<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
</head>
<body bgcolor="#FFFFFF">
<div>Possibly a silly question - but did you use the same R-free reflection subset in both refinements?<br>
</div>
<div><br>
Sent from my iPhone</div>
<div><br>
On 12 Aug 2011, at 13:59, &quot;Sabine Schneider&quot; &lt;<a href="mailto:sabine.schneider@mytum.de">sabine.schneider@mytum.de</a>&gt; wrote:<br>
<br>
</div>
<div></div>
<blockquote type="cite">
<div>Hello Partha,<br>
<br>
At the moment I was more looking, if it makes a difference what comes out from Refmac, when I feed it different start models; straight from Phaser, reset B-values, after shaking coordinates, after shaking coordinates and SA, and so on....<br>
<br>
I assumed, if I put the output from Phenix (with R/Rfree X/X&nbsp; reported by phenix) to be identical to the R/Rfree Refmac reports as START value when it gets directly the output pdb from phenix?
<br>
I thought the reported R/Rfree values are just something like 'model vs data'? That's what I am confused about...<br>
<br>
No twinning, no automated water building, just 1mol/asu, no twinning<br>
<br>
Sabine<br>
<br>
<br>
<br>
On 08/12/2011 02:36 PM, Partha Chakrabarti wrote:
<blockquote cite="mid:CABUfuXOGOAhTL81mDWUr8Gj92hsWz-HMRRJQ6oAuyJnjdWPCOQ@mail.gmail.com" type="cite">
<div>Hi Sabine,</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>I believe&nbsp;the comparison should be with same input, not output of one piped into another.</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>How different are the geometry? Different programs use different algorithm and different&nbsp;xray:geometry term by default.&nbsp;Hence, it might only make sense if the RMSD are almost exactly the same. Furthermore, is one program detecting NCS&nbsp; or twining or building
 waters automatically? Then everything is blown up anyway.</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>In any case, refinemt program A vs. B is an interesting topic! I would not start one.. ;)<br>
</div>
<div>MFG,</div>
<div>Partha<br>
<br>
</div>
<div class="gmail_quote">On Fri, Aug 12, 2011 at 5:19 PM, Sabine Schneider <span dir="ltr">
&lt;<a moz-do-not-send="true" href="mailto:sabine.schneider@mytum.de"></a><a href="mailto:sabine.schneider@mytum.de">sabine.schneider@mytum.de</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);
          margin: 0px 0px 0px 0.8ex; padding-left: 1ex;" class="gmail_quote">
Hello,<br>
<br>
I am refining a structure at 2.1A solved by MR. For curiosity I'm testing things like 'shaking' coordinates, simulated annealing, refinement Refmac vs Phenix and so on, to see what influence that has on stats, maps etc.<br>
<br>
For instance after MR I did a bit of shaking the coordinates with pdbset (noise 0.1), followed by simulated annealing in Phenix.<br>
Phenix states after SA:<br>
<br>
Start R-work = 0.2671, R-free = 0.2992<br>
Final R-work = 0.2312, R-free = 0.2666<br>
<br>
When I use the output pdb of phenix directly in Refmac (with same mtz as input for Phenix)<br>
Refmac tells me:<br>
Initial R factor &nbsp; &nbsp;0.2392 &nbsp; R free &nbsp; &nbsp;0.2887<br>
<br>
So I am quite puzzled about the discrepancy. Or can someone tell me if I made an error in reasoning somewhere?<br>
<br>
Thanks a lot for the help!<br>
Sabine<br>
<br>
_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a moz-do-not-send="true" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank"></a><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a moz-do-not-send="true" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank"></a><a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
</blockquote>
</div>
<br>
</blockquote>
</div>
</blockquote>
<blockquote type="cite">
<div><span>_______________________________________________</span><br>
<span>phenixbb mailing list</span><br>
<span><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a></span><br>
<span><a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a></span><br>
</div>
</blockquote>
</body>
</html>