<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
HI,
<div><br>
</div>
<div>I have a few questions about a dataset that I am working on currently.</div>
<div><br>
</div>
<div>So I ran Xtraige and it tells me that other than pseudoNCS, there is no other problems like twinning etc. And then I used autoMR and Phaser from Phenix to run molecular replacement with a the structure of the same protein (but that is with DNA bound).
 The TFZ is more than 9 after from both the runs. Autobuild managed to build the 4 molecules in my ASU (Rfactor/Rfree = 28/32 for a resolution of 2.4A). But because there are some clashes and outliers in the Ramachandran Plot etc, I started to manually refine
 them in coot. In addition, there is a loop that is unable to fit into the density, so I chopped about 10 residues off each molecule in the ASU.</div>
<div><br>
</div>
<div>However, as I started to refine the model from AutoBuild, my Rfree begins to climb. So currently, I am at Rfactor/Rfree=27/36. I don't know if there is anything wrong with I had done. So many thanks in advance for your advices on this!!</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
<div><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; ">Warmest
 Regards,<br>
Kelly Hew<br>
<span></span><br>
Nanyang Technogical University<br>
School of Biological Sciences<br>
Division of Structural Biology &amp; Biochemistry<br>
Address : #07-01, IMCB, 61 Biopolis Drive,&nbsp;Proteos, Singapore 138673&nbsp;<br>
Telephone (O): &#43;65 65869673<br>
Telephone (HP): &#43;65 98713553<br>
<br>
<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; "></span><br>
</span></div>
<br>
</div>
</body>
</html>