<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=windows-1252"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    Hi Tanya,<br>
    <br>
    thanks for sending the data and model files. Here are some results.<br>
    <br>
    1) Starting values corresponding to the model you sent me:<br>
    <br>
    r_work = 0.2891 r_free = 0.3267<br>
    MOLPROBITY STATISTICS.<br>
     ALL-ATOM CLASHSCORE : 67.04 <br>
     RAMACHANDRAN PLOT:<br>
       OUTLIERS : 6.04  %<br>
       ALLOWED  : 16.58 %<br>
       FAVORED  : 77.38 %<br>
     ROTAMER OUTLIERS : 14.80 %<br>
     CBETA DEVIATIONS : 13<br>
    <br>
    2) I ran six refinement jobs using input model with and without H
    atoms, and for each model I tried 3 ways of using NCS in refinement:
    the new option defining NCS in torsion angle space, let
    phenix.refine define NCS automatically and apply it in Cartesian
    space, and finally I used the NCS selections that you sent me. So 2
    (model with and w/o H) * 3 (NCS options) = 6 refinements in total.<br>
    <br>
    Here are the results:<br>
    <br>
    MODEL with H:<br>
    <br>
    - torsion NCS:<br>
    <br>
    r_work = 0.2951 r_free = 0.3319<br>
    REMARK   3  MOLPROBITY STATISTICS.<br>
    REMARK   3   ALL-ATOM CLASHSCORE : 19.91 <br>
    REMARK   3   RAMACHANDRAN PLOT:<br>
    REMARK   3     OUTLIERS : 1.99  %<br>
    REMARK   3     ALLOWED  : 6.99  %<br>
    REMARK   3     FAVORED  : 91.02 %<br>
    REMARK   3   ROTAMER OUTLIERS : 0.45 %<br>
    REMARK   3   CBETA DEVIATIONS : 0<br>
    <br>
    - Cartesian NCS defined automatically:<br>
    <br>
    r_work = 0.3260 r_free = 0.3427<br>
    REMARK   3  MOLPROBITY STATISTICS.<br>
    REMARK   3   ALL-ATOM CLASHSCORE : 12.79 <br>
    REMARK   3   RAMACHANDRAN PLOT:<br>
    REMARK   3     OUTLIERS : 1.02  %<br>
    REMARK   3     ALLOWED  : 5.97  %<br>
    REMARK   3     FAVORED  : 93.01 %<br>
    REMARK   3   ROTAMER OUTLIERS : 14.07 %<br>
    REMARK   3   CBETA DEVIATIONS : 45<br>
    <br>
    - Cartesian NCS using your selections for NCS groups:<br>
    <br>
    r_work = 0.2792 r_free = 0.3245<br>
    REMARK   3  MOLPROBITY STATISTICS.<br>
    REMARK   3   ALL-ATOM CLASHSCORE : 15.29 <br>
    REMARK   3   RAMACHANDRAN PLOT:<br>
    REMARK   3     OUTLIERS : 0.90  %<br>
    REMARK   3     ALLOWED  : 7.77  %<br>
    REMARK   3     FAVORED  : 91.33 %<br>
    REMARK   3   ROTAMER OUTLIERS : 12.87 %<br>
    REMARK   3   CBETA DEVIATIONS : 36<br>
    <br>
    <br>
    MODEL without H:<br>
    <br>
    - torsion NCS:<br>
    <br>
    r_work = 0.2938 r_free = 0.3301<br>
    REMARK   3  MOLPROBITY STATISTICS.<br>
    REMARK   3   ALL-ATOM CLASHSCORE : 30.12 <br>
    REMARK   3   RAMACHANDRAN PLOT:<br>
    REMARK   3     OUTLIERS : 1.89  %<br>
    REMARK   3     ALLOWED  : 7.01  %<br>
    REMARK   3     FAVORED  : 91.11 %<br>
    REMARK   3   ROTAMER OUTLIERS : 0.22 %<br>
