Hi phenix users,<div><br></div><div>I have two questions when using Phenix Refinement.</div><div><br></div><div>1. I&#39;d like to run phenix refinement with twin data but I don&#39;t know how to define twin_law using GUI Phenix refinement module in Linux.</div>
<div><br></div><div>2. I used phenix refinement in Windows to refine a 2.3A structure. My problem is the Rfree is quite high.</div><div><br></div><div>- I applied twin refinement + TLS + NCS and SA refinement (wxu_scale = 1)</div>
<div><div>Start: r_work = 0.2149 r_free = 0.2833 bonds = 0.016 angles = 1.988</div><div>Final: r_work = 0.2029 r_free = 0.2735 bonds = 0.008 angles = 1.448</div><div><br></div><div>- Then I use auto-weight to optimize the Rfree. </div>
<div><br></div><div>optimize_xyz_weight = True</div><div><div>optimize_adp_weight = True</div><div>wxc_scale = 0.5</div><div>wxu_scale = 1</div></div><div><br></div><div><div>Start: r_work = 0.2152 r_free = 0.2735 bonds = 0.008 angles = 1.322</div>
<div>Final: r_work = 0.2309 r_free = 0.2781 bonds = 0.003 angles = 0.848</div></div><div><br></div><div>I think the bond rmsd and angle rmsd were too small in this final refinement. Do you think it&#39;s normal or I need to try more? Thank you very much for your helpful input.</div>
<div><br></div><div>Best wishes,</div><div>-- </div><div><b><span style="font-size:x-small"><div><span style="font-weight:normal;font-size:small"><b><span style="font-size:x-small">TriNgo</span></b></span></div></span></b><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px">
</blockquote><blockquote style="margin-top:0px;margin-right:0px;margin-bottom:0px;margin-left:0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><span style="font-size:x-small">Structural Biology Lab</span></blockquote>
<blockquote style="margin-top:0px;margin-right:0px;margin-bottom:0px;margin-left:0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"></blockquote><blockquote style="margin-top:0px;margin-right:0px;margin-bottom:0px;margin-left:0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
<span style="font-size:x-small">School of Medicine - Sungkyunkwan University</span></blockquote><blockquote style="margin-top:0px;margin-right:0px;margin-bottom:0px;margin-left:0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
<span style="font-size:x-small">Phone: 031-299-6150<br>Cell: 010-7774-8210</span></blockquote><br>
</div></div>