Hi,<br>I was trying to get one ADP per residue using the command as suggested in the PHENIX document:<br><br><p class="first"><strong>Refining group isotropic B-factors</strong>
</p><p class="first">One B-factor per residue:
</p><pre class="literal-block">% phenix.refine data.hkl model.pdb strategy=group_adp<br><br><br>See a part of my out pdb file (column 11):<br><br>ATOM   6971  C2  ADE F  15     -29.960 -20.547 -31.167  1.00 23.82      F    C<br>
ATOM   6972  N1  ADE F  15     -30.382 -20.054 -32.336  1.00 24.20      F    N<br>ATOM   6973  C6  ADE F  15     -30.077 -20.702 -33.471  1.00 21.52      F    C<br>ATOM   6974  N6  ADE F  15     -30.496 -20.192 -34.629  1.00 20.08      F    N<br>
ATOM   6975  C5  ADE F  15     -29.321 -21.893 -33.361  1.00 21.08      F    C<br>ATOM   6976  N7  ADE F  15     -28.823 -22.777 -34.307  1.00 22.85      F    N<br>ATOM   6977  C8  ADE F  15     -28.193 -23.670 -33.593  1.00 21.80      F    C<br>
ATOM   6978  C2&#39; ADE F  15     -27.648 -25.781 -31.357  1.00 22.11      F    C<br>�<br><br>But, I got different temperature factors for different atoms in the same residue. Is that what I should get? How can I create one <br>
temperature factor for each residue? <br><br>Regards...<br><br>Hena<br></pre><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, May 26, 2011 at 11:05 AM, Pavel Afonine <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:pafonine@lbl.gov">pafonine@lbl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><u></u>

  
    
    
  
  <div bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    Hi Christian,<br>
    <br>
    the problem is that you did not ask phenix.refine to refine the rest
    of the atoms isotropically (with your command below you only refine
    anisotropic ADPs of atoms in chain Q, and the B-factors of all the
    other atoms are not refined):<br>
    <br>
    <blockquote type="cite">
      <div style="font-family:-moz-fixed;font-size:12px" lang="x-unicode">
        <pre>    adp {
      individual {
        anisotropic = &quot;chain Q&quot;
      }</pre>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    I would do it like this:<br>
    <br>
    adp {<br>
    � individual {<br>
    ���� anisotropic = chain Q and element CL<br>
    ���� isotropic = not (chain Q and element CL)<br>
    � }<br>
    }<br>
    <br>
    Pavel.<br>
    <br>
  </div>

<br>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br></blockquote></div><br>