    REMARK   3   CBETA DEVIATIONS : 2<br>
    <br>
    - Cartesian NCS defined automatically:<br>
    <br>
    r_work = 0.3174 r_free = 0.3354<br>
    REMARK   3  MOLPROBITY STATISTICS.<br>
    REMARK   3   ALL-ATOM CLASHSCORE : 33.76 <br>
    REMARK   3   RAMACHANDRAN PLOT:<br>
    REMARK   3     OUTLIERS : 0.63  %<br>
    REMARK   3     ALLOWED  : 6.31  %<br>
    REMARK   3     FAVORED  : 93.06 %<br>
    REMARK   3   ROTAMER OUTLIERS : 12.60 %<br>
    REMARK   3   CBETA DEVIATIONS : 142<br>
    <br>
    - Cartesian NCS using your selections for NCS groups:<br>
    <br>
    r_work = 0.2762 r_free = 0.3233<br>
    REMARK   3  MOLPROBITY STATISTICS.<br>
    REMARK   3   ALL-ATOM CLASHSCORE : 41.83 <br>
    REMARK   3   RAMACHANDRAN PLOT:<br>
    REMARK   3     OUTLIERS : 0.73  %<br>
    REMARK   3     ALLOWED  : 8.32  %<br>
    REMARK   3     FAVORED  : 90.95 %<br>
    REMARK   3   ROTAMER OUTLIERS : 18.36 %<br>
    REMARK   3   CBETA DEVIATIONS : 118<br>
    <br>
    3) Looking at the results above, I would say we have two overall
    equally good results (in my interpretation):<br>
    <br>
    MODEL with H (torsion NCS):<br>
    <br>
    r_work = 0.2951 r_free = 0.3319<br>
    REMARK   3  MOLPROBITY STATISTICS.<br>
    REMARK   3   ALL-ATOM CLASHSCORE : 19.91 <br>
    REMARK   3   RAMACHANDRAN PLOT:<br>
    REMARK   3     OUTLIERS : 1.99  %<br>
    REMARK   3     ALLOWED  : 6.99  %<br>
    REMARK   3     FAVORED  : 91.02 %<br>
    REMARK   3   ROTAMER OUTLIERS : 0.45 %<br>
    REMARK   3   CBETA DEVIATIONS : 0<br>
    <br>
    and<br>
    <br>
    MODEL without H (torsion NCS):<br>
    <br>
    r_work = 0.2938 r_free = 0.3301<br>
    REMARK   3  MOLPROBITY STATISTICS.<br>
    REMARK   3   ALL-ATOM CLASHSCORE : 30.12 <br>
    REMARK   3   RAMACHANDRAN PLOT:<br>
    REMARK   3     OUTLIERS : 1.89  %<br>
    REMARK   3     ALLOWED  : 7.01  %<br>
    REMARK   3     FAVORED  : 91.11 %<br>
    REMARK   3   ROTAMER OUTLIERS : 0.22 %<br>
    REMARK   3   CBETA DEVIATIONS : 2<br>
    <br>
    compare it to your original structure:<br>
    <br>
    r_work = 0.2891 r_free = 0.3267<br>
    MOLPROBITY STATISTICS.<br>
     ALL-ATOM CLASHSCORE : 67.04 <br>
     RAMACHANDRAN PLOT:<br>
       OUTLIERS : 6.04  %<br>
       ALLOWED  : 16.58 %<br>
       FAVORED  : 77.38 %<br>
     ROTAMER OUTLIERS : 14.80 %<br>
     CBETA DEVIATIONS : 13<br>
    <br>
    4) To be able to reproduce these numbers you need to use the most
    recent PHENIX version from the nightly builds:<br>
    <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.phenix-online.org/download/nightly_builds.cgi">http://www.phenix-online.org/download/nightly_builds.cgi</a><br>
    use dev-838 and up.<br>
    <br>
    5) I'm sending the relevant files off-list.<br>
    <br>
    6) The six commands I used are:<br>
    <br>
    phenix.refine data.mtz model_H.pdb ramachandran_restraints=true
    main.number_of_mac=5 optimize_xyz_weight=true
