<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><br><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><div id="yiv1061018729"><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font-family: inherit; font-style: inherit; font-variant: inherit; font-weight: inherit; font-size: inherit; line-height: inherit; font-size-adjust: inherit; font-stretch: inherit; -x-system-font: none;" valign="top"><font size="2">Version: 1.7<br>&nbsp; Release tag: 650<br>&nbsp; Platform: intel-linux-2.6-x86_64 linux<br>&nbsp; User: haytham</font><br><br>why phenix does not recognise ACT, PO4 Sn and Br (unusual residue) as you see in this part in the Log file.. (see below)<br><br>Chain: "C"<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Number of atoms: 4<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Number of conformers: 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Conformer:
 ""<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Number of residues, atoms: 1, 4<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Unusual residues: {'ACT': 1}<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Classifications: {'undetermined': 1}<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Chain: "C"<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Number of atoms: 4<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Number of conformers: 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Conformer: ""<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Number of residues, atoms: 1,
 4<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Unusual residues: {'ACT': 1}<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Classifications: {'undetermined': 1}<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Chain: "E"<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Number of atoms: 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Number of conformers: 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Conformer: ""<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Number of residues, atoms: 1, 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Unusual residues: {' SN': 1}<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Classifications: {'undetermined': 1}<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Chain: "E"<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Number of atoms: 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Number of conformers: 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Conformer: ""<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Number of residues, atoms: 1, 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 Unusual residues: {' SN': 1}<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Classifications: {'undetermined': 1}<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Chain: "F"<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Number of atoms: 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Number of conformers: 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Conformer: ""<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Number of residues, atoms: 1, 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Unusual residues: {' SN': 1}<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Classifications: {'undetermined': 1}<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Chain: "G"<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Number of atoms: 5<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Number of conformers: 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Conformer: ""<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Number of residues, atoms: 1, 5<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Unusual residues: {'PO4':
 1}<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Classifications: {'undetermined': 1}<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Chain: "G"<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Number of atoms: 5<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Number of conformers: 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Conformer: ""<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Number of residues, atoms: 1, 5<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Unusual residues: {'PO4': 1}<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Classifications: {'undetermined': 1}<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Chain: "H"<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Number of atoms: 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Number of conformers: 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Conformer: ""<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Number of residues, atoms: 1, 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Unusual residues: {' BR': 1}<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 Classifications: {'undetermined': 1}<br>&nbsp; Residues with excluded nonbonded symmetry interactions: 2<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; residue:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; pdb=" SN&nbsp;&nbsp; SN E&nbsp;&nbsp; 1 " occ=0.70<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; residue:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; pdb=" SN&nbsp;&nbsp; SN E&nbsp;&nbsp; 2 " occ=0.20<br>---------------------------------------------------------<br>when i try to refine specially the Tin atom (not other, ACT,...) in coot after phenix.refine. coot display ((no restraints Found,...lablabla))<br><br>-----------------------------------------------------------<br><br><br>this is the PDB (what is the wrong with that)<br>HETATM 3552&nbsp; O&nbsp;&nbsp; HOH S 361&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.670&nbsp; -4.327&nbsp;&nbsp; 9.559&nbsp; 1.00 34.14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp; <br>TER&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3553&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HOH S
 361&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>HETATM 3554&nbsp; OXT ACT C&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.133&nbsp; -3.417&nbsp;&nbsp; 7.937&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp; <br>HETATM 3555&nbsp; C&nbsp;&nbsp; ACT C&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.911&nbsp; -2.331&nbsp;&nbsp; 7.357&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp; <br>HETATM 3556&nbsp; O&nbsp;&nbsp; ACT C&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.897&nbsp; -1.607&nbsp;&nbsp; 7.183&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp; <br>HETATM 3557&nbsp;
 CH3 ACT C&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.550&nbsp; -1.912&nbsp;&nbsp; 6.905&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>TER&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3558&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ACT C&nbsp;&nbsp; 1<br>HETATM 3559&nbsp; OXT ACT C&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.700&nbsp; -2.628&nbsp;&nbsp; 9.985&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp; <br>HETATM 3560&nbsp; C&nbsp;&nbsp; ACT C&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.962&nbsp; -1.952&nbsp; 11.000&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp; <br>HETATM 3561&nbsp; O&nbsp;&nbsp; ACT C&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.756&nbsp; -2.461&nbsp; 11.809&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp; <br>HETATM 3562&nbsp; CH3 ACT C&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.364&nbsp; -0.601&nbsp;
 11.240&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>TER&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3563&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ACT C&nbsp;&nbsp; 2<br>HETATM 3564&nbsp; SN&nbsp;&nbsp; SN E&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.346&nbsp; -4.396 -16.894&nbsp; 0.70 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SN<br>TER&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3565&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SN E&nbsp;&nbsp; 1<br>HETATM 3566&nbsp; SN&nbsp;&nbsp; SN E&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.492&nbsp; -2.146 -14.779&nbsp; 0.20 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SN<br>TER&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3567&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SN E&nbsp;&nbsp; 2<br>HETATM 3568&nbsp; SN&nbsp;&nbsp; SN F&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.186&nbsp;&nbsp; 0.632&nbsp;&nbsp; 6.366&nbsp; 1.00 30.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SN<br>TER&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 3569&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SN F&nbsp;&nbsp; 1<br>HETATM 3570&nbsp; P&nbsp;&nbsp; PO4 G&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.763&nbsp; 10.047&nbsp; -3.974&nbsp; 1.00 30.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp; <br>HETATM 3571&nbsp; O1&nbsp; PO4 G&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.960&nbsp; 10.924&nbsp; -4.190&nbsp; 1.00 30.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp; <br>HETATM 3572&nbsp; O2&nbsp; PO4 G&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.531&nbsp; 10.872&nbsp; -4.101&nbsp; 1.00 30.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp; <br>HETATM 3573&nbsp; O3&nbsp; PO4 G&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.758&nbsp;&nbsp; 8.978&nbsp; -5.017&nbsp; 1.00 30.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp; <br>HETATM 3574&nbsp; O4&nbsp; PO4 G&nbsp;&nbsp;
 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.835&nbsp;&nbsp; 9.456&nbsp; -2.607&nbsp; 1.00 30.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<br>TER&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3575&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; PO4 G&nbsp;&nbsp; 1<br>HETATM 3576&nbsp; P&nbsp;&nbsp; PO4 G&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.060&nbsp; -4.976 -17.812&nbsp; 1.00 30.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp; <br>HETATM 3577&nbsp; O1&nbsp; PO4 G&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.418&nbsp; -5.179 -18.415&nbsp; 1.00 30.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp; <br>HETATM 3578&nbsp; O2&nbsp; PO4 G&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.223&nbsp; -4.116 -18.710&nbsp; 1.00 30.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp; <br>HETATM 3579&nbsp; O3&nbsp; PO4 G&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.412&nbsp; -6.316 -17.597&nbsp; 1.00
 30.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp; <br>HETATM 3580&nbsp; O4&nbsp; PO4 G&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.172&nbsp; -4.280 -16.485&nbsp; 1.00 30.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<br>TER&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3581&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; PO4 G&nbsp;&nbsp; 2<br>HETATM 3582&nbsp; BR&nbsp;&nbsp; BR H&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.484&nbsp; 11.317 -29.959&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; BR<br>TER&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3583&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; BR H&nbsp;&nbsp; 1<br>END<br></td></tr></tbody></table></div></blockquote></td></tr></table>