<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">
    Hi Haytham,<br>
    <br>
    <blockquote
      cite="mid:1310560996.49542.YahooMailNeo@web113815.mail.gq1.yahoo.com"
      type="cite">
      <div style="color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255,
        255); font-family: bookman old style,new york,times,serif;
        font-size: 18pt;">
        <div><font size="4">How to get rid of restraints_edite.params in
            the following run of phenix.refine, i mean after using it in
            previous run.</font></div>
        <font size="4">and </font></div>
    </blockquote>
    <br>
    When you run phenix.refine it creates a number of files, and one of
    them is .def file that contains all the parameters for the next
    subsequent refinement run. This includes the information taken from
    restraints_edite.params file. So to do what you want just edit .def
    file to remove the lines that were in restraints_edite.params file.<br>
    <br>
    <blockquote
      cite="mid:1310560996.49542.YahooMailNeo@web113815.mail.gq1.yahoo.com"
      type="cite">
      <div style="color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255,
        255); font-family: bookman old style,new york,times,serif;
        font-size: 18pt;"><font size="4">what is <tt class="docutils
            literal"><span class="pre">.def</span></tt> files. and <tt
            class="docutils literal"><span class="pre">bond.slack</span></tt></font><br>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    These two questions are answered in phenix.refine manual:<br>
    <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/documentation/refinement.htm">http://phenix-online.org/documentation/refinement.htm</a><br>
    <br>
    Pavel.<br>
  </body>
</html>