Hi Rajesh,<div><br></div><div>Yes, you can use your high resolution structures to generate reference model restraints. Currently each reference chain must be in the same file with a unique chain ID, so you&#39;ll need to combine your multiple reference files into one and then use that. I am working on adding support for multiple files, which I hope to have in place soon.</div>

<div><br></div><div>To use the reference model, you need to add these parameters:</div><div><br></div><div>refinement {</div><div> main {</div><div>  reference_model_restraints = True</div><div> }</div><div> reference_model {</div>

<div>  file = reference.pdb</div><div> }</div><div>}</div><div><br></div><div>The chains should be matched automatically, but you can specify a selection, too. If you run into any trouble getting this working, please let me know.</div>

<div><br></div><div>Thanks,<br>Jeff</div><div><br></div><div><br><div class="gmail_quote">On Thu, Mar 22, 2012 at 2:28 PM, Rajesh kumar <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:ccp4_sc@hotmail.com">ccp4_sc@hotmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">


<div><div dir="ltr">
Dear All,<br>In a case where we have a complex of two proteins and a peptide and for all three high resolution individual or homologue structures are available. <br><br>I am curious, if it is possible to use individual protein&#39;s high-resolution structure for reference model restraints? In similar way, could we use two individual structure as restraints for complex structure?<br>

<br>Thanks<br>Rajesh<br><br><div><div></div>&gt; Date: Thu, 22 Mar 2012 19:59:14 +0100<br>&gt; From: <a href="mailto:palencia@embl.fr" target="_blank">palencia@embl.fr</a><br>&gt; To: <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>

&gt; Subject: [phenixbb] error generating output file overal_best pdb<br>&gt; <br>&gt; Dear Phenix users,<br>&gt; <br>&gt; I have been running Phenix_Autobuild successfully for the last houra. <br>&gt; The program generates the corresponding Autobuild_run_** folders as <br>

&gt; usually, however I got an error message when the program was trying to <br>&gt; generate the overal_best.pdb file after the Autobuild cycle 3.<br>&gt; <br>&gt; I copy below the error message that I got, thank you in advance for any <br>

&gt; help:<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; OSError : [Errno 2] No such file or directory: &#39;/user/palencia&#39;<br>&gt; <br>&gt; Traceback (most recent call last):<br>&gt;    File <br>&gt; &quot;/softdist/exp/pxsoft/phenix/v1.7.3-928/redhate4-x86_64/phenix-1.7.3-928/phenix/wxGUI2/Home/Jobs.py&quot;, <br>

&gt; line 170, in OnTimer<br>&gt;      self.project.refresh_detached_jobs()<br>&gt;    File <br>&gt; &quot;/softdist/exp/pxsoft/phenix/v1.7.3-928/redhate4-x86_64/phenix-1.7.3-928/phenix/wxGUI2/Tracking.py&quot;, <br>&gt; line 72, in refresh_detached_jobs<br>

&gt;      tmp_dir = self.get_tmp_dir()<br>&gt;    File <br>&gt; &quot;/softdist/exp/pxsoft/phenix/v1.7.3-928/redhate4-x86_64/phenix-1.7.3-928/phenix/phenix/tracking/project.py&quot;, <br>&gt; line 97, in get_tmp_dir<br>&gt;      os.makedirs(tmp_dir)<br>

&gt;    File <br>&gt; &quot;/softdist/exp/pxsoft/phenix/v1.7.3-928/redhate4-x86_64/phenix-1.7.3-928/build/intel-linux-2.6-x86_64/base/lib/python2.7/os.py&quot;, <br>&gt; line 150, in makedirs<br>&gt;      makedirs(head, mode)<br>

&gt;    File <br>&gt; &quot;/softdist/exp/pxsoft/phenix/v1.7.3-928/redhate4-x86_64/phenix-1.7.3-928/build/intel-linux-2.6-x86_64/base/lib/python2.7/os.py&quot;, <br>&gt; line 150, in makedirs<br>&gt;      makedirs(head, mode)<br>

&gt;    File <br>&gt; &quot;/softdist/exp/pxsoft/phenix/v1.7.3-928/redhate4-x86_64/phenix-1.7.3-928/build/intel-linux-2.6-x86_64/base/lib/python2.7/os.py&quot;, <br>&gt; line 150, in makedirs<br>&gt;      makedirs(head, mode)<br>

&gt;    File <br>&gt; &quot;/softdist/exp/pxsoft/phenix/v1.7.3-928/redhate4-x86_64/phenix-1.7.3-928/build/intel-linux-2.6-x86_64/base/lib/python2.7/os.py&quot;, <br>&gt; line 150, in makedirs<br>&gt;      makedirs(head, mode)<br>

&gt;    File <br>&gt; &quot;/softdist/exp/pxsoft/phenix/v1.7.3-928/redhate4-x86_64/phenix-1.7.3-928/build/intel-linux-2.6-x86_64/base/lib/python2.7/os.py&quot;, <br>&gt; line 150, in makedirs<br>&gt;      makedirs(head, mode)<br>

