<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    Hi Jose,<br>
    <br>
    DANO and SIGDANO are not used in refinement. <br>
    <br>
    Resetting ADPs to an average value, and performing ~5 macro-cycles
    of refinement with SA and weights optimization typically should be
    sufficient. Make sure you are using the latest PHENIX version from
    nightly builds:<br>
    <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.phenix-online.org/download/nightly_builds.cgi">http://www.phenix-online.org/download/nightly_builds.cgi</a><br>
    <br>
    Let me know if you have any questions.<br>
    <br>
    Pavel.<br>
    <br>
    On 9/1/11 9:25 AM, Jose Arcadio wrote:
    <blockquote cite="mid:4E5FB1F7.9090309@tuebingen.mpg.de" type="cite">
      <meta http-equiv="content-type" content="text/html;
        charset=ISO-8859-1">
      <style>@font-face {
  font-family: "Times New Roman";
}p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal { margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman"; }table.MsoNormalTable { font-size: 10pt; font-family: "Times New Roman"; }div.Section1 { page: Section1; }</style>
      Dear phenix.refine community: <br>
      &nbsp; <br>
      I am solving a protein structure using experimental phasing. In
      order to do that I combined two derivative isomorphous datasets
      into a double SAD experiment (to increase the individual weak
      anomalous power from each dataset) using SHARP.<span style="">&nbsp; </span>My

      resolution is 3.2 A, and the space group is C2221. <br>
      &nbsp; <br>
      I managed to build a model using the density-modified phases from
      SHARP. Then I started refining against one of my derivative
      datasets because my native dataset is non-isomorphous due to the
      heavy meal soaking.<span style=""> Then </span>I made two
      mistakes :( <br>
      &nbsp; <br>
      1. I did not realize at the beginning of my refinement-building
      rounds that I was refining against the dataset that showed the
      worst statistics. <br>
      &nbsp; <br>
      2. I was using a dataset with only FP and SIGFP but not DANO and
      SIGDANO. <span style="">&nbsp;</span>I used the phases from my SHARP
      map (also the experimental phase restraints) <br>
      &nbsp; <br>
      Now I did a new run of refinement using my best dataset (better
      statistics) and also including the anomalous data FP, SIGFP, DANO
      and SIGDANO. Obviously, my R-work and R-free got pretty much
      better.<br>
      &nbsp; <br>
      Nevertheless, the R-free was better than R-work at the beginning
      of the run, at the end of the refinement R-free and R-work
      inverted as usually (being R-free worst than R-work)&nbsp; r_work =
      0.2582&nbsp; r_free = 0.2888 . Certainly, there was a mistake with a
      new assignment of the free set of reflections. Now I am aware that
      the set of free reflections has to be the same all over the
      refining procedure.<span style="">&nbsp; </span> <br>
      &nbsp; <br>
      Here are the questions<br>
      <br>
      How can I be sure that my R-free is still a safe cross validation
      of the correctness of my structure? <br>
      &nbsp; <br>
      Is it useful to perform a round of simulated annealing in order to
      erase any wrong information in my model and start the refinement
      rounds again?<br>
      <br>
      Do you have any suggestions? <br>
      &nbsp; <br>
      All the best <br>
      &nbsp; <br>
      Jose Farias
      <pre wrap="">
<fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>