<div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div>So I left only half of that DPA ligand structure on PDB file and changed the occupancy of N1 and C4 to 1/2 while keeping the occupancy of all other atoms of the half ligand structure at 1.00.</div>
</blockquote><div><br></div><div>Keep the occupancy of N1 and C4 as 1.00, then phenix.refine should automatically detect those as special positions and keep them exactly on the two-fold axis.</div><div>The bonds and other restraints to the atoms on special positions will not work automatically. Currently, the only option is to define custom bonds (see phenix.refine docs) with symmetry_operation=x,y,z. You can use Coot to obtain the symmetry operation (turn on drawing of symmetry copies; when clicking atom Coot will show the sym op). Emulate angle and dihedral restraints with pseudo-bonds. Inspect the .geo file to verify that all restraints are correct.</div>
<div><br></div><div>You can also keep all DPA atoms, with all occupancies set to 0.5. Then the restraints will work as usual; probably you don&#39;t have to do anything special. However, the N1 and C4 are allowed to float around the special position. It may be OK though. I think I&#39;d try this option first.</div>
<div><br></div><div>Ralf</div><div><br></div></div>