phenix.refine does recognize all of your residues, it just flags them as &quot;unusual&quot; for your information. There is also &quot;unknown&quot;. If it finds any of those it will stop.<div><br></div><div>I think the Coot problem is unrelated; I hope someone else can help.</div>
<div><br><div>Ralf</div><div><br></div><div><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jun 27, 2011 at 4:01 PM, Haytham Wahba <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:haytham_wahba@yahoo.com">haytham_wahba@yahoo.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0"><tbody><tr><td valign="top" style="font:inherit"><br><blockquote style="border-left:2px solid rgb(16, 16, 255);margin-left:5px;padding-left:5px">
<div><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font-family:inherit;font-style:inherit;font-variant:inherit;font-weight:inherit;font-size:inherit;line-height:inherit;font-size-adjust:inherit;font-stretch:inherit" valign="top">
<font size="2">Version: 1.7<br>  Release tag: 650<br>  Platform: intel-linux-2.6-x86_64 linux<br>  User: haytham</font><br><br>why phenix does not recognise ACT, PO4 Sn and Br (unusual residue) as you see in this part in the Log file.. (see below)<br>
<br>Chain: &quot;C&quot;<br>      Number of atoms: 4<br>      Number of conformers: 1<br>      Conformer:
 &quot;&quot;<br>        Number of residues, atoms: 1, 4<br>          Unusual residues: {&#39;ACT&#39;: 1}<br>          Classifications: {&#39;undetermined&#39;: 1}<br>    Chain: &quot;C&quot;<br>      Number of atoms: 4<br>
      Number of conformers: 1<br>      Conformer: &quot;&quot;<br>        Number of residues, atoms: 1,
 4<br>          Unusual residues: {&#39;ACT&#39;: 1}<br>          Classifications: {&#39;undetermined&#39;: 1}<br>    Chain: &quot;E&quot;<br>      Number of atoms: 1<br>      Number of conformers: 1<br>      Conformer: &quot;&quot;<br>
        Number of residues, atoms: 1, 1<br>          Unusual residues: {&#39; SN&#39;: 1}<br>          Classifications: {&#39;undetermined&#39;: 1}<br>    Chain: &quot;E&quot;<br>      Number of atoms: 1<br>      Number of conformers: 1<br>
      Conformer: &quot;&quot;<br>        Number of residues, atoms: 1, 1<br>         
 Unusual residues: {&#39; SN&#39;: 1}<br>          Classifications: {&#39;undetermined&#39;: 1}<br>    Chain: &quot;F&quot;<br>      Number of atoms: 1<br>      Number of conformers: 1<br>      Conformer: &quot;&quot;<br>
        Number of residues, atoms: 1, 1<br>          Unusual residues: {&#39; SN&#39;: 1}<br>          Classifications: {&#39;undetermined&#39;: 1}<br>    Chain: &quot;G&quot;<br>      Number of atoms: 5<br>      Number of conformers: 1<br>
      Conformer: &quot;&quot;<br>        Number of residues, atoms: 1, 5<br>          Unusual residues: {&#39;PO4&#39;:
 1}<br>          Classifications: {&#39;undetermined&#39;: 1}<br>    Chain: &quot;G&quot;<br>      Number of atoms: 5<br>      Number of conformers: 1<br>      Conformer: &quot;&quot;<br>        Number of residues, atoms: 1, 5<br>
          Unusual residues: {&#39;PO4&#39;: 1}<br>          Classifications: {&#39;undetermined&#39;: 1}<br>    Chain: &quot;H&quot;<br>      Number of atoms: 1<br>      Number of conformers: 1<br>      Conformer: &quot;&quot;<br>
        Number of residues, atoms: 1, 1<br>          Unusual residues: {&#39; BR&#39;: 1}<br>         
 Classifications: {&#39;undetermined&#39;: 1}<br>  Residues with excluded nonbonded symmetry interactions: 2<br>    residue:<br>      pdb=&quot; SN   SN E   1 &quot; occ=0.70<br>    residue:<br>      pdb=&quot; SN   SN E   2 &quot; occ=0.20<br>
---------------------------------------------------------<br>when i try to refine specially the Tin atom (not other, ACT,...) in coot after phenix.refine. coot display ((no restraints Found,...lablabla))<br><br>-----------------------------------------------------------<br>
<br><br>this is the PDB (what is the wrong with that)<br>HETATM 3552  O   HOH S 361      11.670  -4.327   9.559  1.00 34.14           O  <br>TER    3553      HOH S
 361                                                      <br>HETATM 3554  OXT ACT C   1      10.133  -3.417   7.937  1.00 20.00           O  <br>HETATM 3555  C   ACT C   1       9.911  -2.331   7.357  1.00 20.00           C  <br>
HETATM 3556  O   ACT C   1      10.897  -1.607   7.183  1.00 20.00           O  <br>HETATM 3557 
 CH3 ACT C   1       8.550  -1.912   6.905  1.00 20.00           C<br>TER    3558      ACT C   1<br>HETATM 3559  OXT ACT C   2      10.700  -2.628   9.985  1.00 20.00           O  <br>HETATM 3560  C   ACT C   2      10.962  -1.952  11.000  1.00 20.00           C  <br>
HETATM 3561  O   ACT C   2      11.756  -2.461  11.809  1.00 20.00           O  <br>HETATM 3562  CH3 ACT C   2      10.364  -0.601 
 11.240  1.00 20.00           C<br>TER    3563      ACT C   2<br>HETATM 3564  SN   SN E   1       6.346  -4.396 -16.894  0.70 20.00          SN<br>TER    3565       SN E   1<br>HETATM 3566  SN   SN E   2       6.492  -2.146 -14.779  0.20 20.00          SN<br>
TER    3567       SN E   2<br>HETATM 3568  SN   SN F   1      10.186   0.632   6.366  1.00 30.00          SN<br>TER   
 3569       SN F   1<br>HETATM 3570  P   PO4 G   1       5.763  10.047  -3.974  1.00 30.00           P  <br>HETATM 3571  O1  PO4 G   1       6.960  10.924  -4.190  1.00 30.00           O  <br>HETATM 3572  O2  PO4 G   1       4.531  10.872  -4.101  1.00 30.00           O  <br>
HETATM 3573  O3  PO4 G   1       5.758   8.978  -5.017  1.00 30.00           O  <br>HETATM 3574  O4  PO4 G  
 1       5.835   9.456  -2.607  1.00 30.00           O<br>TER    3575      PO4 G   1<br>HETATM 3576  P   PO4 G   2       9.060  -4.976 -17.812  1.00 30.00           P  <br>HETATM 3577  O1  PO4 G   2      10.418  -5.179 -18.415  1.00 30.00           O  <br>
HETATM 3578  O2  PO4 G   2       8.223  -4.116 -18.710  1.00 30.00           O  <br>HETATM 3579  O3  PO4 G   2       8.412  -6.316 -17.597  1.00
 30.00           O  <br>HETATM 3580  O4  PO4 G   2       9.172  -4.280 -16.485  1.00 30.00           O<br>TER    3581      PO4 G   2<br>HETATM 3582  BR   BR H   1       9.484  11.317 -29.959  1.00 20.00          BR<br>TER    3583       BR H   1<br>
END<br></td></tr></tbody></table></div></blockquote></td></tr></tbody></table><br>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br></blockquote></div><br></div></div>