Hi,Nigel <br>Thank you very much, the problem is already solved.<br>Next time I will let you know if I meet new problems.<br><br>Best,<br>Tiantian<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jun 1, 2011 at 2:09 AM, Nigel Moriarty <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:nwmoriarty@lbl.gov">nwmoriarty@lbl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">Tiantian<br>
<br>
You can also improve the results by giving eLBOW all the information<br>
you have in the best possible format. There is a hierarchy of chemical<br>
inputs that provide information about your ligand. One of the best<br>
ways to remove ambiguity about a ligand is to include the hydrogens in<br>
the input. A rough guide to inputs from lowest common denominator to<br>
highest is<br>
<br>
1. PDB without hydrogens<br>
2. PDB with hydrogens<br>
3. Mol2D, Mol3D, SDF, SMILES, Tripos, Chemical Components code<br>
<br>
I&#39;d be happy to take a long at your input to assist you. Please send<br>
files directly to me.<br>
<br>
NB. Any files sent to me will be held in strictest confidence.<br>
<br>
Nigel<br>
<div><div></div><div class="h5"><br>
On Fri, May 27, 2011 at 6:12 PM, ChenTiantian<br>
&lt;<a href="mailto:chentiantian2010@gmail.com">chentiantian2010@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt; Hi there,<br>
&gt; Now I use phenix.elbow to produce the cif file of the ligand instead of<br>
&gt; using Prodrg.<br>
&gt; but I find a problem with this cif file, the C=N bond is not right, it<br>
&gt; becomes C-N in the<br>
&gt; cif file, so it does not fit the electron density, what should I do to<br>
&gt; modify the cif file to<br>
&gt; chage C-N to C=N ?<br>
&gt;<br>
&gt; Best Regards,<br>
&gt;<br>
&gt; Tiantian<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; Drug Discovery and Design Center,<br>
&gt; Shanghai Institute of Materia Medica, Chinese Academy of Sciences<br>
&gt; Address: Room 101, 646 Songtao Road, Zhangjiang Hi-Tech Park,<br>
&gt; Pudong New Area, Shanghai, 201203, P.R. China<br>
&gt;<br>
</div></div><div class="im">&gt; _______________________________________________<br>
&gt; phenixbb mailing list<br>
&gt; <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
&gt; <a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
&gt;<br>
&gt;<br>
<br>
<br>
<br>
</div><font color="#888888">--<br>
Nigel W. Moriarty<br>
Building 64R0246B, Physical Biosciences Division<br>
Lawrence Berkeley National Laboratory<br>
Berkeley, CA 94720-8235<br>
Phone : 510-486-5709� �� Email : NWMoriarty@LBL.gov<br>
Fax�� : 510-486-5909� � �� Web� : <a href="http://CCI.LBL.gov" target="_blank">CCI.LBL.gov</a><br>
</font><div><div></div><div class="h5">_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Drug Discovery and Design Center,<br>Shanghai Institute of Materia Medica, Chinese Academy of Sciences<br>Address: Room 101, 646 Songtao Road, Zhangjiang Hi-Tech Park,<br>
Pudong New Area, Shanghai, 201203, P.R. China<br>