<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Does the part at D connect to the polypeptide to right through region F? If so you can move each residue so its backbone is in density and spaced appropriately to connect structurally, and use regularize to connect. You have to rebuild the part on right, too. On the right, put the mainchain, not sidechain of that acidic residue into density. &nbsp;Are there any structural homologues of what you are building? Search pdb sequences for sequence homology and superimpose. They can give good hints for rebuilding&nbsp;<div>I am amazed you have gotten so far with this with bulletin board help. Is there anyone nearby you could go to? Having personal guidance would be very helpful with coot.&nbsp;<br><div>
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Arial; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Arial; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><div>Tim</div><br class="Apple-interchange-newline"></span></span>
</div>
<br><div><div>On Dec 25, 2011, at 9:25 PM, Dialing Pretty wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div style="RIGHT: auto">Dear All,</div>
<div style="RIGHT: auto">&nbsp;</div>
<div style="RIGHT: auto">You see the part labelled "D and "LARGE" in the attached image <var id="yui-ie-cursor"></var>is the part for the last residue in a chain, however it localizes in the red part. If I can change the part labelled "D" and "LARGE" into the part labelled "F", the red should have disapeared.</div>
<div style="RIGHT: auto">&nbsp;</div>
<div style="RIGHT: auto">But after several rounds of try by Coot, I have not make the above exchange.</div>
<div style="RIGHT: auto">&nbsp;</div>
<div style="RIGHT: auto">Will you please give me your suggestions on how to change the part labelled with "D and "LARGE" into the part labelled by "F" with Coot or with some other methods?</div>
<div style="RIGHT: auto">&nbsp;</div>
<div style="RIGHT: auto">Cheers,</div>
<div style="RIGHT: auto">&nbsp;</div>
<div style="RIGHT: auto">Dialing</div></div></div><span>&lt;coot.png&gt;</span>_______________________________________________<br>phenixbb mailing list<br><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb<br></blockquote></div><br></div></body></html>