Hi Melania,<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Mar 2, 2012 at 12:56 AM, Melania Strycharska <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:melania@berkeley.edu">melania@berkeley.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<div style="word-wrap:break-word"><span style="border-collapse:collapse;color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Hi All,<div><br></div><div>I was wondering whether anybody has successfully run the DEN refinement under phenix yet. I am having some problems with my scripts stalling without any error messages.�</div>

</span></div></blockquote><div><br></div><div>Sorry to hear that you&#39;re running into trouble. I&#39;m not sure why that would be happening. If you send me your input files offline I am happy to help you debug the problem.</div>

<div>�</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word"><span style="border-collapse:collapse;color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><div>

�</div></span></div></blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word"><span style="border-collapse:collapse;color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><div>

</div><div>What sort of reference models do people use? The following issues I am not quite clear on:</div><div><br></div><div>- if I don&#39;t have a reference model should I call on my current pdb where the script calls for a reference model?</div>

<div><br></div></span></div></blockquote><div>If you don&#39;t have the reference model, you do not need to specify one. If you run DEN refinement without a reference model, the method will automatically use the input model to generate the starting network.</div>

<div><br></div><div>�</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word"><span style="border-collapse:collapse;color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><div>

</div><div>- is it ok to use a single domain as a reference model or is it not enough to get the whole protein refined?</div><div><br></div></span></div></blockquote><div>Yes, you can do this, but restraints will only be generated for the part of the model that matches. I have some ideas on how to cover the rest of the molecule, too, but have not yet implemented that part.</div>

<div>�</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word"><span style="border-collapse:collapse;color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><div>

</div><div>- is it possible to use more than one reference model; in a case where I had structures of each domain solved separately?</div><div><br></div></span></div></blockquote><div>Right now the only way to do this would be to combine them into one file. It&#39;s a high priority to allow to multiple reference models for both DEN and reference model refinement, so hopefully that will be available soon.</div>

<div>�</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word"><span style="border-collapse:collapse;color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><div>

</div><div>- can a reference model be a different protein or does it have to have the same sequence?�</div><div><br></div></span></div></blockquote><div>For DEN refinement it needs to be the same sequence, but I can imagine cases where you&#39;d like it to be a related model, and will add that ability in the future.</div>

<div><br></div><div>Jeff</div><div><br></div><div>�</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word"><span style="border-collapse:collapse;color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><div>

</div><div>Thanks a lot!</div><div style="outline-style:none;outline-width:initial;outline-color:initial;padding-top:10px;padding-right:0px;padding-bottom:10px;padding-left:0px;width:22px;margin-top:2px;margin-right:0px;margin-bottom:0px;margin-left:0px">

<div style="background-color:rgb(241,241,241);border-top-width:1px;border-right-width:1px;border-bottom-width:1px;border-left-width:1px;border-top-style:solid;border-right-style:solid;border-bottom-style:solid;border-left-style:solid;border-top-color:rgb(221,221,221);border-right-color:rgb(221,221,221);border-bottom-color:rgb(221,221,221);border-left-color:rgb(221,221,221);clear:both;line-height:6px;outline-style:none;outline-width:initial;outline-color:initial;width:20px">

<img style="background-image:url(&#39;&#39;);background-color:initial;min-height:8px;width:20px;background-repeat:no-repeat no-repeat" height="1" width="1" src="cid:F2011F42-930E-4598-B99C-958F95A71B1E"></div></div></span></div>

<br>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br></blockquote></div><br>