<div style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><font face="맑은 고딕">Hi there </font></span></div>
<div style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><font face="맑은 고딕">I have a data of heterotrimer protein complex  at 2.9A resolution.</font></span></div>
<div style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><font face="맑은 고딕">One protein consists of two domains. I tried phaser as well as molrep which gives a solution with only one domain.</font></span></div>

<div style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><font face="맑은 고딕">
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><font face="맑은 고딕">Rotation function and translation function were found to be fine for these solutions.</font></span></p></font></span></div>
<div style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><font face="맑은 고딕">
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><font face="맑은 고딕">I tried to find missing domain of the protein after fixing one of the domain or the other partner proteins using whole part or various truncations of missing domain.</font></span></p>

<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><font face="맑은 고딕">I also tried to find and build missing domain using Rosetta with the solutions of Molrep or Phaser as template.</font></span></p></font></span></div>

<div style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><font face="맑은 고딕">But, there were no solutions, or the solutions are clashed with other domain or proteins. </font></span></div>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><font face="맑은 고딕">Furthermore, R and Rfree is 30 and 40, respectively, and I could not reduce them further.</font></span></p>
<div style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><font face="맑은 고딕">There was almost no electron density map in the empty space so that I could not model manually.</font></span></div>
<div style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><font face="맑은 고딕"></font></span> </div>
<div style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><font face="맑은 고딕">Plz guide me ,how can i look for the missing domain in the protein.</font></span></div>
<div style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><font face="맑은 고딕"></font></span> </div>
<div style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><font face="맑은 고딕">regards</font></span></div><br clear="all"><br clear="all"><br>-- <br>INTEKHAB ALAM<br>LABORATORY OF STRUCTURAL BIOINFORMATICS<br>KOREA UNIVERSITY, SEOUL<br>