<div>Hi Jerome,</div>Run phenix.real_space_correlation without argument for usage instructions. It expects a parameter file on the command line (not a PDB file).<div>Ralf<br><div><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jan 19, 2012 at 12:46 PM, Jerome Nwachukwu <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:JNwachuk@scripps.edu">JNwachuk@scripps.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi:<br>
I am trying to run phenix.real_space_correlation from the command line and received the following error message. Is there a specific syntax i should use?<br>
<br>
Thank you,<br>
-Jerome<br>
<br>
<br>
Syntax error: expected &quot;=&quot;, found &quot;Date&quot; (file &quot;3_refine_001.pdb&quot;, line 1)<br>
Traceback (most recent call last):<br>
  File &quot;/usr/local/phenix-1.7.1-743/cctbx_project/mmtbx/command_line/real_space_correlation.py&quot;, line 9, in &lt;module&gt;<br>
    command_name = &quot;phenix.real_space_correlation&quot;)<br>
  File &quot;/usr/local/phenix-1.7.1-743/cctbx_project/mmtbx/real_space_correlation.py&quot;, line 332, in cmd_run<br>
    track_unused_definitions = True)<br>
  File &quot;/usr/local/phenix-1.7.1-743/cctbx_project/libtbx/phil/__init__.py&quot;, line 1718, in fetch<br>
    assert <a href="http://source.name" target="_blank">source.name</a> == <a href="http://self.name" target="_blank">self.name</a><br>
AttributeError: &#39;NoneType&#39; object has no attribute &#39;name&#39;<br>
_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
</blockquote></div><br></div></div>