<div>Hi, Tom</div>
<div>sorry for the delayed response.</div>
<div>I was abale to fix by running one model.</div>
<div>rosetta is working fine now.</div>
<div> </div>
<div>thanks again</div>
<div> </div>
<div>Intekhab Alam<br><br></div>
<div class="gmail_quote">On Thu, Jul 21, 2011 at 11:49 PM, Thomas C. Terwilliger <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:terwilliger@lanl.gov">terwilliger@lanl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote style="BORDER-LEFT: #ccc 1px solid; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; PADDING-LEFT: 1ex" class="gmail_quote">Hi Intekhab,<br><br>I&#39;m glad the test works at least.  How about trying this:<br><br>Run just the job that hangs, but instead of running 100 models...just run<br>
one single model.  Does that work?<br><br>All the best,<br>Tom<br>
<div>
<div></div>
<div class="h5"><br><br>&gt;&gt; Hi Tom<br>&gt;&gt; i tried the commnad line and it works well. we also have increased the<br>&gt;&gt; memory to 3GB (earlier it was 2GB)<br>&gt;&gt; but still the system hangs with no response overnight.<br>
&gt;&gt; the specifications of my system is as:<br>&gt;&gt; Ubuntu 9.04<br>&gt;&gt; GCC 4.2<br>&gt;&gt; RAM 3GB<br>&gt;&gt; Rosetta 3.2<br>&gt;&gt; Phenix 1.7.1<br>&gt;&gt; the command line test using<br>&gt;&gt; &quot;phenix_regression.wizards.test_command_line_rosetta_quick_tests<br>
&gt;&gt; test_rosetta_rebuild&quot; works well .<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; regards<br>&gt;&gt; intekhab alam<br>&gt;&gt; On Tue, Jul 19, 2011 at 11:31 PM, Thomas C. Terwilliger &lt;<br>&gt;&gt; <a href="mailto:terwilliger@lanl.gov">terwilliger@lanl.gov</a>&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; Hi Intekhab,<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; I&#39;m not sure about the part about the machine shutting down...but here<br>&gt;&gt;&gt; is<br>&gt;&gt;&gt; a little test you can run to make sure that rosetta and phenix are<br>
&gt;&gt;&gt; working<br>&gt;&gt;&gt; properly together in rebuilding a model:<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;  phenix_regression.wizards.test_command_line_rosetta_quick_tests<br>&gt;&gt;&gt; test_rosetta_rebuild<br>&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; or a more complete set of tests:<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;  phenix_regression.wizards.test_command_line_rosetta_quick_tests<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; All the best,<br>&gt;&gt;&gt; Tom T<br>&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; On 07/19/2011 04:49 PM, intekhab alam wrote:<br>&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Hi<br>&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; i tried to run rosetta on a unix machine (ubuntu 9.04) for my data.<br>
&gt;&gt;&gt; Upto<br>&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; MR step everything goes fine , but during the rebuilding step after<br>&gt;&gt;&gt; 20<br>&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; cycles the computer shuts down.<br>&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; Interesting behavior for a Linux machine.<br>&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; Once the machine has rebooted, reading the output<br>&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; of the dmesg command and looking at events prior to the last boot<br>
&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; may give you some information on why the computer hung.<br>&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; My guess is that you went out of memory while using mr_rosetta.<br>&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; i have attached the log file for the autobuilding run of rosetta. i<br>
&gt;&gt;&gt; am<br>&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; using phenix 1.7.1-743 version.<br>&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; i will be grateful if some one helps me out<br>&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; --<br>&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; INTEKHAB ALAM<br>
&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; LABORATORY OF STRUCTURAL BIOINFORMATICS<br>&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; KOREA UNIVERSITY, SEOUL<br>&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; _______________________________________________<br>
&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; phenixbb mailing list<br>&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; <a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; _______________________________________________<br>&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; phenixbb mailing list<br>&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; <a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; _______________________________________________<br>
&gt;&gt;&gt; phenixbb mailing list<br>&gt;&gt;&gt; <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>&gt;&gt;&gt; <a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; --<br>&gt;&gt; INTEKHAB ALAM<br>&gt;&gt; LABORATORY OF STRUCTURAL BIOINFORMATICS<br>&gt;&gt; KOREA UNIVERSITY, SEOUL<br>&gt;&gt;<br><br></div></div></blockquote>
</div><br><br clear="all"><br>-- <br>INTEKHAB ALAM<br>LABORATORY OF STRUCTURAL BIOINFORMATICS<br>KOREA UNIVERSITY, SEOUL<br>