On Fri, Aug 19, 2011 at 9:04 AM, jens j birktoft <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jens.knold@gmail.com">jens.knold@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">

Could somebody direct me to &quot;saenger class&quot; definitions used in base-pair restraints for DNA/RNA.<br></blockquote><div><br></div><div><a href="http://bps.rutgers.edu/search/saenger_search">http://bps.rutgers.edu/search/saenger_search</a></div>

<div><br></div><div>As of a few months ago, it is no longer necessary to explicitly specify this in the input parameters - if left undefined, the appropriate class for each base pair will be automatically determined based on the current atomic distances. �There may be ambiguity in a few cases where the starting model is poor, but it seems to work well most of the time.</div>

<div><br></div><div>-Nat</div></div>