAN LANG="en-us"></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Courier New">REMARK&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; FREE R VALUE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"><B></B></SPAN><SPAN LANG="en-us"><B> <FONT FACE="Courier New">0.2122</FONT></B></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"></SPAN><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Courier New">REMARK&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; FREE R VALUE TEST SET SIZE&nbsp;&nbsp; (%) : 6.74&nbsp; </FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Courier New">REMARK&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; FREE R VALUE TEST SET COUNT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 1982&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"></SPAN><SPAN LANG="en-us"> </SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">For regular work I really don</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">&#8217;</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">t care as long as the values are consistent and tell me if the refinement reached convergence, but for a</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri"> deposition it matters a bit more. So w</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">hich values should I report</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri"> for a paper?</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">Cheers,</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <FONT FACE="Calibri">Carsten</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"></SPAN></P>

</BODY>
</HTML>