&gt;    File <br>&gt; &quot;/softdist/exp/pxsoft/phenix/v1.7.3-928/redhate4-x86_64/phenix-1.7.3-928/build/intel-linux-2.6-x86_64/base/lib/python2.7/os.py&quot;, <br>&gt; line 150, in makedirs<br>&gt;      makedirs(head, mode)<br>

&gt;    File <br>&gt; &quot;/softdist/exp/pxsoft/phenix/v1.7.3-928/redhate4-x86_64/phenix-1.7.3-928/build/intel-linux-2.6-x86_64/base/lib/python2.7/os.py&quot;, <br>&gt; line 157, in makedirs<br>&gt;      mkdir(name, mode)<br>

&gt; OSError: [Errno 2] No such file or directory: &#39;/user/palencia&#39;<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; Platform info:<br>&gt; __FILE__ = <br>&gt; /net/anaconda/scratch1/phenix/phenix-1.7.3-928/cctbx_project/boost_adaptbx/meta_ext.cpp<br>

&gt; __DATE__ = Dec  6 2011<br>&gt; __TIME__ = 04:18:10<br>&gt; __x86_64__<br>&gt; __linux<br>&gt; __GNUC__ = 3<br>&gt; __GNUC_MINOR__ = 4<br>&gt; __GNUC_PATCHLEVEL__ = 2<br>&gt; boost::python::cxxabi_cxa_demangle_is_broken(): false<br>

&gt; __GXX_WEAK__ = 1<br>&gt; __LP64__ = 1<br>&gt; __VERSION__ = 3.4.2 20041017 (Red Hat 3.4.2-6.fc3)<br>&gt; FE_INEXACT = 32<br>&gt; FE_DIVBYZERO = 4<br>&gt; FE_UNDERFLOW = 16<br>&gt; FE_OVERFLOW = 8<br>&gt; FE_INVALID = 1<br>

&gt; FE_ALL_EXCEPT = 61<br>&gt; __SSE2__ = 1<br>&gt; BOOST_LIB_VERSION = 1_48<br>&gt; PY_VERSION = 2.7.2<br>&gt; PYTHON_API_VERSION = 1013<br>&gt; sizeof(bool) = 1<br>&gt; sizeof(short) = 2<br>&gt; sizeof(int) = 4<br>&gt; sizeof(long) = 8<br>

&gt; sizeof(std::size_t) = 8<br>&gt; sizeof(void*) = 8<br>&gt; sizeof(long long) = 8<br>&gt; sizeof(float) = 4<br>&gt; sizeof(double) = 8<br>&gt; sizeof(long double) = 16<br>&gt; sizeof(boost::int32_t) = 4<br>&gt; sizeof(boost::uint32_t) = 4<br>

&gt; sizeof(wchar_t) = 4<br>&gt; __PTRDIFF_TYPE__<br>&gt; Py_USING_UNICODE<br>&gt; sizeof(PY_UNICODE_TYPE) = 2<br>&gt; gnu libc version: 2.5<br>&gt; BOOST_ADAPTBX_TYPE_ID_SIZE_T_EQ_UNSIGNED_LONG<br>&gt; <a href="http://os.name" target="_blank">os.name</a>: posix<br>

&gt; sys.platform: linux2<br>&gt; sys.byteorder: little<br>&gt; platform.platform(): <br>&gt; Linux-2.6.18-238.9.1.el5-x86_64-with-redhat-5.7-Final<br>&gt; platform.architecture(): (&#39;64bit&#39;, &#39;ELF&#39;)<br>&gt; floating_point_exceptions.division_by_zero_trapped: False<br>

&gt; floating_point_exceptions.invalid_trapped: False<br>&gt; floating_point_exceptions.overflow_trapped: False<br>&gt; number of processors: 24<br>&gt; Memory total:  25,263,722,496<br>&gt; Memory free:   20,157,317,120<br>

&gt; import thread: OK<br>&gt; &quot;hello&quot; = [&#39;h&#39;, &#39;e&#39;, &#39;l&#39;, &#39;l&#39;, &#39;o&#39;]<br>&gt; u&quot;hello&quot; = [&#39;h&#39;, &#39;\x00&#39;, &#39;e&#39;, &#39;\x00&#39;, &#39;l&#39;, &#39;\x00&#39;, &#39;l&#39;, &#39;\x00&#39;, &#39;o&#39;, <br>

&gt; &#39;\x00&#39;]<br>&gt; u&quot;\u00C5&quot; = [&#39;\xc5&#39;, &#39;\x00&#39;] as utf-8 = [&#39;\xc3&#39;, &#39;\x85&#39;]<br>&gt; LATIN CAPITAL LETTER A WITH RING ABOVE = Å<br>&gt; <br>&gt; _______________________________________________<br>

&gt; phenixbb mailing list<br>&gt; <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>&gt; <a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>

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