Yes. It is 2Fo-Fc map. The resolution is 1.36 with 97% completeness.<br>I have attached three small screen shots to clarify your suggestions.<br>lig density-ref11.tif- 2Fo-Fc map before ligand fitting<br>lig omit density.tif - map after omitting the ligand from the final pdb.<br>
density-no lig.tif - map  without the ligand using the final pdb<br><br>Thanks<br>Mary<br><br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jun 3, 2011 at 12:47 PM, Ed Pozharski <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:epozh001@umaryland.edu">epozh001@umaryland.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="im">On Fri, 2011-06-03 at 11:41 -0400, Desi Mail wrote:<br>
&gt; But the 2Fo map around the ligand without omit is well defined.<br>
&gt; Phenix defines a very big box around the target pdb-includes<br>
&gt; surrounding protein residues. Is there a way to control this?<br>
&gt;<br>
&gt; The omit map of the water molecule in the binding site is also poor.<br>
&gt;<br>
<br>
</div>BTW, do you mean 2Fo-Fc map, not 2Fo?  And what exactly you mean by poor<br>
density?<br>
<br>
Don&#39;t know if the box size can be changed, but if you want to omit just<br>
the ligand, follow Jacob&#39;s suggestion - omit the ligand and run<br>
simulated annealing to remove bias.<br>
<br>
In theory, the observed behavior suggests model bias.  What&#39;s the<br>
resolution?<br>
<font color="#888888"><br>
--<br>
&quot;I&#39;d jump in myself, if I weren&#39;t so good at whistling.&quot;<br>
</font><div><div></div><div class="h5">                               Julian, King of Lemurs<br>
<br>
_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>