<style>
<!--
 /* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:Cambria;
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;
        mso-font-charset:0;
        mso-generic-font-family:auto;
        mso-font-pitch:variable;
        mso-font-signature:3 0 0 0 1 0;}
 /* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {mso-style-parent:"";
        margin-top:0cm;
        margin-right:0cm;
        margin-bottom:10.0pt;
        margin-left:0cm;
        mso-pagination:widow-orphan;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman";
        mso-ascii-font-family:Cambria;
        mso-fareast-font-family:Cambria;
        mso-hansi-font-family:Cambria;
        mso-bidi-font-family:"Times New Roman";}
@page Section1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:72.0pt 90.0pt 72.0pt 90.0pt;
        mso-header-margin:36.0pt;
        mso-footer-margin:36.0pt;
        mso-paper-source:0;}
div.Section1
        {page:Section1;}
-->
</style>






<p class="MsoNormal">Hi all, <br></p><p class="MsoNormal">I have been trying to solve a protein-DNA complex structure
using molecular replacement. I suspect two copies of protein bind one piece of
the DNA, and the angle between the two copies of protein is somewhere between
130 to 180 degrees. I could get molecular replacement solution using a search model of
protein/DNA complex I made with deletion in part of the protein and with the angle between the two proteins about 145 degrees. Only 1
copy of this two-protein/one-DNA complex is expected in the ASU. Below is the
statistics for the solution. </p>

<p class="MsoNormal">RFZ=2.9 TFZ=6.9 PAK=0 LLG=111 TFZ==14.6 LLG=111</p>

<p class="MsoNormal">And when I open the pdb file and generate symmetry mates, no
clashes and I could see contacts between the end of DNA, but space instead of
contacts between layers of the protein/DNA complex. I suspect that the angle
between the two proteins I use in the search model is not quite right. No
solution if I search with DNA and protein separately. I am trying to find a way
to move the protein a little bit around the original solution and see whether
that can help me make the solution better. I just read that “ROTate AROUnd
option of the brute rotation serch” and “NMAPdb” might do this?<span style>  </span>Does anyone have any
suggestions about what I could try? Thank you so much!</p><br>Best,<br>Wei<br>