    optimize_adp_weight=true --overwrite main.ncs=true ncs.type=torsion
    output.prefix=H secondary_structure_restraints=true *cif
    xray_data.high_res=3.6 &gt; &amp; zlogH &amp;<br>
    <br>
    phenix.refine data.mtz model.pdb ramachandran_restraints=true
    main.number_of_mac=5 optimize_xyz_weight=true
    optimize_adp_weight=true --overwrite main.ncs=true ncs.type=torsion
    output.prefix=noH secondary_structure_restraints=true *cif
    xray_data.high_res=3.6 &gt; &amp; zlognoH &amp;<br>
    <br>
    <br>
    phenix.refine data.mtz model_H.pdb excessive_distance_limit=None
    ramachandran_restraints=true main.number_of_mac=5
    optimize_xyz_weight=true optimize_adp_weight=true --overwrite
    main.ncs=true output.prefix=H_ncsC
    secondary_structure_restraints=true *cif xray_data.high_res=3.6 &gt;
    &amp; zlogH_ncsC &amp;<br>
    <br>
    phenix.refine data.mtz model.pdb   excessive_distance_limit=None
    ramachandran_restraints=true  main.number_of_mac=5
    optimize_xyz_weight=true optimize_adp_weight=true --overwrite
    main.ncs=true output.prefix=noH_ncsC
    secondary_structure_restraints=true *cif xray_data.high_res=3.6 &gt;
    &amp; zlognoH_ncsC &amp;<br>
    <br>
    <br>
    phenix.refine data.mtz model_H.pdb excessive_distance_limit=None
    ncs_groups_H.params ramachandran_restraints=true
    main.number_of_mac=5 optimize_xyz_weight=true
    optimize_adp_weight=true --overwrite main.ncs=true
    output.prefix=H_ncsC_cust secondary_structure_restraints=true *cif
    xray_data.high_res=3.6 &gt; &amp; zlogH_ncsC_cust &amp;<br>
    <br>
    phenix.refine data.mtz model.pdb   excessive_distance_limit=None
    ncs_groups_H.params ramachandran_restraints=true 
    main.number_of_mac=5 optimize_xyz_weight=true
    optimize_adp_weight=true --overwrite main.ncs=true
    output.prefix=noH_ncsC_cust secondary_structure_restraints=true *cif
    xray_data.high_res=3.6 &gt; &amp; zlognoH_ncsC_cust &amp;<br>
    <br>
    It may not be necessary to use weights optimization, although I did
    not try without it. I recommend you try it: if it turns out to be
    not necessary than it may save you many hours of time.<br>
    <br>
    Also, the amount of CB-outliers and Ramachandran outliers in your
    original model probably indicates that it is far from final and
    requires some careful analysis manually.<br>
    <br>
    As Nat mentioned before, fit_rotamers will not work at resolutions
    lower than 2.8-3.0A, as it relies on "reasonably good" density. I
    plan to extend it to lower resolutions, but it will take some time.<br>
    <br>
    You don't need to run tools like phenix.ramalyze, etc separately
    after refinement, since most of Molprobity statistics is reported in
    REMARK 3 records by phenix.refine as in examples above.<br>
    <br>
    Finally, you don't really have to type all these long commands.
