<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><br>June 23, 2011, 9:30 AM<br><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><br><div id="yiv1190454155"><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font-family: inherit; font-style: inherit; font-variant: inherit; font-weight: inherit; font-size: inherit; line-height: inherit; font-size-adjust: inherit; font-stretch: inherit; -x-system-font: none;" valign="top">Dear all<br><br>dimer in AU<br>average B factor 21<br>resolution: 1.78<br><br>each subunit shows 2 Tin atoms in the active site<br><br>B factor for 2 tin in chain A 15 and 19<br><br>but <br><br>B factor for other 2 tin in chain B 30 and <span style="font-weight: bold; color: rgb(255, 0, 0);">41</span><br><br><span style="font-weight: bold; color: rgb(255, 0, 0);">41</span> for tin which is between the 2 cysteine (photo
 attached) (occ: 0.25) this one which i am worry about ((because the average B factor for the surrounding amino acid is 20))<br><br>and 30 of the other one near phoshate (occ: 0.70)<br><br>1- i tried to change the occupancy or refine the occupancy for tin trying to reduce B factor (41)<br>it works (reduced to 30) but it gives me a +ve peak<br><br>what could i do to solve this problem??<br><br>2- other trial to define charge for that tin<br>HETATM 3241&nbsp;
 SN&nbsp;&nbsp; SN C&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.543&nbsp; -2.139 -14.821&nbsp; 0.25 41.55&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <span style="font-weight: bold;">SN4+</span><br>but it was the same result.<br><br>--- is this definetion for that charge is OK or it is not enough in PDB file<br><br>--- is this way is understandable by phenix.refine?<br>i mean does phenix differentiate in refinment between SN, SN2+ and SN4+??<br><br><br>N.B: protein soaked in DimethylTindiBromide<br><br>Haytham Wahba<br>Biochemistry<br>UdeM<br>Canada<br><br></td></tr></tbody></table></div></blockquote></td></tr></table>