I am puzzled about my ncs-averaged output map. <br>I determined the ncs relation using phenix.find_ncs with pdb and mtz input. The program finds 2 NCS groups with 3 molecules each and the rmsds are low. I then read in the ncs_spec file and an mtz file with map coefficients into phenix.ncs_average. I used the FOFCWT, PHFOFCWT coefficients. The output map seems cleaner than the unaveraged map and shows some of the same features, but the density around the 3 molecules is not identical. 2 of them look very similar, but the density around one of them is somewhat different. How is this possible if the map is averaged?<br>
<br>Thanks for any suggestions or explanations.<br><br>Ursula<br><br><br clear="all"><br>-- <br>Ursula Schulze-Gahmen, Ph.D.<br>Assistant Researcher<br>UC Berkeley, QB3<br>356 Stanley Hall #3220<br>Berkeley, CA 94720-3220<br>
<br>