    Using parameter files is easy, and can reduce the amount of typing
    to something like:<br>
    <br>
    phenix.refine params.eff<br>
    <br>
    See
<a class="moz-txt-link-freetext" href="https://www.phenix-online.org/presentations/latest/pavel_phenix_refine.pdf">https://www.phenix-online.org/presentations/latest/pavel_phenix_refine.pdf</a><br>
    for details and examples.<br>
    <br>
    7) Finally finally, at 3.6A resolution or so, the R-factors withing
    ~2% can be considered the same. For example, I would not say that
    r_free = 0.3245 is better than 0.3319.<br>
    For discussion see<br>
    <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/newsletter/CCN_2011_07.pdf">http://phenix-online.org/newsletter/CCN_2011_07.pdf</a><br>
    article "<span class="Apple-style-span" style="border-collapse:
      separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Times; font-style:
      normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing:
      normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px;
      text-transform: none; white-space: normal; widows: 2;
      word-spacing: 0px; font-size: medium;"><span
        class="Apple-style-span" style="font-family:
        verdana,helvetica,arial,sans-serif; font-size: 14px;">Improved
        target weight optimization in phenix.refine</span></span>". <br>
    <br>
    Please let me know if you have any questions or need any help with
    this.<br>
    <br>
    Pavel.<br>
    <br>
    <br>
    On 7/30/11 11:35 AM, Tatyana Sysoeva wrote:
    <blockquote
cite="mid:CAGikDO7iCFgb=fP=LyM1mGQzZ1++HY=FVoJT5SfAbE-166SbYg@mail.gmail.com"
      type="cite">I ran the same commands with the build dev-833.<br>
      Below are the results. <br>
      These parameters are obtained by running phenix.ramalyze, cbetdev,
      and clashscore.<br>
      I am almost done repeating fix-rotamers run. First time it gave a
      way worse validation results then before running phenix without
      fix_rotamers=true. <br>
      I don't understand what I am doing wrong in the runs and would
      appreciate your help!<br>
      <br>
      Thanks,<br>
      Tanya<br>
      <br>
      <br>
      <p class="MsoNormalCxSpFirst" style="text-align: justify;"><span
          style="font-size: 12pt; font-family:
          &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;">I used
          phenix-dev-833 to test the
          riding hydrogens refinement at 3.6A.</span></p>
      <p class="MsoNormalCxSpLast" style="text-align: justify;"><span
          style="font-size: 12pt; font-family:
          &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;">I ran two
          indentical commands:</span></p>
      <p class="MsoPlainText" style="text-align: justify;"><span
          style="font-size: 12pt; font-family:
          &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;">Command line
          arguments: "model.pdb"
          "data.mtz" "main.ncs=true"
          "ncs.find_automatically=false" "ncs_groups.params"
          "refinement.input.xray_data.high_resolution=3.6"
          "mgadpbef.cif"
          "refinement.ncs.excessive_distance_limit=None"
"strategy=individual_sites+individual_sites_real_space+group_adp+occupancies"</span></p>
      <p class="MsoNormalCxSpFirst" style="text-align: justify;"><span
          style="font-size: 12pt; font-family:
          &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;"><span style=""> </span>with
          the only difference in the input files –
          ncs.params and model.pdb</span></p>
      <p class="MsoNormalCxSpMiddle" style="text-align: justify;"><span
          style="font-size: 12pt; font-family:
          &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;">Model pdb contained
          the model
          identical to the control run but with added H atoms. I have
          not add H to the
          ADP molecules since I did not know how to write a correct CIF
          file for it. NCS
          definitions were changed by addition of “and not (element H)”
          to each line. It
          was done to exclude H from the NCS groups.</span></p>
      <table class="MsoTableGrid" style="border-collapse: collapse;
        border: medium none;" border="1" cellpadding="0" cellspacing="0">
        <tbody>
          <tr style="">
            <td style="width: 239.4pt; border: 1pt solid windowtext;
              padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="319">
              <p class="MsoNormalCxSpMiddle" style="margin-bottom:
                0.0001pt; text-align: justify;"><u><span
                    style="font-size: 12pt; font-family:
                    &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;">no
                    hydrogens</span></u></p>
            </td>
            <td style="width: 239.4pt; border-width: 1pt 1pt 1pt medium;
              border-style: solid solid solid none; border-color:
              windowtext windowtext windowtext -moz-use-text-color;
              padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="319">
