On Mon, May 30, 2011 at 6:31 PM, ChenTiantian <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:chentiantian2010@gmail.com">chentiantian2010@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">

1, Processing data with XDS (or HKL2000 for some of the datasets)<br>2,Molecule replacement with phaser.<br>3,Check and modify the structure residue by residue with COOT,<br>4,phenix.refine with the following command line:<br>

</blockquote><div><br></div><div>Step 3 is probably redundant - you can usually go straight to refinement, and afterwards the maps will be much clearer and easier to correct manually.  Add the rigid_body strategy if you&#39;re worried about the overall orientation of domains, and fix_rotamers=True to correct individual residues.</div>

<div><br></div><div>-Nat</div></div>