We can expand reciprocal-space arrays, too, with the <font class="Apple-style-span" face="&#39;courier new&#39;, monospace">cctbx.miller.array.expand_to_p1() </font>method. You can use it from the command line via<div><br>
</div><div>phenix.reflection_file_converter --expand-to-p1 ...</div><div><br></div><div>See also: <font class="Apple-style-span" face="&#39;courier new&#39;, monospace"><a href="http://www.phenix-online.org/documentation/reflection_file_tools.htm">http://www.phenix-online.org/documentation/reflection_file_tools.htm</a></font></div>
<div><br></div><div>Ralf</div><div><br></div><div><div><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jul 11, 2011 at 10:56 AM,  <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:zhangh1@umbc.edu">zhangh1@umbc.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
Sorry I haven&#39;t got a chance to check my email recently.<br>
<br>
Yes, I meant expansion to P1. The thing is cctbx relies on the atomic<br>
model I think, but I only have model Fc available.<br>
<br>
Hailiang<br>
<div><div></div><div class="h5"><br>
&gt; I suspect what Hailang means is expansion into P1.<br>
&gt;<br>
&gt; I am sure this can be accomplished through some either existing or<br>
&gt; easily coded cctbx tool.  However, when I looked into a different task<br>
&gt; recently that included P1 expansion as a step, I learned that SFTOOLs<br>
&gt; can do this, albeit there was a bug there which caused trouble in<br>
&gt; certain space groups (may be fixed by now so check if there is an<br>
&gt; update).<br>
&gt;<br>
&gt; Hailang - if P1 expansion is what you need, I could share my own code as<br>
&gt; well, let me know if that is something you want to try.<br>
&gt;<br>
&gt; Cheers,<br>
&gt;<br>
&gt; Ed.<br>
&gt;<br>
&gt; On Fri, 2011-07-08 at 14:44 -0700, Ralf Grosse-Kunstleve wrote:<br>
&gt;&gt; Did you get responses already?<br>
&gt;&gt; If not, could you explain your situation some more?<br>
&gt;&gt; We have algorithms that do the symmetry summation in reciprocal space.<br>
&gt;&gt; The input is a list of Fc in P1, based on the unit cell of the<br>
&gt;&gt; crystal. Is that what you have?<br>
&gt;&gt; Ralf<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; On Wed, Jul 6, 2011 at 1:38 PM, &lt;<a href="mailto:zhangh1@umbc.edu">zhangh1@umbc.edu</a>&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;         Hi,<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;         I am wondering if I only have structure factors calculated<br>
&gt;&gt;         from a single<br>
&gt;&gt;         symmetric unit, is there any phenix utility which can<br>
&gt;&gt;         calculate the<br>
&gt;&gt;         structure factor for the whole unit cell given the symmetric<br>
&gt;&gt;         operation or<br>
&gt;&gt;         space group and crystal parameters? Note I don&#39;t have an<br>
&gt;&gt;         atomic model and<br>
&gt;&gt;         only have Fc.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;         Thanks!<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;         Hailiang<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;         _______________________________________________<br>
&gt;&gt;         phenixbb mailing list<br>
&gt;&gt;         <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
&gt;&gt;         <a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; _______________________________________________<br>
&gt;&gt; phenixbb mailing list<br>
&gt;&gt; <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
&gt;&gt; <a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
&gt;<br>
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&gt; phenixbb mailing list<br>
&gt; <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
&gt; <a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
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phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
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