<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
    <title></title>
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">
    Hi,<br>
    <br>
    <blockquote
      cite="mid:BANLkTimC7sgKXyCE5Uzocq0OPH3KwJUpKQ@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div class="gmail_quote">
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt
          0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);
          padding-left: 1ex;">
          <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">
            <tbody>
              <tr>
                <td style="font: inherit;" valign="top"><span
                    style="color: rgb(255, 0, 0);">third Q?</span><br>
                  i want to generate anomalous difference map using
                  phenix.map<span class="Apple-style-span"
                    style="font-size: small;"><span
                      class="Apple-style-span" style="font-size:
                      medium;"><br>
                    </span></span></td>
              </tr>
            </tbody>
          </table>
        </blockquote>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    if your input data file contains anomalous fobs+ and fobs- (or iobs+
    and iobs-) then phenix.maps (as well as phenix.refine) will generate
    anomalous difference map automatically. All you need to do is:<br>
    <br>
    1) Run phenix.maps to create a parameter file;<br>
    2) Edit that parameter file: specify input data file and labels, PDB
    file, etc;<br>
    3) Run it:<br>
    phenix.maps maps.params<br>
    <br>
    This is all explained in great details here:<br>
    <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/documentation/phenix_maps.htm">http://phenix-online.org/documentation/phenix_maps.htm</a><br>
    <br>
    Alternatively, you can use PHENIX GUI to do the same thing: it is
    very easy and may be a better option for someone who is
    uncomfortable with running things in the command line, editing
    parameter files, etc.<br>
    <br>
    Pavel.<br>
    <br>
  </body>
</html>