              <p class="MsoNormalCxSpMiddle" style="margin-bottom:
                0.0001pt; text-align: justify;"><u><span
                    style="font-size: 12pt; font-family:
                    &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;">with
                    hydrogens</span></u><span style="font-size: 12pt;
                  font-family:
                  &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;"></span></p>
            </td>
          </tr>
          <tr style="">
            <td style="width: 239.4pt; border-width: medium 1pt 1pt;
              border-style: none solid solid; border-color:
              -moz-use-text-color windowtext windowtext; padding: 0in
              5.4pt;" valign="top" width="319">
              <p class="MsoPlainTextCxSpFirst" style="text-align:
                justify;"><span style="font-size: 12pt; font-family:
                  &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;"># Date
                  2011-07-29 Time 19:09:58 EDT -0400 (1311980998.46 s)</span></p>
              <p class="MsoPlainTextCxSpMiddle" style="text-align:
                justify;"><span style="font-size: 12pt; font-family:
                  &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;">wall clock
                  time: 2646.75 s</span></p>
              <p class="MsoPlainTextCxSpMiddle" style="text-align:
                justify;"><span style="font-size: 12pt; font-family:
                  &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;"> </span></p>
              <p class="MsoPlainTextCxSpMiddle" style="text-align:
                justify;"><span style="font-size: 12pt; font-family:
                  &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;">Start
                  R-work = 0.2891, R-free = 0.3267</span></p>
              <p class="MsoPlainTextCxSpLast" style="text-align:
                justify;"><span style="font-size: 12pt; font-family:
                  &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;">Final
                  R-work = 0.2868, R-free = <span style="background:
                    none repeat scroll 0% 0% yellow;">0.3304</span></span></p>
              <p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt;
                text-align: justify;"><span style="font-size: 12pt;
                  font-family:
                  &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;"> </span></p>
            </td>
            <td style="width: 239.4pt; border-width: medium 1pt 1pt
              medium; border-style: none solid solid none; border-color:
              -moz-use-text-color windowtext windowtext
              -moz-use-text-color; padding: 0in 5.4pt;" valign="top"
              width="319">
              <p class="MsoPlainTextCxSpFirst" style="text-align:
                justify;"><span style="font-size: 12pt; font-family:
                  &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;"># Date
                  2011-07-29 Time 20:14:20 EDT -0400 (1311984860.16 s)</span></p>
              <p class="MsoPlainTextCxSpMiddle" style="text-align:
                justify;"><span style="font-size: 12pt; font-family:
                  &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;">wall clock
                  time: 6517.60 s</span></p>
              <p class="MsoPlainTextCxSpMiddle" style="text-align:
                justify;"><span style="font-size: 12pt; font-family:
                  &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;"> </span></p>
              <p class="MsoPlainTextCxSpMiddle" style="text-align:
                justify;"><span style="font-size: 12pt; font-family:
                  &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;">Start
                  R-work = 0.2910, R-free = 0.3273</span></p>
              <p class="MsoPlainTextCxSpLast" style="text-align:
                justify;"><span style="font-size: 12pt; font-family:
                  &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;">Final
                  R-work = 0.2720, R-free = <span style="background:
                    none repeat scroll 0% 0% yellow;">0.3353</span></span></p>
              <p class="MsoNormalCxSpFirst" style="margin-bottom:
                0.0001pt; text-align: justify;"><span style="font-size:
                  12pt; font-family:
                  &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;"> </span></p>
            </td>
          </tr>
          <tr style="">
            <td style="width: 239.4pt; border-width: medium 1pt 1pt;
              border-style: none solid solid; border-color:
              -moz-use-text-color windowtext windowtext; padding: 0in
              5.4pt;" valign="top" width="319">
              <p class="MsoPlainText" style="text-align: justify;"><span
                  style="font-size: 12pt; font-family:
                  &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;">clashscore
                  <span style="background: none repeat scroll 0% 0%
