<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=windows-1252"
      http-equiv="Content-Type">
    <title></title>
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    Hi Tony,<br>
    <br>
    could you please send me the PDB file or its part that contains all
    residues (atoms) in question, tell occupancies of which atoms should
    be refined and how, and I will send you back working example as soon
    as I can.<br>
    <br>
    What you are trying to do is definitely possible to do in
    phenix.refine. <br>
    <br>
    Please send files off list (to may email directly).<br>
    <br>
    Thanks,<br>
    Pavel<br>
    <br>
    On 9/19/11 8:02 AM, Antony Oliver wrote:
    <blockquote
      cite="mid:52D1A1FD-5809-4724-89DA-88EC32DCF3A6@sussex.ac.uk"
      type="cite">
      <div>Dear all,</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Apologies if this has been covered already in a previous post
        � but I can't find a suitable response in the archive.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>We have the following situation...</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>We have soaked a ligand into an apo-crystal, collected
        diffraction data, and solved the structure.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>What is apparent from the electron density, �is that the
        ligand isn't in the crystal at full occupancy, it's roughly
        about 70-80%. �</div>
      <div>However, as the ligand binds, it causes a small conformation
        change in the active site of the protein, altering the position
        of around 4 amino acids.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>What I want to do, and can't quite get phenix.refine to do is
        the following...</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Refine the occupancy of the ligand (chain C resname LIG) with
        the "A" conformation of the active site residues (which should
        be the same, as they are mutually dependent) � and then refine
        the occupancy of the "B" conformation of the active site
        residues ���which should all theoretically add up to a total of
        1.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Could anyone help me with how the occupancies /
        constrained_group parameters should be set up in this case?</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>With thanks,</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Tony.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div><br>
      </div>
      <br>
      <div><span class="Apple-style-span" style="border-collapse:
          separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica;
          font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal;
          letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2;
          text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal;
          widows: 2; word-spacing: 0px; font-size: medium;">
          <div>
            <div style="word-wrap: break-word;">
              ---</div>
            <div style="word-wrap: break-word;">
              Dr Antony W Oliver
              <div>Senior Research Fellow</div>
              <div>CR-UK�DNA Repair Enzymes Group</div>
              <div>Genome Damage and Stability Centre</div>
              <div>Science Park Road</div>
              <div>University of Sussex</div>
              <div>Falmer, Brighton, BN1 9RQ</div>
              <div><br>
              </div>
              <div>email:�<a moz-do-not-send="true"
                  href="mailto:antony.oliver@sussex.ac.uk">antony.oliver@sussex.ac.uk</a></div>
              <div>tel (office): +44 (0)1273 678349</div>
              <div>tel (lab): +44 (0)1273 677512</div>
            </div>
          </div>
        </span></div>
      <br>
      <pre wrap="">
<fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>