<p>Dear Pavel, <br>
 This would still yield &quot;normal&quot; density in the entire unit cell. It seems to me that Tjaard wants a map covering only the ligand (if I understand correctly).</p>
<p>Using my phone, so I can&#39;t comment on what phenix programs would be good.</p>
<p>Venlig hilsen<br>
Folmer Fredslund<br>
(and sorry for top posting)</p>
<div class="gmail_quote">Den 06/07/2011 17.46 skrev &quot;Pavel Afonine&quot; &lt;<a href="mailto:pafonine@lbl.gov">pafonine@lbl.gov</a>&gt;:<br type="attribution">&gt; Hi Tjaar,<br>&gt; <br>&gt; an easy and transparent way of doing what you want with just one command:<br>
&gt; <br>&gt; phenix.refin model.pdb data.mtz simulated_annealing=true <br>&gt; modify_start_model.occupancies.set=0 modify_start_model.selection=&quot;chain <br>&gt; A and resname LIG&quot;<br>&gt; <br>&gt; the residual map (Fourier map coefficients) in output MTZ file is the <br>
&gt; map you want (that you can open and see in Coot). The command <br>&gt; phenix.mtz2map will convert this map into actual CCP4 or X-plor <br>&gt; formatted map:<br>&gt; <br>&gt; <a href="http://phenix-online.org/documentation/mtz2map.htm">http://phenix-online.org/documentation/mtz2map.htm</a><br>
&gt; <br>&gt; You can see the content of output MTZ file using phenix.mtz.dump command.<br>&gt; <br>&gt; You should discard the output PDB file since will contain the ligand <br>&gt; with zero occupancy.<br>&gt; <br>&gt;&gt; I would like to generate an SA-omit Fo-Fc map for a ligand bound to <br>
&gt;&gt; protein.<br>&gt;&gt; Using the GUI I selected the AutoBuild-Create Omit Map module and set <br>&gt;&gt; the following :<br>&gt;&gt; - data.mtz<br>&gt;&gt; - protein.pdb (no ligand, no solvent) = start model<br>&gt;&gt; - ligand.pdb (just ligand) = omit map atoms<br>
&gt;&gt; - omit map type = simulated annealing<br>&gt;&gt; - omit region = omit around pdb<br>&gt;&gt; The resulting map (/OMIT/resolve_composite_map.mtz) shows density for <br>&gt;&gt; both the protein and the ligand. <br>
&gt; <br>&gt; This should be equivalent to what I described above, and if not then <br>&gt; there is a problem that we need to fix.<br>&gt; <br>&gt;&gt; When I feed this into the CCP4 module FFT to generate an nF1-mF2 map <br>
&gt;&gt; (with n=1 and m=1) I still get density for both the protein and ligand.<br>&gt; <br>&gt; I don&#39;t know what this step does so can&#39;t comment.<br>&gt; <br>&gt; Let me know if you have any questions or need help with this.<br>
&gt; <br>&gt; Pavel.<br>&gt; <br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; phenixbb mailing list<br>&gt; <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>&gt; <a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
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