                    yellow;">31.77</span></span></p>
            </td>
            <td style="width: 239.4pt; border-width: medium 1pt 1pt
              medium; border-style: none solid solid none; border-color:
              -moz-use-text-color windowtext windowtext
              -moz-use-text-color; padding: 0in 5.4pt;" valign="top"
              width="319">
              <p class="MsoNormalCxSpFirst" style="margin-bottom:
                0.0001pt; text-align: justify;"><span style="font-size:
                  12pt; font-family:
                  &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;">clashscore
                  <span style="background: none repeat scroll 0% 0%
                    yellow;">96.12</span></span></p>
            </td>
          </tr>
          <tr style="">
            <td style="width: 239.4pt; border-width: medium 1pt 1pt;
              border-style: none solid solid; border-color:
              -moz-use-text-color windowtext windowtext; padding: 0in
              5.4pt;" valign="top" width="319">
              <p class="MsoPlainText" style="text-align: justify;"><span
                  style="font-size: 12pt; font-family:
                  &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;">cbeta <span
                    style="background: none repeat scroll 0% 0% yellow;">0</span></span></p>
            </td>
            <td style="width: 239.4pt; border-width: medium 1pt 1pt
              medium; border-style: none solid solid none; border-color:
              -moz-use-text-color windowtext windowtext
              -moz-use-text-color; padding: 0in 5.4pt;" valign="top"
              width="319">
              <p class="MsoNormalCxSpFirst" style="margin-bottom:
                0.0001pt; text-align: justify;"><span style="font-size:
                  12pt; font-family:
                  &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;">cbeta <span
                    style="background: none repeat scroll 0% 0% yellow;">151</span></span></p>
            </td>
          </tr>
          <tr style="">
            <td style="width: 239.4pt; border-width: medium 1pt 1pt;
              border-style: none solid solid; border-color:
              -moz-use-text-color windowtext windowtext; padding: 0in
              5.4pt; background-color: rgb(255, 255, 255);" valign="top"
              width="319">
              <p class="MsoPlainText" style="text-align: justify;"><span
                  style="font-family: &quot;Courier New&quot;;
                  background-image: none; background-repeat: repeat;
                  background-attachment: scroll; background-position: 0%
                  0%; -moz-background-clip: border;
                  -moz-background-origin: padding; -moz-background-size:
                  auto auto;">rama 12.62</span><span style="font-family:
                  &quot;Courier New&quot;;">% outliers</span><span
                  style="font-size: 12pt; font-family:
                  &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;"></span></p>
            </td>
            <td style="width: 239.4pt; border-width: medium 1pt 1pt
              medium; border-style: none solid solid none; border-color:
              -moz-use-text-color windowtext windowtext
              -moz-use-text-color; padding: 0in 5.4pt;" valign="top"
              width="319">
              <p class="MsoNormalCxSpFirst" style="margin-bottom:
                0.0001pt; text-align: justify;"><span style="font-size:
                  10.5pt; font-family: &quot;Courier New&quot;;
                  background: none repeat scroll 0% 0% rgb(255, 255,
                  255);">rama 19.67</span><span style="font-size:
                  10.5pt; font-family: &quot;Courier New&quot;;
                  background-color: rgb(255, 255, 255);">% outliers</span><span
                  style="font-size: 12pt; font-family:
                  &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;"></span></p>
            </td>
          </tr>
        </tbody>
      </table>
      <p class="MsoNormalCxSpMiddle" style="text-align: justify;"><span
          style="font-size: 12pt; font-family:
          &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;"> </span></p>
      <p class="MsoNormalCxSpMiddle" style="text-align: justify;"><span
          style="font-size: 12pt; font-family:
          &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;">Interestingly in
          previous release
          version the same refinement runs produced:</span></p>
      <p class="MsoNormalCxSpMiddle" style="text-align: justify;"><span
          style="font-size: 12pt; font-family:
          &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;">without H
          clashscore = 77.580195/cbeta
          =8</span></p>
      <span style="font-size: 12pt; font-family:
        &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;">with H clashscore =
        119.729960/cbeta=330</span><br>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>