<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Ralf,</div><div><br></div><div>No, this is no real problem as we have now solved it locally by deleting or rearranging columns in sftools. &nbsp;Using phenix.reflection_file_convert would work just as well. &nbsp;The point is that input and output formats tend to be obscured for the&nbsp;GUI users (which tend to be the younger users). &nbsp;Having a phenix page or wiki which briefly informs users of file handling and input/output data order would be helpful.&nbsp; Some of our efforts involve comparing CCP4 and Phenix results, which means that compatible mtz files are required.&nbsp;The nuts and bolts of CCP4 tends to be a little more transparent than in Phenix, but I like the data handling organization in Phenix.&nbsp; As the two program suites diverge in philosophy and implementation, the differences will need to be highlighted for users who want to use both. Thanks for the help.</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div><br></div><div>Michael</div><br><div apple-content-edited="true">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Courier" size="3" style="font: 12.0px Courier; font-family: Courier; font-size: 12px; "><i style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">****************************************************************</span></i></font></p><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Courier" size="3" style="font: 12.0px Courier; font-family: Courier; font-size: 12px; "><i style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">R. Michael Garavito, Ph.D.</span></i></font></p><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Courier" size="3" style="font: 12.0px Courier; font-family: Courier; font-size: 12px; "><i style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">Professor of&nbsp;</span><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">Biochemistry &amp; Molecular Biology</span></i></font></p><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Courier" size="3" style="font: 12.0px Courier; font-family: Courier; font-size: 12px; "><i style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">513 Biochemistry Bldg.&nbsp;</span><span class="Apple-converted-space"><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">&nbsp;&nbsp;</span></span></i></font></p><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Courier" size="3" style="font: 12.0px Courier; font-family: Courier; font-size: 12px; "><i style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">Michigan State University</span><span class="Apple-converted-space"><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;</span></span></i></font></p><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Courier" size="3" style="font: 12.0px Courier; font-family: Courier; font-size: 12px; "><i style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">East Lansing, MI 48824-1319</span><span class="Apple-converted-space"></span></i></font></p><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font class="Apple-style-span" face="Courier" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px;; font-family: Courier; "><i style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">Office:</span></i></span></font><font class="Apple-style-span" face="Courier" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px;; font-family: Courier; "><i style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">&nbsp; </span></i></span></font><font class="Apple-style-span" face="Courier" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px;; font-family: Courier; "><i style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">(517) 355-9724</span><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">&nbsp; &nbsp; &nbsp;</span><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">Lab:</span><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">&nbsp; </span><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">(517) 353-9125</span></i></span></font><font class="Apple-style-span" face="Courier" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px;; font-family: Courier; "><i style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; "></i></span></font></p><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Courier" size="3" style="font: 12.0px Courier; font-family: Courier; font-size: 12px; "><i style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">FAX:</span><span class="Apple-converted-space"><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">&nbsp; </span></span><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">(517) 353-9334</span><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;</span><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">Email:</span><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">&nbsp; </span><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; "><a href="mailto:garavito@msu.edu">garavito@msu.edu</a></span></i></font></p><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Courier" size="3" style="font: 12.0px Courier; font-family: Courier; font-size: 12px; "><i style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">****************************************************************</span></i></font></p><br class="Apple-interchange-newline"></span>
</div>
<br><div><div>On Oct 21, 2011, at 6:04 PM, Ralf Grosse-Kunstleve wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div class="gmail_quote"><div>Hi Michael,</div><div>&nbsp;</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div style="word-wrap:break-word">I did notice that CCP4 6.2.0 outputs the mtz file with this column&nbsp;order:<div class="im">
<br>H K L FreeR_flag F_S13E_X2 SIGF_S13E_X2 DANO_S13E_X2 SIGDANO_S13E_X2&nbsp;<br>F_S13E_X2(+) SIGF_S13E_X2(+) F_S13E_X2(-) SIGF_S13E_X2(-) ISYM_S13E_X2&nbsp;<br>IMEAN_S13E_X2 SIGIMEAN_S13E_X2 I_S13E_X2(+) SIGI_S13E_X2(+) I_S13E_X2(-)&nbsp;<br>
SIGI_S13E_X2(-)<br></div></div></blockquote><div><br></div><div>This new&nbsp;<font class="Apple-style-span" face="'courier new', monospace">F,SIGF,DANO,SIGDANO</font>&nbsp;order&nbsp;explains why &nbsp;the four MTZ columns are combined into an anomalous array. (The phenix tools have been doing this for many years.)</div>
<div><br></div><div>Is this an actual problem for you?</div><div><br></div><div>You could use <font class="Apple-style-span" face="'courier new', monospace">phenix.reflection_file_convert --non-anomalous</font> to obtain a non-anomalous array.</div>
<div><br></div><div>In phenix.refine you can say <font class="Apple-style-span" face="'courier new', monospace">force_anomalous_flag_to_be_equal_to=False</font>.</div><div><br></div><div>Ralf</div><div><br></div></div>
_______________________________________________<br>phenixbb mailing list<br><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb<br></blockquote></div><br></body></html>