<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Wei,<div><br></div><div>I think that you may not have "qsub" as a command on your machine. In that case, then you can use "group_run_command=sh" and then it should work.</div><div><br></div><div>Note that if it takes "forever" with 1 processor, it will still take a long time with 4... It may be useful to run your job on a cluster with more processors.</div><div><br></div><div>All the best,</div><div>Tom T</div><div><br><div><div>On Nov 17, 2011, at 12:49 PM, Wei Shi wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div ocsi="0" fpstyle="1"><div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 10pt; "><p class="MsoNormal" style="margin-top: 0cm; margin-bottom: 10pt; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman'; ">Hi all,<br></p><p class="MsoNormal" style="margin-top: 0cm; margin-bottom: 10pt; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman'; ">I am trying to run phenix.mr_rosetta using the following script for rebuilding the model with Rosetta before MR from phenix website except omitting specifying ncs_copies number. Following is the script I am using:</p><div style="margin-top: 0.1pt; margin-bottom: 0.1pt; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman'; "><span style="font-size: 10pt; font-family: Courier; ">phenix.mr_rosetta \</span></div><div style="margin-top: 0.1pt; margin-bottom: 0.1pt; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman'; "><span style="font-size: 10pt; font-family: Courier; ">seq_file = seq.dat \</span></div><div style="margin-top: 0.1pt; margin-bottom: 0.1pt; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman'; "><span style="font-size: 10pt; font-family: Courier; ">data=coords1.mtz \<span>&nbsp;&nbsp;</span></span></div><div style="margin-top: 0.1pt; margin-bottom: 0.1pt; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman'; "><span style="font-size: 10pt; font-family: Courier; ">search_models=coords1.pdb \<span>&nbsp;&nbsp;</span></span></div><div style="margin-top: 0.1pt; margin-bottom: 0.1pt; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman'; "><span style="font-size: 10pt; font-family: Courier; ">run_prerefine=True \<span>&nbsp;&nbsp;</span></span></div><div style="margin-top: 0.1pt; margin-bottom: 0.1pt; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman'; "><span style="font-size: 10pt; font-family: Courier; ">number_of_prerefine_models=1000 \<span>&nbsp;&nbsp;</span></span></div><div style="margin-top: 0.1pt; margin-bottom: 0.1pt; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman'; "><span style="font-size: 10pt; font-family: Courier; ">fragment_files = test3.gz \<span>&nbsp;&nbsp;</span></span></div><div style="margin-top: 0.1pt; margin-bottom: 0.1pt; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman'; "><span style="font-size: 10pt; font-family: Courier; ">fragment_files = test9.gz \<span>&nbsp;</span></span></div><div style="margin-top: 0.1pt; margin-bottom: 0.1pt; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman'; "><span style="font-size: 10pt; font-family: Courier; ">rescore_mr.relax=False \<span>&nbsp;</span></span></div><div style="margin-top: 0.1pt; margin-bottom: 0.1pt; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman'; "><span style="font-size: 10pt; font-family: Courier; ">rosetta_models=20 \<span>&nbsp;&nbsp;</span></span></div><div style="margin-top: 0.1pt; margin-bottom: 0.1pt; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman'; "><span style="font-size: 10pt; font-family: Courier; ">space_group=p222<span>&nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span>\<span>&nbsp;&nbsp;</span></span></div><div style="margin-top: 0.1pt; margin-bottom: 0.1pt; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman'; "><span style="font-size: 10pt; font-family: Courier; ">use_all_plausible_sg=False \<span>&nbsp;</span></span></div><div style="margin-top: 0.1pt; margin-bottom: 0.1pt; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman'; "><span style="font-size: 10pt; font-family: Courier; ">nproc=4 \<span>&nbsp;&nbsp;</span></span></div><div style="margin-top: 0.1pt; margin-bottom: 0.1pt; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman'; "><span style="font-size: 10pt; font-family: Courier; ">group_run_command=qsub\</span></div><p class="MsoNormal" style="margin-top: 0.1pt; margin-bottom: 0.1pt; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman'; "><span style="font-size: 10pt; font-family: Courier; ">&nbsp;</span></p><p class="MsoNormal" style="margin-top: 0cm; margin-bottom: 10pt; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman'; ">When I run the above script, it gives the following error message:</p><p class="MsoNormal" style="margin-top: 