<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><span style="color: rgb(255, 0, 0);">i am new user<br><br>first Q??</span><br>with HKL2000 (with scale anomalous option: ON)<br><br>the output.sca file is like that (for example):<br>&nbsp; 1<br>&nbsp;-985<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 38.064&nbsp;&nbsp;&nbsp; 89.066&nbsp;&nbsp;&nbsp; 51.543&nbsp;&nbsp;&nbsp; 90.000&nbsp;&nbsp; 100.446&nbsp;&nbsp;&nbsp; 90.000 p21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; 3433.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 77.1<br>&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 735.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.0<br>&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 11&nbsp; 1564.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25.4<br>&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 12&nbsp; 5643.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 88.3<br>&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 13&nbsp;&nbsp; 541.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.7<br>&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;
 0&nbsp; 14&nbsp; 1701.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27.4<br>&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 2060.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 47.0<br>&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; 4115.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 75.3&nbsp;&nbsp; 4257.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 97.5<br>&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; 8782.0&nbsp;&nbsp; 280.6&nbsp; 7728.9&nbsp;&nbsp; 173.9<br>&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 5&nbsp; 1760.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28.4&nbsp; 1778.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33.5<br>&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 6&nbsp; 6650.2&nbsp;&nbsp; 122.2&nbsp; 6843.2&nbsp;&nbsp; 126.0<br>&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 7&nbsp; 1935.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 36.6&nbsp; 1794.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29.1<br>&nbsp;<br>is that one is merged or unmerged?????<br><br>if i compare with the output.sca with scale anomalous option (off):<br>&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; 3444.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 77.3<br>&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;
 3&nbsp;&nbsp; 734.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.0<br>&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; 1705.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27.5<br>&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 5&nbsp; 2693.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 49.4<br>&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 6&nbsp; 8383.1&nbsp;&nbsp; 153.9<br>-------------------------------------------------------<br><span style="color: rgb(255, 0, 0);">second Q?</span><br>using output.sca (with scale anomalous option on) for molecular Replacment generate MR.mtz<br>which shows F,SIGF in data labels under phenix.refine<br><br>the generated (refine_data.mtz) shows:<br>I-obs(+),SIGI-obs(+),I-obs(-),SIGI-obs(-)<br><br>what is going on in first and second run?<br>-----------------------------------------------------------------<br><span style="color: rgb(255, 0, 0);">third Q?</span><br>i want to generate anomalous difference map using phenix.map<br><br>but when i use output.sca (with scale anomalous option: ON) as reflections
 file<br>the data label show ((i-obs,sigma))<br><br>how to convert this SCA file (if it is merged) to unmerged sca file to creat anomalous difference map for protein contains Br, Sn and Sulpher??<br>i want to see peaks for these 3 elements to confirm their presence. <br><br>N.B: the wavelenght was 1.00900 <br>N.B: resolution 1.78 A<br>N.B: i use GUI phenix<br><br>i am sorry for that long e-mail.<br>thank you in advance<br><br>haytham wahba<br>biochemi<br>UdeM<br>Canada<br><br><br><br></td></tr></table>