I don&#39;t know if this helps but you have TER cards in the middle of chains E and G. This might be confusing the program. <br><br>Good Luck,<br><br>Katherine Sippel<br><br>Postdoctoral Associate<br>Baylor College of Medicine<br>
<br><div class="gmail_quote">On Mon, Jun 27, 2011 at 6:01 PM, Haytham Wahba <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:haytham_wahba@yahoo.com">haytham_wahba@yahoo.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font:inherit" valign="top"><br><blockquote style="border-left:2px solid rgb(16, 16, 255);margin-left:5px;padding-left:5px"><div><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">
<tbody><tr><td style="font-family:inherit;font-style:inherit;font-variant:inherit;font-weight:inherit;font-size:inherit;line-height:inherit;font-size-adjust:inherit;font-stretch:inherit" valign="top"><font size="2">Version: 1.7<br>
� Release tag: 650<br>� Platform: intel-linux-2.6-x86_64 linux<br>� User: haytham</font><br><br>why phenix does not recognise ACT, PO4 Sn and Br (unusual residue) as you see in this part in the Log file.. (see below)<br><br>
Chain: &quot;C&quot;<br>����� Number of atoms: 4<br>����� Number of conformers: 1<br>����� Conformer:
 &quot;&quot;<br>������� Number of residues, atoms: 1, 4<br>��������� Unusual residues: {&#39;ACT&#39;: 1}<br>��������� Classifications: {&#39;undetermined&#39;: 1}<br>��� Chain: &quot;C&quot;<br>����� Number of atoms: 4<br>
����� Number of conformers: 1<br>����� Conformer: &quot;&quot;<br>������� Number of residues, atoms: 1,
 4<br>��������� Unusual residues: {&#39;ACT&#39;: 1}<br>��������� Classifications: {&#39;undetermined&#39;: 1}<br>��� Chain: &quot;E&quot;<br>����� Number of atoms: 1<br>����� Number of conformers: 1<br>����� Conformer: &quot;&quot;<br>
������� Number of residues, atoms: 1, 1<br>��������� Unusual residues: {&#39; SN&#39;: 1}<br>��������� Classifications: {&#39;undetermined&#39;: 1}<br>��� Chain: &quot;E&quot;<br>����� Number of atoms: 1<br>����� Number of conformers: 1<br>
����� Conformer: &quot;&quot;<br>������� Number of residues, atoms: 1, 1<br>���������
 Unusual residues: {&#39; SN&#39;: 1}<br>��������� Classifications: {&#39;undetermined&#39;: 1}<br>��� Chain: &quot;F&quot;<br>����� Number of atoms: 1<br>����� Number of conformers: 1<br>����� Conformer: &quot;&quot;<br>
������� Number of residues, atoms: 1, 1<br>��������� Unusual residues: {&#39; SN&#39;: 1}<br>��������� Classifications: {&#39;undetermined&#39;: 1}<br>��� Chain: &quot;G&quot;<br>����� Number of atoms: 5<br>����� Number of conformers: 1<br>
����� Conformer: &quot;&quot;<br>������� Number of residues, atoms: 1, 5<br>��������� Unusual residues: {&#39;PO4&#39;:
 1}<br>��������� Classifications: {&#39;undetermined&#39;: 1}<br>��� Chain: &quot;G&quot;<br>����� Number of atoms: 5<br>����� Number of conformers: 1<br>����� Conformer: &quot;&quot;<br>������� Number of residues, atoms: 1, 5<br>
��������� Unusual residues: {&#39;PO4&#39;: 1}<br>��������� Classifications: {&#39;undetermined&#39;: 1}<br>��� Chain: &quot;H&quot;<br>����� Number of atoms: 1<br>����� Number of conformers: 1<br>����� Conformer: &quot;&quot;<br>