0cm; margin-bottom: 10pt; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman'; ">child process stderr output:</p><p class="MsoNormal" style="margin-top: 0cm; margin-bottom: 10pt; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman'; "><span>&nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span>command: 'qsub /home/wei/MR_ROSETTA_14/GROUP_OF_PLACE_MODEL_1/RUN_FILE_1'</p><p class="MsoNormal" style="margin-top: 0cm; margin-bottom: 10pt; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman'; "><span>&nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span>/bin/sh: qsub: not found</p><div style="margin-top: 0.1pt; margin-bottom: 0.1pt; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman'; ">Then, I omit the last line in the command �<span style="font-size: 10pt; font-family: Courier; ">group_run_command=qsub\</span>�. MR_ROSETTA seems to be running.<span>&nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span>But, it takes forever to run.</div><div style="margin-top: 0.1pt; margin-bottom: 0.1pt; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman'; "><br></div><div style="margin-top: 0.1pt; margin-bottom: 0.1pt; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman'; ">My questions is:</div><div style="margin-top: 0.1pt; margin-bottom: 0.1pt; margin-right: 0cm; margin-left: 36pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman'; text-indent: -18pt; "><span><span>1.<span style="font: normal normal normal 7pt/normal 'Times New Roman'; ">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span></span></span>Does anyone happen to know why it tells me �qsub: not found� when I include<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><span>&nbsp;</span>�group_run_command=qsub� in my script?</div><div style="margin-top: 0.1pt; margin-bottom: 0.1pt; margin-right: 0cm; margin-left: 36pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman'; text-indent: -18pt; "><span><span>2.<span style="font: normal normal normal 7pt/normal 'Times New Roman'; ">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span></span></span>When I omit �group_run_command=qsub� in the script, mr_rosetta seems to be running.<span>&nbsp; But<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span>it just gives me the following message and it takes forever to run. Almost 10h later, no job is finished. I don�t know whether this is normal. If not, any idea about why it�s so slow and any suggestions about how to speed up the run? Thank you so much!<br></div><p class="MsoNormal" style="margin-top: 0.1pt; margin-bottom: 0.1pt; margin-right: 0cm; margin-left: 36pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman'; ">&nbsp;</p><div style="margin-top: 0.1pt; margin-bottom: 0.1pt; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman'; ">Splitting work into 1 jobs and running with 4 processors using sh</div><div style="margin-top: 0.1pt; margin-bottom: 0.1pt; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman'; ">background=True in /home/wei/MR_ROSETTA_15/GROUP_OF_PLACE_MODEL_1</div><p class="MsoNormal" style="margin-top: 0.1pt; margin-bottom: 0.1pt; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman'; ">&nbsp;</p><div style="margin-top: 0.1pt; margin-bottom: 0.1pt; margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman'; ">Starting job 1...Log will be: /home/wei/MR_ROSETTA_15/GROUP_OF_PLACE_MODEL_1/RUN_FILE_1.log</div></div>_______________________________________________<br>phenixbb mailing list<br><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br><a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br></div></span></blockquote></div><br><div>
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0; "><div><div><div><div><div><br>Thomas C. Terwilliger<br>Mail Stop M888<br>Los Alamos National Laboratory<br>Los Alamos, NM 87545<br><br>Tel:&nbsp; 505-667-0072&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; email: <a href="mailto:terwilliger@LANL.gov">terwilliger@LANL.gov</a><br>Fax: 505-665-3024&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOLVE web site:&nbsp;<a href="http://solve.lanl.gov">http://solve.lanl.gov</a><br>PHENIX web site: http:www.phenix-online.org<br>ISFI Integrated Center for Structure and Function Innovation web&nbsp;site:&nbsp;<a href="http://techcenter.mbi.ucla.edu">http://techcenter.mbi.ucla.edu</a><br>TB Structural Genomics Consortium web site:&nbsp;<a href="http://www.doe-mbi.ucla.edu/TB">http://www.doe-mbi.ucla.edu/TB</a></div><div>CBSS Center for Bio-Security Science web site: <a href="http://www.lanl.gov/cbss">http://www.lanl.gov/cbss</a><br><br></div></div></div></div><br></div></span><br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br></div></body></html>