<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">You just need to do lots of rebuilding. I look at any clashscore above 0.7 first. &nbsp;For rotamer outliers, try all the rotamers suggested by Coot. Sometimes you have to adjust the backbone to fit the correct rotamer into density.&nbsp;<br><div>
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Arial; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Arial; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><div>Tim</div><br class="Apple-interchange-newline"></span></span>
</div>
<br><div><div>On Dec 2, 2011, at 6:21 AM, Dialing Pretty wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div><span><br></span></div>Hi All,<br><br>Will you please tell me the acceptable clashscore analyzed by MolProbity?And any suggestions to reduce&nbsp; rotamer outliers?<br><br>Cheers,<br><br>Dialing<br> <div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;"><br> </div>  </div></div>_______________________________________________<br>phenixbb mailing list<br><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb<br></blockquote></div><br></body></html>