<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    Hi Dialing,<br>
    <br>
    H geometry should be ideal after phenix.refine. If it is not the
    case then please send me the PDB and I will have a look.<br>
    <br>
    Pavel<br>
    <br>
    On 12/6/11 3:49 AM, Dialing Pretty wrote:
    <blockquote
      cite="mid:1323172146.66075.YahooMailNeo@web121715.mail.ne1.yahoo.com"
      type="cite">
      <div style="color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255,
        255); font-family: times new roman,new york,times,serif;
        font-size: 12pt;">
        <div>Dear All,</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>I did a Phenix refine, and before the refine all the H were
          added. MolProbity analysis demonstrated that almost everything
          are acceptable after the refinement.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>However when I did the geometry analysis by the COOT
          validation, I find all the residues having a significant
          deviation bond involving H. with z score higher than 7.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>I am looking forward to&nbsp; getting an explanation from you on
          it,including how to avoid it.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Cheers,</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Dialing</div>
      </div>
      <pre wrap="">
<fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>