������� Number of residues, atoms: 1, 1<br>��������� Unusual residues: {&#39; BR&#39;: 1}<br>���������
 Classifications: {&#39;undetermined&#39;: 1}<br>� Residues with excluded nonbonded symmetry interactions: 2<br>��� residue:<br>����� pdb=&quot; SN�� SN E�� 1 &quot; occ=0.70<br>��� residue:<br>����� pdb=&quot; SN�� SN E�� 2 &quot; occ=0.20<br>
---------------------------------------------------------<br>when i try to refine specially the Tin atom (not other, ACT,...) in coot after phenix.refine. coot display ((no restraints Found,...lablabla))<br><br>-----------------------------------------------------------<br>
<br><br>this is the PDB (what is the wrong with that)<br>HETATM 3552� O�� HOH S 361����� 11.670� -4.327�� 9.559� 1.00 34.14���������� O� <br>TER��� 3553����� HOH S
 361����������������������������������������������������� <br>HETATM 3554� OXT ACT C�� 1����� 10.133� -3.417�� 7.937� 1.00 20.00���������� O� <br>HETATM 3555� C�� ACT C�� 1������ 9.911� -2.331�� 7.357� 1.00 20.00���������� C� <br>
HETATM 3556� O�� ACT C�� 1����� 10.897� -1.607�� 7.183� 1.00 20.00���������� O� <br>HETATM 3557�
 CH3 ACT C�� 1������ 8.550� -1.912�� 6.905� 1.00 20.00���������� C<br>TER��� 3558����� ACT C�� 1<br>HETATM 3559� OXT ACT C�� 2����� 10.700� -2.628�� 9.985� 1.00 20.00���������� O� <br>HETATM 3560� C�� ACT C�� 2����� 10.962� -1.952� 11.000� 1.00 20.00���������� C� <br>
HETATM 3561� O�� ACT C�� 2����� 11.756� -2.461� 11.809� 1.00 20.00���������� O� <br>HETATM 3562� CH3 ACT C�� 2����� 10.364� -0.601�
 11.240� 1.00 20.00���������� C<br>TER��� 3563����� ACT C�� 2<br>HETATM 3564� SN�� SN E�� 1������ 6.346� -4.396 -16.894� 0.70 20.00��������� SN<br>TER��� 3565������ SN E�� 1<br>HETATM 3566� SN�� SN E�� 2������ 6.492� -2.146 -14.779� 0.20 20.00��������� SN<br>
TER��� 3567������ SN E�� 2<br>HETATM 3568� SN�� SN F�� 1����� 10.186�� 0.632�� 6.366� 1.00 30.00��������� SN<br>TER���
 3569������ SN F�� 1<br>HETATM 3570� P�� PO4 G�� 1������ 5.763� 10.047� -3.974� 1.00 30.00���������� P� <br>HETATM 3571� O1� PO4 G�� 1������ 6.960� 10.924� -4.190� 1.00 30.00���������� O� <br>HETATM 3572� O2� PO4 G�� 1������ 4.531� 10.872� -4.101� 1.00 30.00���������� O� <br>
HETATM 3573� O3� PO4 G�� 1������ 5.758�� 8.978� -5.017� 1.00 30.00���������� O� <br>HETATM 3574� O4� PO4 G��
 1������ 5.835�� 9.456� -2.607� 1.00 30.00���������� O<br>TER��� 3575����� PO4 G�� 1<br>HETATM 3576� P�� PO4 G�� 2������ 9.060� -4.976 -17.812� 1.00 30.00���������� P� <br>HETATM 3577� O1� PO4 G�� 2����� 10.418� -5.179 -18.415� 1.00 30.00���������� O� <br>
HETATM 3578� O2� PO4 G�� 2������ 8.223� -4.116 -18.710� 1.00 30.00���������� O� <br>HETATM 3579� O3� PO4 G�� 2������ 8.412� -6.316 -17.597� 1.00
 30.00���������� O� <br>HETATM 3580� O4� PO4 G�� 2������ 9.172� -4.280 -16.485� 1.00 30.00���������� O<br>TER��� 3581����� PO4 G�� 2<br>HETATM 3582� BR�� BR H�� 1������ 9.484� 11.317 -29.959� 1.00 20.00��������� BR<br>TER��� 3583������ BR H�� 1<br>
END<br></td></tr></tbody></table></div></blockquote></td></tr></tbody></table><br>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br></blockquote></div><br>