<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=UTF-8" http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    <div class="moz-text-flowed" style="font-family: -moz-fixed;
      font-size: 12px;" lang="x-unicode">Hi Joern,
      <br>
      <br>
      - as Sacha mentioned (off-list), phenix.grow_density is inspired
      by Acta Cryst. (1997). D53, 540-543 paper.
      <br>
      <br>
      - sorry for the lack of documentation. This is one of the (10+)
      (slow) on-going projects that we still need work on in order to
      make it more automated and user-friendly. Here is a PDF file
      (<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://cci.lbl.gov/~afonine/tmp/grow_density.pdf">http://cci.lbl.gov/~afonine/tmp/grow_density.pdf</a>) that I wrote
      for Sacha to explain some parameters of phenix.grow_density. It is
      very sketchy and may not be 100% up-to-date, but I hope it helps.
      <br>
      <br>
      - the error message you get ("Refinement failed... ) is actually a
      bug - sorry. I am fixing it right now and the fixed version will
      be available in the next nightly build of PHENIX available in a
      day of two here:
      <br>
      <a class="moz-txt-link-freetext"
        href="http://www.phenix-online.org/download/nightly_builds.cgi">http://www.phenix-online.org/download/nightly_builds.cgi</a>
      <br>
      <br>
      - I recall, defining several spheres where the DA are going to be
      placed is better than defining one large sphere, although it
      depends on the region size and shape. For example:
      <br>
      sphere {
      <br>
        center = 21.698   7.730  33.974
      <br>
        radius = 5
      <br>
      }
      <br>
      sphere {
      <br>
        center = 23.483  10.877  35.583
      <br>
        radius = 5
      <br>
      }
      <br>
      <br>
      Let me know if you have any questions or need help with this.
      <br>
      Pavel.
      <br>
      <br>
      On 8/9/11 1:47 AM, Joern Krausze wrote:
      <br>
      <blockquote type="cite" style="font-size: large; color: rgb(0, 0,
        0);">Dear all,
        <br>
        <br>
        could anybody please provide me with a documentation for
        <br>
        phenix.grow_density? I did'nt find one on the Phenix homepage or
        elsewhere
        <br>
        in the depths of the internet.
        <br>
        <br>
        Thanks in advance,
        <br>
        <br>
        Joern
        <br>
        <br>
        ******************************************
        <br>
        Address:
        <br>
        <br>
        Joern Krausze
        <br>
        Molecular Structural Biology
        <br>
        Helmholtz Centre for Infection Research
        <br>
        Inhoffenstrasse 7
        <br>
        38124 Braunschweig
        <br>
        Germany
        <br>
        <br>
        Email:  <a class="moz-txt-link-abbreviated"
          href="mailto:joern.krausze@helmholtz-hzi.de">joern.krausze@helmholtz-hzi.de</a>
        <br>
        Phone:  +49 (0)531 6181 7023 (office)
        <br>
                +49 (0)531 6181 7020 (lab)
        <br>
        ******************************************
        <br>
        <br>
        Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung GmbH | Inhoffenstraße
        7 | 38124 Braunschweig | <a class="moz-txt-link-abbreviated"
          href="http://www.helmholtz-hzi.de">www.helmholtz-hzi.de</a>
        <br>
        <br>
        Vorsitzende des Aufsichtsrates: MinDir’in Bärbel Brumme-Bothe,
        Bundesministerium für Bildung und Forschung
        <br>
        Stellvertreter: MinDirig Heiko Gevers, Niedersächsisches
        Ministerium für Wissenschaft und Kultur
        <br>
        Geschäftsführung: Prof. Dr. Dirk Heinz; Ulf Richter, MBA
        <br>
        Gesellschaft mit beschränkter Haftung (GmbH)
        <br>
        Sitz der Gesellschaft: Braunschweig
        <br>
        Handelsregister: Amtsgericht Braunschweig, HRB 477
        <br>
        _______________________________________________
        <br>
        phenixbb mailing list
        <br>
        <a class="moz-txt-link-abbreviated"
          href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
        <br>
        <a class="moz-txt-link-freetext"
          href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
        <br>
      </blockquote>
      <br>
    </div>
  </body>
</html>