On Thu, Mar 22, 2012 at 6:23 AM, Maike Bublitz <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:mbu@mb.au.dk">mbu@mb.au.dk</a>&gt;</span> wrote:<br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">


  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">1) I have trouble getting a molecular replacement job to run (Phenix
    Version 1.7.3-928), where I want to keep one ensemble fixed in its
    known orientation, only looking for a second ensemble. I keep on
    getting the following error message, both from the GUI and from
    command line (using a &#39;mymr.eff&#39; parameter file):<br>
    <br>
    ****************************************<br>
    AutoMR Input failed<br>
    Python argument types in<br>
        SOLU.addSOLU_6DIM_ENSE(InputMR_AUTO, str, list, bool, list,
    float, bool, bool, bool)<br>
    did not match C++ signature:<br>
        addSOLU_6DIM_ENSE(phaser::SOLU {lvalue}, std::string,
    scitbx::vec3&lt;double&gt;, bool, scitbx::vec3&lt;double&gt;,
    double, bool, bool, bool, bool, scitbx::vec3&lt;double&gt;, double)<br>
    ****************************************<br>
    *************ERROR ENDING *******************<br>
    <br>
    I can&#39;t figure out what I&#39;m doing wrong. Any suggestions?<br></div></blockquote><div><br></div><div>This is definitely a bug.  Two suggestions: a) try the Phaser-MR GUI instead, it may not have this problem, or b) update to the latest nightly build and see if it&#39;s fixed there.  I will see if we can add a regression test for specifying a fixed ensemble.</div>

<div><br></div><div>&gt; 2) Which parameters would I need to specify to let phenix.autobuild
    build a model for one protein of a 2-component complex from scratch,
    while keeping the other component unchanged (and using it to
    calculate the phases)? Is that possible?</div><div><br></div><div>I think you need to define the existing component as ligands, as described here:</div><div><br></div><div><a href="https://www.phenix-online.org/version_docs/dev-1012/autobuild.htm#anch103">https://www.phenix-online.org/version_docs/dev-1012/autobuild.htm#anch103</a><br>

</div><div><br></div><div>I suspect this means that you&#39;ll need to supply an initial map for phases, rather than having it calculate them from the &quot;ligands&quot;, but I&#39;ve never actually tried this myself.</div>

<div><br></div><div>-Nat</div></div>